Program operacyjny zawiera następujące osie priorytetowe:
1) oś priorytetowa 1 – Środki na rzecz dostosowania floty rybackiej, która obejmuje następujące środki:
a) pomoc publiczna z tytułu trwałego zaprzestania działalności połowowej, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 23 ust. 1 rozporządzenia nr 1198/2006,
b) pomoc publiczna z tytułu tymczasowego zaprzestania działalności połowowej, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 24 ust. 1 rozporządzenia nr 1198/2006, 14.04.2021
c) inwestycje na statkach rybackich i selektywność, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 25 ust. 2, 3 i 6– 8 rozporządzenia nr 1198/2006,
d) rybactwo przybrzeżne, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 26 ust. 3 i 4 rozporządzenia nr 1198/2006,
e) rekompensaty społeczno-gospodarcze w celu zarządzania krajową flotą rybacką, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 27 ust. 1 i 2 rozporządzenia nr 1198/2006;
2) oś priorytetowa 2 – Akwakultura, rybołówstwo śródlądowe, przetwórstwo i obrót produktami rybołówstwa i akwakultury, która obejmuje następujące środki:
a) inwestycje w chów i hodowlę ryb, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 29 ust. 1 rozporządzenia nr 1198/2006,
b) działania wodno-środowiskowe, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 30 ust. 1 i 2 rozporządzenia nr 1198/2006,
c) środki na rzecz zdrowia zwierząt, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 32 rozporządzenia nr 1198/2006,
d) rybołówstwo śródlądowe, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 33 ust. 1–4 rozporządzenia nr 1198/2006,
e) inwestycje w zakresie przetwórstwa i obrotu, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 34 ust. 1, 3 i 4 oraz art. 35 ust. 1 i 2 rozporządzenia nr 1198/2006;
3) oś priorytetowa 3 – Środki służące wspólnemu interesowi, która obejmuje następujące środki:
a) działania wspólne, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 37 rozporządzenia nr 1198/2006,
b) ochrona i rozwój fauny i flory wodnej, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 38 ust. 1 i 2 rozporządzenia nr 1198/2006, 14.04.2021
c) inwestycje w portach rybackich, miejscach wyładunku i przystaniach, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 39 rozporządzenia nr 1198/2006,
d) rozwój nowych rynków i kampanie promocyjne, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 40 ust. 1 i 3 rozporządzenia nr 1198/2006,
e) projekty pilotażowe, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 41 ust. 1 i 2 rozporządzenia nr 1198/2006,
f) modyfikacja w celu zmiany przeznaczenia statków rybackich, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 42 rozporządzenia nr 1198/2006;
4) oś priorytetowa 4 – Zrównoważony rozwój obszarów zależnych od rybactwa, która obejmuje następujące środki:
a) rozwój obszarów zależnych od rybactwa, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 44 ust. 1 lit. a–g, i oraz j rozporządzenia nr 1198/2006,
b) wsparcie na rzecz współpracy międzyregionalnej i międzynarodowej, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 44 ust. 1 lit. h rozporządzenia nr 1198/2006;
5) oś priorytetowa 5 – Pomoc techniczna, która obejmuje środek pomoc techniczna, w ramach którego mogą być realizowane operacje w zakresie określonym w art. 46 ust. 1–3 rozporządzenia nr 1198/2006.