Postępowanie kwalifikacyjne przeprowadza się w dwóch etapach obejmujących:
1) etap pierwszy – ustalenie spełnienia przez kandydatów wymagań określonych w art. 11 ust. 3 pkt 1–4 i 6 ustawy;
2) etap drugi – rozmowę kwalifikacyjną, podczas której jest dokonywana ocena wykształcenia i wiedzy z zakresu spraw należących do właściwości wojewódzkiego inspektora ochrony roślin i nasiennictwa oraz kompetencji kierowniczych posiadanych przez kandydata; przed rozmową kwalifikacyjną może zostać przeprowadzony sprawdzian wiedzy z zakresu ochrony roślin przed agrofagami, środków ochrony roślin i nasiennictwa w formie testu wyboru.