Centralny Azyl współpracuje w szczególności z:
1) organami Inspekcji Weterynaryjnej w zakresie realizacji zadań Centralnego Azylu, o których mowa w art. 4 pkt 1–4 i 6, mogących mieć wpływ na zdrowie publiczne i zdrowie zwierząt, w tym zwalczanie chorób zakaźnych zwierząt;
2) organem zarządzającym, o którym mowa w art. 61 ust. 1 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, w zakresie realizacji zadań Centralnego Azylu w odniesieniu do gatunków CITES;
3) organami celnymi i organami Policji w zakresie oznaczania gatunków zwierząt przyjmowanych do Centralnego Azylu oraz organizowania szkoleń na ten temat;
4) ogrodami zoologicznymi, ośrodkami rehabilitacji zwierząt, azylami dla zwierząt w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, instytucjami naukowymi oraz innymi podmiotami – na podstawie umów i porozumień zawartych w zakresie realizacji zadań Centralnego Azylu, o których mowa w art. 4 pkt 1–5, 7 i 9.