Za prawidłową realizację programu odpowiada:
1) w przypadku programu operacyjnego – instytucja zarządzająca, którą jest odpowiednio minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego lub zarząd województwa;
2) w przypadku programu rozwoju – odpowiednio właściwy minister, zarząd województwa, zarząd powiatu, wójt (burmistrz, prezydent miasta), organ wykonawczy związku metropolitalnego, związku międzygminnego lub stowarzyszenia.