Organami Naczelnej Izby Aptekarskiej są:
1) Krajowy Zjazd Aptekarzy;
2) Naczelna Rada Aptekarska;
3) Naczelna Komisja Rewizyjna;
4) Naczelny Sąd Aptekarski;
5) Naczelny Rzecznik Odpowiedzialności Zawodowej.