Źródłami finansowania działalności Instytutu są:
1) środki finansowe z realizacji umów o udzielanie świadczeń zdrowotnych;
2) przychody z tytułu wdrażania i upowszechniania wyników swojej działalności naukowej oraz efektów ekonomicznych powstałych z tego tytułu;
3) dotacje uzyskiwane na podstawie ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych oraz ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej;
4) subwencje i dotacje uzyskiwane na podstawie ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce;
5) dotacja podmiotowa przekazywana przez ministra właściwego do spraw wewnętrznych ze środków ujętych w części budżetowej, której jest dysponentem, z przeznaczeniem na dofinansowanie wynagrodzeń pracowników naukowych Instytutu wraz z pochodnymi od tych wynagrodzeń oraz wydatków pozawynagrodzeniowych;
6) dotacje celowe na zadania zlecone przez ministra właściwego do spraw wewnętrznych w zakresie działu administracji rządowej – sprawy wewnętrzne;
7) dotacje celowe na inwestycje;
8) środki uzyskane z budżetu Unii Europejskiej;
9) granty lub zlecenia;
10) spadki, zapisy i darowizny;
11) przychody z innych źródeł.