Pytania dotyczące ulgi podatkowej. Pracodawca zmniejszył wypłatę, czy można odzyskać te pieniądze?

Witajcie, problem dotyczy mojego chłopaka.
Pracuje w jednej firmie na dwie umowy, jedna jest to umowa o pracę a druga umowa zlecenie żeby sobie dorobić, dostaje 2 wypłaty za dwie umowy, najniższa krajowa a zlecenie ma płatne od godziny.
Z końcem sierpnia skończyła mu się umowa o pracę i dostał nawet świadectwo pracy, aneks dostał dopiero kilka dni później z datą od 1 września, wypłata to najniższa krajowa.
We wrześniu wypłata za sierpień z umowy o pracę została pomniejszona o 345 zł,
W kadrach chłopak dowiedział się ze dlatego że nie miał ulgi podatkowej. I że będzie można to odzyskać w rocznym picie.
Chłopak nie miał nigdy żadnej ulgi podatkowej, a dla niego te 345 zł to nie jest mało i nie ma ochoty czekać na odzyskiwanie tego z pitem... Co można i czy w ogóle można coś z tym zrobić? Gdzieś zgłosić? Jak odzyskać te pieniądze od firmy?