1. Wnioski, o których mowa w art. 47 ust. 1, mogą być składane w terminie dwóch lat od dnia wejścia w życie ustawy do Ministra-Szefa Urzędu Rady Ministrów1). Roszczenia niezgłoszone w tym terminie wygasają. 2. Minister-Szef Urzędu Rady Ministrów1) wydając decyzję może:
1) przywrócić własność nieruchomości, o których mowa w art. 47 ust. 1;
2) przenieść własność nieruchomości zamiennej, gdy przywrócenie własności natrafiało na trudne do przezwyciężenia przeszkody;
3) przyznać odszkodowanie według przepisów o wywłaszczaniu nieruchomości w razie niemożności dokonania regulacji przewidzianych w pkt 1 i 2, z wyjątkiem nieruchomości, o których mowa w art. 47 ust. 1 pkt 1 i pkt 2 lit. b i c. 3. W odniesieniu do nieruchomości położonych na obszarze objętym dekretem z dnia 26 października 1945 r. o własności i użytkowaniu gruntów na obszarze m.st. Warszawy (Dz. U. poz. 279) przedmiotem postępowania administracyjnego jest przywrócenie własności budynków wraz z ustanowieniem użytkowania wieczystego odpowiednich gruntów. 4. Przejście własności nieruchomości lub ich części na podstawie ust. 2 jest wolne od opłat związanych z tym przejściem, a wynikające z niego wpisy do ksiąg wieczystych i ich zakładanie są wolne od opłat. 5. Przedmiotem postępowania, o którym mowa w art. 47 i ustępach poprzedzających, mogą być także nieruchomości pozostające w Zasobie Własności Rolnej Skarbu Państwa. Wydzielenie nieruchomości w celu przekazania kościelnej osobie prawnej następuje za zgodą Prezesa Agencji Własności Rolnej Skarbu Państwa.

Art. 48a. 1. Wnioski kościelnych osób prawnych wniesione w trybie określonym w art. 47 ust. 1, w stosunku do których nie zostały zakończone postępowania administracyjne, stają się przedmiotem postępowania regulacyjnego wszczynanego na wniosek jednej ze stron dotychczasowego postępowania. 2. Postępowanie regulacyjne, o którym mowa w ust. 1, przeprowadza Komisja Regulacyjna do Spraw Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, zwana dalej „Komisją”, w skład której wchodzi po dwóch przedstawicieli Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji10) oraz Prawosławnego Metropolity Warszawskiego i Całej Polski. 3. Szczegółowy tryb postępowania regulacyjnego oraz wynagrodzenie dla członków Komisji i personelu pomocniczego określa, w drodze zarządzenia, Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji11) w porozumieniu z Prawosławnym Metropolitą Warszawskim i Całej Polski. 4. Postępowanie regulacyjne wszczyna się z chwilą złożenia wniosku w Komisji. 5. Postępowania administracyjne dotyczące nieruchomości, w stosunku do których wszczęto postępowania regulacyjne, ulegają zawieszeniu, a organy prowadzące te postępowania przekazują ich akta do Komisji. 6. Komisja, rozpatrując wnioski, związana jest granicami określonymi w art. 48 ust. 2 i art. 50. 7. Rada Ministrów określi, w drodze rozporządzenia, z mienia których państwowych jednostek organizacyjnych lub gmin może być wyłączona nieruchomość zamienna lub na którą państwową jednostkę organizacyjną może być nałożony obowiązek zapłaty odszkodowania. 8. Uczestnikami postępowania regulacyjnego są, oprócz wnioskodawcy, wszystkie zainteresowane jednostki państwowe, samorządowe i kościelne. 9. Uczestnicy postępowania regulacyjnego mogą zawrzeć ugodę przed zespołem orzekającym. Jeżeli ugoda nie zostanie zawarta, zespół orzekający wydaje orzeczenie. 10. Regulacja nie może naruszać praw nabytych przez niepaństwowe osoby trzecie, a w szczególności przez inne kościoły i związki wyznaniowe oraz rolników indywidualnych. 11. Ugody zawarte przed zespołem orzekającym, jak i orzeczenia uwzględniające wnioski, powinny określać:
1) stan prawny nieruchomości;
10) Obecnie ministra właściwego do spraw wyznań religijnych oraz mniejszości narodowych i etnicznych na podstawie art. 4 ust. 1, art. 5 pkt 25 i art. 30 pkt 1 ustawy, o której mowa w odnośniku 1.
11) Obecnie minister właściwy do spraw wyznań religijnych oraz mniejszości narodowych i etnicznych na podstawie art. 4 ust. 1, art. 5 pkt 25 i art. 30 pkt 1 ustawy, o której mowa w odnośniku 1.
2) związane z tym stanem obowiązki uczestników postępowania, a w szczególności obowiązek wydania nieruchomości w wyznaczonym terminie, jeżeli nie znajduje się ona we władaniu wnioskodawcy;
3) w razie przyznania odszkodowania – obowiązek i termin zapłaty należnej z tego tytułu kwoty. 12. Od orzeczenia zespołu orzekającego nie przysługuje odwołanie.

Art. 48b. 1. Ugody i orzeczenia mają moc sądowych tytułów egzekucyjnych. 2. Ugody i orzeczenia stanowią podstawę do dokonywania wpisów w księgach wieczystych i w ewidencji gruntów.

Art. 48c. 1. Postępowanie regulacyjne jest wolne od opłat. 2. Nabycie własności nieruchomości lub ich części na podstawie ugody lub orzeczenia jest wolne od podatków i opłat z tym związanych, a wynikające z tego wpisy do ksiąg wieczystych i ich zakładanie są wolne od opłat.

Art. 48d. 1. Jeżeli zespół orzekający nie uzgodni orzeczenia, zawiadamia o tym pisemnie uczestników postępowania regulacyjnego. 2. Uczestnicy postępowania regulacyjnego mogą w terminie sześciu miesięcy od otrzymania zawiadomienia wystąpić o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego lub administracyjnego, a jeżeli nie było ono wszczęte – wystąpić na drogę sądową pod rygorem wygaśnięcia roszczenia. Przy rozpoznawaniu sprawy sąd stosuje zasady określone w art. 47 ust. 1, art. 48 ust. 2 i art. 50.

Art. 48e. 1. Na wniosek Kościoła lub jego osób prawnych wojewoda lub inny organ wykonujący w imieniu Skarbu Państwa prawa wynikające z własności nieruchomości albo organy gmin w zakresie swoich właściwości – mogą nieodpłatnie przekazać Kościołowi lub jego osobom prawnym własność nieruchomości lub ich części:
1) jeżeli są one niezbędne do sprawowania kultu religijnego lub działalności kościelnych osób prawnych w zakresie charytatywno-opiekuńczym lub oświatowo-wychowawczym;
2) w celu utworzenia lub powiększenia gospodarstwa rolnego parafii działających na Ziemiach Zachodnich i Północnych, o powierzchni do 15 ha użytków rolnych łącznie dla jednej parafii. 2. Przepis art. 46 ust. 4 stosuje się odpowiednio.