Przepisów rozporządzenia nie stosuje się do podmiotów leczniczych utworzonych lub nadzorowanych przez:
1) Ministra Obrony Narodowej z wyłączeniem przepisów dotyczących zadań, o których mowa w § 5 ust. 4 pkt 2;
2) ministra właściwego do spraw wewnętrznych;
3) Ministra Sprawiedliwości;
4) Szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego;
5) Szefa Służby Kontrwywiadu Wojskowego;
6) Szefa Służby Wywiadu Wojskowego.