1. Dyrektora Instytutu powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów, po zasięgnięciu opinii ministra właściwego do spraw zagranicznych oraz Rady Instytutu. 2. Dyrektor Instytutu powołuje nie więcej niż trzech zastępców Dyrektora Instytutu i wyznacza zakres ich zadań. Dyrektor Instytutu odwołuje zastępców Dyrektora Instytutu. 3. Prezes Rady Ministrów odwołuje Dyrektora Instytutu w przypadku:
1) rezygnacji ze stanowiska;
2) zaprzestania spełniania wymagań, o których mowa w art. 8 ust. 1 pkt 1 i 4–6. 4. Prezes Rady Ministrów może w każdym czasie odwołać Dyrektora Instytutu. 5. W przypadkach, o których mowa w ust. 3 i 4, Prezes Rady Ministrów powierza zastępcy Dyrektora Instytutu albo innemu pracownikowi Instytutu pełnienie obowiązków Dyrektora Instytutu do czasu powołania nowego Dyrektora Instytutu.