Właściwa instytucja, o której mowa w art. 66, rozpatruje protest, weryfikując prawidłowość oceny projektu w zakresach, o których mowa w art. 64 ust. 2 pkt 4 i 5, w terminie nie dłuższym niż 21 dni, licząc od dnia jego otrzymania. W uzasadnionych przypadkach, w szczególności gdy w trakcie rozpatrywania protestu konieczne jest skorzystanie z pomocy ekspertów, termin rozpatrzenia protestu może być przedłużony, o czym właściwa instytucja informuje wnioskodawcę. Termin rozpatrzenia protestu nie może przekroczyć łącznie 45 dni od dnia jego otrzymania.