1. Agencja prowadzi samodzielną gospodarkę finansową na podstawie rocznego planu finansowego, o którym mowa w ustawie z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. z 2025 r. poz. 1483). 2. Projekt rocznego planu finansowego Agencji, po zaopiniowaniu przez Radę i zatwierdzeniu przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego i nauki, jest przekazywany ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych w trybie określonym w przepisach dotyczących prac nad projektem ustawy budżetowej. 3. Do dnia zatwierdzenia rocznego planu finansowego Agencja działa na podstawie projektu tego planu. 4. Dyrektor, w terminie do dnia 31 marca, przedstawia ministrowi właściwemu do spraw szkolnictwa wyższego i nauki następujące dokumenty dotyczące poprzedniego roku obrotowego:
1) roczne sprawozdanie finansowe Agencji wraz ze sprawozdaniem z badania;
2) roczne sprawozdanie z działalności Agencji;
3) opinie Rady dotyczące rocznego sprawozdania finansowego Agencji i rocznego sprawozdania z działalności Agencji. 5. Rokiem obrotowym Agencji jest rok kalendarzowy.