Art. 12

1. Dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zwolnienie to stanowi pomoc publiczną, przy czym wielkość tej pomocy nie może przekroczyć jej maksymalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 4 ust. 4. 1a. Przepisy o podatku dochodowym od osób prawnych albo przepisy o podatku dochodowym od osób fizycznych stosuje się również do dochodów z praw własności intelektualnej osiąganych przez przedsiębiorców prowadzących działalność gospodarczą na terenie strefy na podstawie zezwolenia. 2. W przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń. 3. Rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, ma zastosowanie wyłącznie do zezwolenia, w ramach którego rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą prowadzona jest działalność gospodarcza. 4. Przez rozpoczęcie inwestycji rozumie się:
1) rozpoczęcie robót budowlanych związanych z inwestycją lub
2) pierwsze prawnie wiążące zobowiązanie do zamówienia urządzeń, lub
3) inne zobowiązanie, które sprawia, że inwestycja staje się nieodwracalna
– w zależności od tego, które z tych zdarzeń wystąpiło pierwsze, przy czym nie uznaje się za rozpoczęcie inwestycji zakupu gruntów ani prac przygotowawczych, takich jak uzyskanie zezwoleń i przeprowadzenie studiów wykonalności. 5. W przypadku przejęcia przez rozpoczęcie inwestycji rozumie się nabycie aktywów bezpośrednio związanych z nabytym zakładem.

Art. 12a. 1. Przedsiębiorcy korzystający z pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, obowiązani do prowadzenia ksiąg podatkowych – przechowują księgi i związane z ich prowadzeniem dokumenty, a przedsiębiorcy korzystający z pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, z tytułu tworzenia nowych miejsc pracy – dodatkowo przechowują dokumenty związane z poborem podatków oraz innych dochodów budżetu państwa, a także przychodów państwowych funduszy celowych. 2. Księgi oraz dokumenty określone w ust. 1 są przechowywane do czasu upływu okresu przedawnienia roszczeń związanych ze zwrotem pomocy publicznej.

Art. 12b. 1. W przypadku cofnięcia zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przedsiębiorca jest obowiązany do zwrotu pomocy publicznej, udzielonej zgodnie z ustawą. Do dnia zwrotu tej pomocy przedsiębiorcy nie może zostać udzielone nowe zezwolenie. 2. W przypadku cofnięcia albo stwierdzenia wygaśnięcia zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, minister właściwy do spraw gospodarki przekazuje naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu dla przedsiębiorcy w sprawach podatku dochodowego kopię wydanej decyzji w terminie 14 dni, licząc od dnia, w którym decyzja ta stała się prawomocna. 3. W przypadku cofnięcia zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, naczelnik urzędu skarbowego, o którym mowa w ust. 2, określa w drodze decyzji kwotę pomocy publicznej podlegającą zwrotowi pomniejszoną odpowiednio o kwotę podatku należnego, o którym mowa w art. 21 ust. 5c ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2022 r. poz. 2647, z późn. zm.2)) albo art. 17 ust. 6 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku docho- dowym od osób prawnych. 4. W kwocie pomocy publicznej podlegającej zwrotowi, o której mowa w ust. 3, uwzględnia się odsetki liczone jak dla zaległości podatkowych. W odniesieniu do pomocy publicznej wynikającej ze zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 5c pkt 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych i art. 17 ust. 6 pkt 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, odsetki liczone są za okres od dnia udzielenia pomocy publicznej do dnia wydania decyzji o uchyleniu, a zakresie pozostałej pomocy publicznej podlegającej zwrotowi do dnia jej zwrotu. W odniesieniu do pomocy publicznej wynikającej ze zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 5c pkt 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych i art. 17 ust. 6 pkt 2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, odsetek nie nalicza się.

Art. 12c. Roszczenia związane ze zwrotem pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, przedawniają się z upływem 10 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym przedsiębiorca skorzystał z tej pomocy.