Rozliczenie zaliczki polega na wykazaniu przez beneficjenta wydatków kwalifikowalnych we wnioskach o płatność złożonych do właściwej instytucji, w terminach i na warunkach określonych w umowie o dofinansowanie oraz zgodnie z systemem realizacji danego programu finansowanego z udziałem środków europejskich, lub na zwrocie zaliczki.