1. Dyrektor Głównej Komisji jest prokuratorem przełożonym prokuratorów tej Komisji oraz komisji oddziałowych. Naczelnik komisji oddziałowej jest prokuratorem przełożonym prokuratorów tej komisji. 1a. Prokuratorami bezpośrednio przełożonymi są:
1) Dyrektor Głównej Komisji – w stosunku do prokuratorów pełniących czynności w tej Komisji oraz naczelników oddziałowych komisji;
2) naczelnicy oddziałowych komisji – w stosunku do prokuratorów danej oddziałowej komisji. 2. Polecenia Prokuratora Generalnego, wykraczające poza zakres zadań Instytutu Pamięci, mogą być wydawane prokuratorom Głównej Komisji i oddziałowych komisji tylko za zgodą Prezesa Instytutu Pamięci. 3. Prokuratorami nadrzędnymi w stosunku do prokuratorów oddziałowych komisji są dyrektor Głównej Komisji oraz prokuratorzy tej Komisji. 4. Prokurator odwołany z powodu zrzeczenia się stanowiska prokuratora Instytutu Pamięci ma prawo powrócić na stanowisko zajmowane poprzednio lub otrzymać stanowisko równorzędne poprzednio zajmowanemu, jeśli nie ma innych przeszkód prawnych. 4a. (uchylony) 4b. W przypadku stwierdzenia, że prokurator Głównej Komisji i oddziałowej komisji nie może ze względów zdrowotnych pełnić służby w Instytucie Pamięci, Prokurator Generalny przenosi go na stanowisko równorzędne do innej jednostki organizacyjnej prokuratury, Ministerstwa Sprawiedliwości lub innej jednostki organizacyjnej podległej Ministrowi Sprawiedliwości albo przez niego nadzorowanej, zgodnie z kwalifikacjami prokuratora. 5. Wynagrodzenie prokuratorów Głównej Komisji określają przepisy o wynagrodzeniu prokuratorów Prokuratury Krajowej, zaś wynagrodzenie prokuratorów oddziałowych komisji określają przepisy o wynagrodzeniu prokuratorów prokuratury regionalnej. Wynagrodzenie to wraz ze związanymi z nim świadczeniami o charakterze osobowym finansowane jest ze środków Instytutu Pamięci. 6. Do prokuratorów Instytutu Pamięci stosuje się, w sprawach nieuregulowanych ustawą, przepisy ustawy z dnia 28 stycznia 2016 r. – Prawo o prokuraturze (Dz. U. z 2022 r. poz. 1247 i 1259).