W skład Krajowego Centrum wchodzą następujące komórki organizacyjne i stanowiska:
1) Wydział Kontroli Hodowli i Rozrodu Zwierząt Gospodarskich;
2) Wydział Hodowli Zwierząt Futerkowych i Pszczół;
3) Wydział Administracji, Planowania i Inwestycji;
4) Wydział Finansów i Księgowości;
5) Laboratorium Oceny Mleka ‒ Laboratorium Referencyjne;
6) Stanowisko do Spraw Pracowniczych oraz Bezpieczeństwa i Higieny Pracy;
7) Stanowisko do Spraw Systemu Zarządzania Jakością;
8) Stanowisko do Spraw Informatyki;
9) Stanowisko do Spraw Wystaw Zwierząt Hodowlanych;
10) Stanowisko do Spraw Zamówień Publicznych;
11) Stanowisko do Spraw Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych;
12) Stanowisko do Spraw Obsługi Prawnej;
13) Stanowisko do Spraw Kontroli Wewnętrznej.