Krajowy Zjazd Aptekarzy w szczególności:
1) uchwala zasady etyki i deontologii zawodowej;
2) uchwala program działalności samorządu zawodu farmaceuty;
3) zatwierdza regulaminy wyborów do organów samorządu;
4) rozpatruje i zatwierdza sprawozdania Naczelnej Rady Aptekarskiej, Naczelnej Komisji Rewizyjnej, Naczelnego Sądu Aptekarskiego i Naczelnego Rzecznika Odpowiedzialności Zawodowej;
5) zatwierdza zasady gospodarki finansowej samorządu, o których mowa w art. 39 ust. 1 pkt 17;
6) uchwala regulaminy naczelnych organów Izby i ogólne wytyczne do regulaminu sądów aptekarskich;
7) ustala liczbę członków organów Izby i zastępców Naczelnego Rzecznika Odpowiedzialności Zawodowej;
8) wybiera Prezesa i członków Naczelnej Rady Aptekarskiej, członków Naczelnej Komisji Rewizyjnej, członków Naczelnego Sądu Aptekarskiego oraz Naczelnego Rzecznika Odpowiedzialności Zawodowej i jego zastępców;
9) ustala zasady podziału składki członkowskiej.