1. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska opracowuje projekt listy obszarów Natura 2000, zgodnie z przepisami prawa Unii Europejskiej. 2. Projekt, o którym mowa w ust. 1, wymaga zasięgnięcia opinii właściwych miejscowo rad gmin. Niezłożenie opinii w terminie 30 dni od dnia otrzymania projektu uznaje się za brak uwag. 3. Minister właściwy do spraw środowiska, po uzyskaniu zgody Rady Ministrów, przekazuje Komisji Europejskiej:
1) listę proponowanych obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty;
2) szacunek dotyczący współfinansowania przez Wspólnotę ochrony obszarów wyznaczonych ze względu na typy siedlisk przyrodniczych oraz gatunki roślin i zwierząt o znaczeniu priorytetowym;
3) listę obszarów specjalnej ochrony ptaków.

Art. 27a. 1. Wyznaczenie obszaru specjalnej ochrony ptaków lub specjalnego obszaru ochrony siedlisk, zmiana jego granic lub likwidacja następują w drodze rozporządzenia ministra właściwego do spraw środowiska, które określa nazwę, położenie administracyjne, obszar i mapę obszaru, cel i przedmiot ochrony. Minister właściwy do spraw środowiska, wydając rozporządzenie, kieruje się stanem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt oraz koniecznością zachowania szczególnie cennych lub zagrożonych składników różnorodności biologicznej. 2. Nadzór nad obszarem Natura 2000 lub proponowanym obszarem mającym znaczenie dla Wspólnoty, znajdującym się na liście, o której mowa w art. 27 ust. 3 pkt 1, sprawuje właściwy regionalny dyrektor ochrony środowiska lub na obszarach morskich – dyrektor urzędu morskiego, z zastrzeżeniem art. 32 ust. 5. 3. Zmiana granic lub likwidacja obszaru specjalnej ochrony ptaków lub specjalnego obszaru ochrony siedlisk następuje, jeżeli jest to uzasadnione naturalnymi zmianami stwierdzonymi w wyniku monitoringu i nadzoru, o którym mowa w art. 31, oraz po uzyskaniu zgody Komisji Europejskiej. 4. Specjalne obszary ochrony siedlisk minister właściwy do spraw środowiska wyznacza po uzgodnieniu z Komisją Europejską w terminie 6 lat od dnia zatwierdzenia tego obszaru przez Komisję Europejską jako obszar mający znaczenie dla Wspólnoty.