1. Środki Funduszu pochodzą z:
1) 19,45 % wpływów z opłaty paliwowej, pobieranych zgodnie z przepisami ustawy z dnia 27 października 1994 r. o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym (Dz. U. z 2024 r. poz. 321);
2) odsetek od wolnych środków Funduszu przekazanych w depozyt, o którym mowa w art. 48 ust. 4a ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2025 r. poz. 1483, 1844 i 1846 oraz z 2026 r. poz. 426 i 635);
3) przychodów z akcji w spółkach przekazanych ministrowi właściwemu do spraw transportu przez Skarb Państwa w celu zasilenia Funduszu;
4) (uchylony)
5) środków z kredytów lub pożyczek zaciągniętych na rzecz Funduszu przez Bank Gospodarstwa Krajowego;
6) wpływów z obligacji emitowanych na rzecz Funduszu przez Bank Gospodarstwa Krajowego;
7) (uchylony)
8) darowizn i zapisów;
9) innych wpływów. 2. W 2009 r. środki, o których mowa w ust. 1 pkt 1, powiększa się o kwotę 200 mln zł, przekazaną przez Bank Gospodarstwa Krajowego z bieżących wpływów z opłaty paliwowej. 3. W latach 2010–2014 środki, o których mowa w ust. 1 pkt 1, powiększa się corocznie o kwotę 100 mln zł, przekazywaną przez Bank Gospodarstwa Krajowego z bieżących wpływów z opłaty paliwowej. 4. W 2015 r. środki, o których mowa w ust. 1 pkt 1, powiększa się o kwotę 500 mln zł, przekazywaną przez Bank Gospodarstwa Krajowego z bieżących wpływów z opłaty paliwowej. 5. W latach 2016–2019 środki, o których mowa w ust. 1 pkt 1, powiększa się corocznie o kwotę 400 mln zł, przekazywaną przez Bank Gospodarstwa Krajowego z bieżących wpływów z opłaty paliwowej. 6. W roku 2021 środki Funduszu pochodzą również z wpłaty z budżetu państwa, przekazywanej przez ministra właściwego do spraw transportu, w wysokości:
1) 4 507 700 tys. zł – z przeznaczeniem na wsparcie zadań zarządców infrastruktury kolejowej, w tym w zakresie utrzymania i remontów infrastruktury kolejowej;
2) 70 000 tys. zł – z przeznaczeniem na inwestycje kapitałowe;
3) 600 000 tys. zł – z przeznaczeniem na sfinansowanie nabycia akcji, o którym mowa w art. 3 ust. 3a. 7. W 2023 r. środki Funduszu mogą pochodzić również z wpływów ze skarbowych papierów wartościowych, o których mowa w art. 5b.

Art. 5a. 1. Sposób i terminy przekazywania kwoty 200 mln zł, o której mowa w art. 5 ust. 2, oraz kwoty 100 mln zł, o której mowa w art. 5 ust. 3, zostaną określone w umowie, o której mowa w art. 12. 2. Sposób i terminy przekazywania kwoty 500 mln zł, o której mowa w art. 5 ust. 4, oraz kwoty 400 mln zł, o której mowa w art. 5 ust. 5, zostaną określone w umowie, o której mowa w art. 12.

Art. 5b. 1. W 2023 r. minister właściwy do spraw budżetu, na wniosek ministra właściwego do spraw transportu, może przekazać Funduszowi skarbowe papiery wartościowe na dofinansowanie zadań, o których mowa w art. 3 ust. 3a. 2. Łączna wartość nominalna zobowiązań z tytułu wyemitowanych skarbowych papierów wartościowych przekazanych Funduszowi nie może przekroczyć kwoty 1 500 000 tys. zł. 3. Minister właściwy do spraw budżetu określi, przez wydanie listu emisyjnego, warunki emisji skarbowych papierów wartościowych oraz sposób realizacji świadczeń z nich wynikających. 4. List emisyjny zawiera w szczególności:
1) datę emisji;
2) powołanie podstawy prawnej emisji;
3) jednostkową wartość nominalną w złotych;
4) cenę zbycia lub sposób jej ustalenia;
5) stopę procentową lub sposób jej obliczania;
6) określenie sposobu i terminów wypłaty należności głównej oraz należności ubocznych;
7) datę, od której nalicza się oprocentowanie skarbowych papierów wartościowych tej emisji;
8) termin wykupu oraz zastrzeżenia w przedmiocie możliwości wcześniejszego wykupu. 5. Emisja skarbowych papierów wartościowych następuje z dniem zarejestrowania skarbowych papierów wartościowych w depozycie papierów wartościowych oraz w kwocie równej wartości nominalnej wyemitowanych papierów wartościowych. 6. Do emisji skarbowych papierów wartościowych nie stosuje się przepisów art. 98 i art. 102 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1270, z późn. zm.1)) oraz przepisów wydanych na podstawie art. 97 tej ustawy. 7. Rozporządzanie skarbowymi papierami wartościowymi przekazanymi Funduszowi wymaga zgody ministra właściwego do spraw finansów publicznych. 8. Koszty związane z operacjami na skarbowych papierach wartościowych, o których mowa w ust. 1, w tym prowadzeniem rachunku papierów wartościowych, pokrywane są ze środków Funduszu.