Program jest wykonywany przez ministra właściwego do spraw zdrowia, który:
1) określa wysokość środków finansowych przeznaczonych na realizację Programu w kolejnych trzech latach;
2) opracowuje projekt harmonogramu zadań wykonywanych w ramach Programu na kolejny rok budżetowy oraz kierunki realizacji zadań Programu na następne dwa lata;
3) koordynuje współpracę między wszystkimi podmiotami realizującymi poszczególne działania wynikające z Programu;
4) dokonuje wyboru realizatorów działań wynikających z Programu;
5) kontroluje jakość świadczeń finansowanych w ramach Programu;
6) opracowuje roczne sprawozdania z realizacji Programu;
7) zapewnia obsługę administracyjną realizacji Programu.