1. Minister właściwy do spraw szkolnictwa wyższego i nauki sprawuje nadzór nad działalnością Agencji pod względem legalności, rzetelności, celowości i gospodarności. 2. W ramach nadzoru minister właściwy do spraw szkolnictwa wyższego i nauki:
1) zatwierdza roczny plan finansowy i roczne sprawozdanie finansowe Agencji oraz wyraża zgodę na zmianę rocznego planu finansowego Agencji;
2) sprawuje kontrolę nad Agencją w trybie i na zasadach określonych w ustawie z dnia 15 lipca 2011 r. o kontroli w administracji rządowej (Dz. U. z 2020 r. poz. 224 oraz z 2025 r. poz. 1158);
3) przyjmuje sprawozdanie z działalności Agencji przedstawione przez Dyrektora oraz ocenia na jego podstawie działalność Agencji;
4) może żądać wglądu do wszystkich dokumentów Agencji.

Art. 28a. 1. Działalność Agencji podlega audytowi zewnętrznemu w zakresie prawidłowości realizacji zadań, rocznego planu finansowego i sprawozdawczości, a także funkcjonowania kontroli zarządczej. 2. Audyt przeprowadza się nie rzadziej niż co 4 lata. 3. Audyt obejmuje działalność Agencji w roku kalendarzowym z okresu, o którym mowa w ust. 2. Rozdział 4 Gospodarka finansowa Agencji