1. Minister sprawuje nadzór nad działalnością Centrum z punktu widzenia legalności, gospodarności i rzetelności. 2. W ramach nadzoru Minister:
1) sprawuje kontrolę nad Centrum na zasadach i w trybie określonych w przepisach o kontroli w administracji rządowej;
2) zatwierdza roczny plan działalności Centrum i jego zmiany;
3) zatwierdza roczny plan finansowy Centrum i jego zmiany;
4) zatwierdza roczne sprawozdanie finansowe Centrum;
5) przyjmuje kwartalne sprawozdania finansowe Centrum;
6) przyjmuje roczne sprawozdanie z działalności Centrum wraz z informacją o wynikach ewaluacji, o której mowa w art. 31 ust. 2;
7) przyjmuje okresowe sprawozdania i końcowe sprawozdanie z realizacji strategicznych programów badań naukowych i prac rozwojowych oraz z realizacji innych zadań Centrum.

Art. 34a. 1. Działalność Centrum podlega audytowi zewnętrznemu w zakresie prawidłowości realizacji zadań, rocznego planu finansowego i sprawozdawczości, a także funkcjonowania kontroli zarządczej. 2. Audyt przeprowadza się nie rzadziej niż co 4 lata. 3. Audyt obejmuje działalność Centrum w roku kalendarzowym z okresu, o którym mowa w ust. 2. Rozdział 4 Tryb realizacji zadań Centrum