Wyrok - I FSK 1246/23 - Naczelny Sąd Administracyjny - z dnia 16 grudnia 2025
Teza
Uchylono zaskarżony wyrok i uchylono zaskarżone postanowienie. VAT. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Sędzia NSA Izabela Najda-Ossowska (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz, Protokolant Katarzyna Wojnarska, po rozpoznaniu w dniu 16 grudnia 2025 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej K. sp. z o.o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 13 grudnia 2022 r., sygn. akt I SA/Gl 1119/22 w sprawie ze skargi K. sp. z o.o. z siedzibą w B. na postanowienie Dyrektora IUchylono zaskarżony wyrok i uchylono zaskarżone postanowienie. VAT. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Sędzia NSA Izabela Najda-Ossowska (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Elżbieta Olechniewicz, Protokolant Katarzyna Wojnarska, po rozpoznaniu w dniu 16 grudnia 2025 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej K. sp. z o.o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 13 grudnia 2022 r., sygn. akt I SA/Gl 1119/22 w sprawie ze skargi K. sp. z o.o. z siedzibą w B. na postanowienie Dyrektora I
Najważniejsze informacje
W skrócie
Wynik
uchylono orzeczenie
Typ sprawy
sprawa cywilna
Etap
skarga kasacyjna
Tryb
rozprawa
Role w sprawie
uczestnik postępowania
apelujący / skarżący
Data orzeczenia
16 grudnia 2025
Sąd
Naczelny Sąd Administracyjny
Przewodniczący
Elżbieta Olechniewicz
Podstawa prawna
art. 141
ppsa
art. 151
ppsa
art. 193
ppsa
art. 111
ppsa
art. 133
ppsa
art. 134
ppsa
art. 145
ppsa
art. 106
ppsa
Pokaż pozostałe podstawy prawne (5)
Rozstrzygnięcie
Uchylono zaskarżony wyrok i uchylono zaskarżone postanowienie
UZASADNIENIE
1. Wyrokiem z 13 grudnia 2022 r., sygn. akt I SA/Gl 1119/22, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach (dalej: WSA/Sąd pierwszej instancji), oddalił skargę K. Sp. z o.o. z siedzibą w B. (dalej: Skarżąca/Spółka) na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Katowicach (dalej: Organ) z 30 czerwca 2022 r. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r.2. Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wyroku wskazał, że 25 września 2019 r. wpłynęła do Organu deklaracja Spółki VAT-7 za sierpień 2019 r. z wykazaną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni; termin zwrotu upływał 25 listopada 2019 r. i ten był przedłużany kolejnymi postanowieniami. Następnie 18 listopada 2019 r. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. (dalej: NUCS) wszczął wobec Spółki kontrolę celno-skarbową za okresy od 1 lipca 2019 r. do 30 września 2019 r. w zakresie rzetelności deklarowania podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług oraz ustalenia zasadności zwrotu różnicy podatku. Ostatecznym postanowieniem z 9 listopada 2021 r., termin jej zakończenia został wyznaczony na 31 grudnia 2021 r. Poczynione w toku kontroli ustalenia wykazały, że Skarżąca prowadziła działalność gospodarczą polegającą na zakupie węgla od spółek z Polskiej Grupy Górniczej, a w dalszej kolejności na jego odsprzedaży, a następnie zakupu i ich dalszej odsprzedaży do podmiotów gospodarczych na terenie kraju oraz w ramach wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów. Z uwagi na powyższe organ kontrolujący uznał, że zgromadzony wówczas materiał dowodowy nie jest jeszcze kompletny, zaistniała konieczność wystosowania zapytań do zagranicznych organów podatkowych w celu weryfikacji poprawności rozliczeń Spółki z zagranicznymi kontrahentami oraz przeprowadzenie innych dowodów mających na celu zbadanie rzetelności dokonanego rozliczenia podatku od towarów i usług w okresie objętym kontrolą celno-skarbową (w tym wystosowanie do Spółki, jej kontrahentów i przewoźników wezwań o przedłożenie dokumentów dotyczących wzajemnych transakcji handlowych oraz rozliczeń, złożenie wyjaśnień odnośnie dokumentów pozyskanych przy odpowiedziach na SCAC i dokonanych przewozów towarów). Kontrola celno-skarbowa została zakończona 30 grudnia 2021 r. doręczeniem Spółce wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r.3. Postanowieniem z 31 sierpnia 2021 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w S. (dalej: NUS) przedłużył kolejny raz termin zwrotu. W uzasadnieniu wskazał, że w wyniku dotychczas przeprowadzonych czynności stwierdzono, że prowadzona przez Spółkę działalność budzi wątpliwości. Wskazał, że w toku kontroli celno-skarbowej nie przedstawiono żadnych dowodów potwierdzających wykonanie na rzecz Spółki usług niematerialnych. W ocenie NUS w celu ustalenia stanu faktycznego sprawy, konieczne było zgromadzenie dodatkowego materiału dowodowego, a organ nie dysponował pełnym materiałem dowodowym odnośnie rozliczenia za wcześniejsze okresy rozliczeniowe, poprzedzające sierpień 2019 r., które mają ścisłe powiązanie ze sobą. Spółka dokonywała transakcje z udziałem zagranicznych kontrahentów oraz w zakresie nabycia usług niematerialnych w każdym z następujących po sobie okresów rozliczeniowych były one dokonywane w sposób ciągły i to na bardzo duże wartości przybierając ten sam schemat fakturowania i w zakresie współpracy. NUS zwrócił uwagę, że zgromadził w toku prowadzonej kontroli obszerny materiał dowodowy, a zagadnienia poddane przez niego analizie były złożone podobnie, jak struktura działalności Skarżącej. Tym samym, w dalszym ciągu zachodziła konieczność ustalenia prawidłowości przebiegu przedmiotowych transakcji z dostawcami Spółki i odbiorcami, a także sprawdzenia zgodności rozliczeń Skarżącej z faktycznym przebiegiem tych transakcji.4. Wskazanym na wstępie postanowieniem z 30 czerwca 2022 r. Organ utrzymał w mocy postanowienie NUS. W uzasadnieniu wskazał, że NUS przedstawił przesłanki wskazujące na konieczność dalszego prowadzenia czynności sprawdzających, co jest podstawą przedłużenia terminu zwrotu. Spółka w złożonych deklaracjach VAT-7 za poszczególne miesiące 2019 roku wykazywała zwroty bezpośrednie na bardzo duże wartości. Wskazał, że organ pierwszej instancji wydał postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec, wrzesień, październik 2019 r. W terminie przypisanym dla tego zwrotu NUS nie dysponował jeszcze dowodami, które mogłyby potwierdzić prawidłowość dokonanego przez Spółkę rozliczenia w związku z prowadzoną weryfikacją. Zatem uzasadnione było przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za ten okres rozliczeniowy do daty wskazanej przez NUS w postanowieniu.5. Sąd pierwszej instancji, oddalając skargę na powyższe postanowienie wskazał, że organy szczegółowo wyjaśniły, z czego biorą się wątpliwości co do zasadności zwrotu podatku i potrzeby dalszej weryfikacji zwrotu. W ocenie WSA nie ulegało wątpliwości, że rozliczenie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2019 roku miało bezpośredni wpływ na rozliczenie podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. z uwagi na wystąpienie w tych okresach kwot nadwyżek do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. WSA stwierdził, że wynik kontroli z 22 grudnia 2021 r., w którym stwierdzono, że Skarżącej nie przysługuje odliczenie podatku od towarów i usług z faktur wystawionych na jej rzecz przez S. S.A. (dalej: S.) nie był znany w dacie wydania postanowienia organu I instancji tj. 31 sierpnia 2021 r. Prowadzona przez NUCS kontrola w zakresie rzetelności deklarowania podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług oraz ustalenie zasadności zwrotu różnicy podatku za okres od 1 lipca do 30 września 2019 r. pozostawała wówczas w toku. Ponadto NUS wydawał kolejne postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu kwoty zadeklarowanej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec, wrzesień, październik 2019 r. WSA uznał także, że nie doszło do naruszenia art. 217 § 1 pkt 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm., dalej: O.p.).6. W skardze kasacyjnej Skarżąca, zaskarżyła powyższy wyrok w całości, zarzucając w oparciu o art. 174 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2022 r. poz. 329, z późn. zm. dalej: P.p.s.a.) naruszenie:I. Przepisów postępowania, tj.:1) art. 151 oraz art. 133 § 1, art. 134 § 1 oraz art. 141 § 4 P.p.s.a. przez wadliwą kontrolę działalności organów podatkowych, wynikającą z błędnych ustaleń faktycznych Sądu pierwszej instancji, i w rezultacie błędnej oceny prawnej przez WSA okoliczności sprawy, bez powiązania z aktami sprawy i zgromadzonymi w nich dowodami, co odzwierciedla treść uzasadnienia skarżonego wyroku, co miało wpływ na wynik sprawy, skutkując oddaleniem skargi;a) z uwagi na wadliwość uzasadnienia wyroku WSA i wewnętrzną jego sprzeczność, wskutek wydania orzeczenia w sprawie bez powiązania z całością akt sprawy i zgromadzonymi w nich dowodami:- co wynika ze stwierdzeń wyroku Sądu o tym, iż w wydanych w sprawie postanowieniach organy wskazały, że 31 sierpnia 2021 r. kontrola prowadzona przez NUCS nie została zakończona, co uzasadniać miało przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT, by następnie w sprzeczności z powyższym przywołać w uzasadnieniu wyroku okoliczność zakończenia kontroli celno-skarbowej w dniu 30 grudnia 2021 r. w dacie doręczenia wyniku kontroli z dnia 22 grudnia 2021 r., powołać się na obszerność wynikającego z niej materiału dowodowego zawartego w 22 tomach, dotyczącego okresu od lipca do września 2019 r., złożoność i stopień skomplikowania zagadnień poddanych analizie przez organ celno-skarbowy, skomplikowaną strukturę działalności Skarżącej, współpracę Spółki z organem prowadzącym przedmiotową kontrolę celno-skarbową, rozciągnięty w czasie proces przekazywania informacji i materiału dowodowego, często przedłużany na wniosek Skarżącej i kontrahentów Skarżącej, oraz to, że Spółka dobrowolnie nie skorygowała nieprawidłowości stwierdzonych w toku kontroli celno-skarbowej,- przez nieuprawnione orzeczenie, że w związku z zaistnieniem powyższych okoliczności NUS wydał rozstrzygnięcie dokonując szóstego w kolejności przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku za sierpień 2019 r., do 31 marca 2022 r., gdzie nie wynika jednak z uzasadnienia wyroku, jaki związek ma okoliczność zakończenia kontroli celno-skarbowej 30 grudnia 2021 r. i tak zgromadzonego obszernie materiału dowodowego z wydaniem we wcześniejszej dacie 31 sierpnia 2021 r., postanowienia organu I instancji, kiedy to organ w tej dacie nie dysponował materiałem pokontrolnym,b) przez wadliwą ocenę WSA okoliczności sprawy i brak powiązania z aktami sprawy wskutek nieuznania naruszenia przez Organ przepisów art. 122 i art. 187 § 1 O.p. oraz art. 87 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (Dz.U. z 2022 r. poz. 931 ze zm., dalej: u.p.t.u.) w zakresie nieuprawnionego powołania się na okoliczność wydanego dopiero 22 grudnia 2021 r. wyniku kontroli celno- skarbowej za sierpień 2019 r., który nie mógł stanowić materiału dowodowego, w oparciu o który NUS orzekał postanowieniem we wcześniejszej dacie 31 sierpnia 2021 r., a przyszłe ustalenia wyniku kontroli nie stanowiły elementu stanu faktycznego sprawy,c) przez nierozpoznanie przez WSA zarzutu i wskutek tego brak oceny prawnej zarzutu naruszenia w sprawie przez organy obu instancji przepisów art. 122 i art. 187 § 1 O.p. skutkującego brakiem uprawdopodobnienia istnienia obiektywnych przesłanek przesuwania terminu zwrotu - uzasadnienie wyroku nie zawiera ustosunkowania się do zarzutu pozorowania czynności sprawdzających po ich zakończeniu odpowiedzią Spółki z 19 listopada 2019 r., i przyczyn przedłużenia terminu zwrotu różnicy VAT 7 listopada 2019 r. aż do dnia 31 marca 2020 r., oraz instrumentalnym wykorzystywaniu instytucji przedłużania terminu zwrotu VAT przez kolejno wydawane postanowienia co trwa już ponad 3 lata, bo ostatnim postanowieniem NUS z 2 września 2022 r. termin zwrotu podatku przedłużono aż do 31 marca 2023 r.,d) przez lakoniczną ocenę, że naruszenie art. 217 § 1 pkt 4 O.p. przez odwołanie w sentencji do przepisów u.p.t.u. zawartych w uzasadnieniu postanowienia, jakkolwiek nie jest najbardziej pożądanym i prawidłowym, to nie może zostać uznane za naruszające w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy zdaniem Spółki jest rażącym naruszeniem przepisu w sytuacji, gdy taki sposób powoływania podstawy prawnej jest utrwaloną praktyką i stanowi przyjętą wbrew tej regulacji zasadę wydawania aktów prawnych przez Organ zaskarżanych również z tego powodu,2) art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. 151 P.p.s.a. przez oddalenie skargi pomimo wydania zaskarżonego aktu z naruszeniem przepisów postępowania:- art. 217 § 1 pkt 4 O.p. przez odesłanie w podstawie prawnej postanowienia do przepisów u.p.t.u. zawartych w uzasadnieniu postanowienia, a nie powołanie ich wprost w jego podstawie prawnej,- art. 122 i art. 187 § 1 O.p., w tym w związku z art. 233 § 1 pkt 1 i art. 239 O.p. z uwagi na utrzymanie w mocy wymagającego uchylenia postanowienia organu I instancji, podczas gdy w sprawie organy obu instancji nie uprawdopodobniły istnienia obiektywnych przesłanek przesuwania terminu zwrotu, bezrefleksyjnie ograniczając się jedynie do powielania argumentacji przywoływanej przez organ prowadzący kontrolę celno-skarbową, przy szeroko uzupełnionej w postanowieniu Organu argumentacji, zaaprobowanej przez Sąd pierwszej instancji o przyszłych rezultatach wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r oraz pozorując jedynie czynności sprawdzające i instrumentalnie wykorzystując instytucję prawną przedłużania terminu zwrotu VAT od 25 listopada 2019 r. do aktualnie 31 marca 2023 r.,3) art. 145 § 1 pkt 1 lit. a oraz art. 151 P.p.s.a. przez oddalenie skargi pomimo wydania zaskarżonego aktu z naruszeniem przepisów materialnych:a) art. 87 ust. 1 u.p.t.u. przez nieuprawnione pozbawienie podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym, wynikające z celowego i sztucznego przeciągania procedury podatkowej weryfikacji zasadności zwrotu a w konsekwencji braku podstaw do przedłużania terminu tego zwrotu:- co organ I instancji czynił arbitralnie powielając jedynie argumentację NUCS i co znalazło aprobatę Organu o prowadzonej i przedłużanej kontroli w zakresie rzetelności deklarowania podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług, bez własnej weryfikacji faktycznych przesłanek przedłużania terminu zwrotu i stanowiska w tym zakresie, co Organ poparł, uzupełniając obszernie argumentację uzasadnienia z uwzględnieniem ustaleń przyszłego wyniku kontroli celno- skarbowej z 22 grudnia 2021 r., co przekonuje o ich pozornym charakterze i instrumentalnym wykorzystywaniu przedłużania zwrotu podatku VAT,- w związku przewlekłością postępowania zażaleniowego i wydaniem skarżonego postanowienia po prawie roku od wniesienia zażalenia na postanowienie NUS z 31 sierpnia 2021 r. z uwzględnieniem ustaleń wyniku kontroli celno-skarbowej z 22 grudnia 2021 r. i w ten sposób akceptacją trwałej bezczynności NUS polegającej na niedokonaniu czynności materialno-technicznej zwrotu podatku VAT za sierpień 2019 r.,b) art. 87 ust. 2 u.p.t.u. wskutek niedokonania w ustawowym terminie 60 dni zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika, oraz nieuprawnione i bezpodstawne przedłużenie terminu tego zwrotu przez wykorzystanie instrumentu badania jego zasadności przez orzekające w sprawie organy podatkowe obu instancji, do nieuzasadnionego i w rezultacie ponad 3-letniego okresu akceptacji przeciągania procedur weryfikacyjnych, doprowadzając w istocie do bezterminowego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. aktualnie przedłużonego od 25 listopada 2019 r. do 31 marca 2023 r., ostatnim postanowieniem NUS z 2 września 2022 r.,II. Prawa materialnego, tj.:1) art. 87 ust. 1 u.p.t.u. przez nieuprawnione pozbawienie podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym wynikające z celowego i sztucznego przeciągania procedury podatkowej weryfikacji zasadności zwrotu, a w konsekwencji braku podstaw do przedłużania terminu tego zwrotu:- co NUS czynił arbitralnie powielając jedynie argumentację NUCS i co znalazło aprobatę Organu - o prowadzonej i przedłużanej kontroli w zakresie rzetelności deklarowania podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług, bez własnej weryfikacji faktycznych przesłanek przedłużania terminu zwrotu VAT i stanowiska w tym zakresie, co Organ poparł, uzupełniając obszernie argumentację uzasadnienia z uwzględnieniem ustaleń przyszłego wyniku kontroli celno- skarbowej z 22 grudnia 2021 r., co przekonuje o ich pozornym charakterze i instrumentalnym wykorzystywaniu przedłużania zwrotu podatku VAT,- w związku przewlekłością postępowania zażaleniowego i wydaniem skarżonego postanowienia po prawie roku od wniesienia zażalenia na postanowienie NUS z 31 sierpnia 2021 r. z uwzględnieniem ustaleń wyniku kontroli celno-skarbowej z 22 grudnia 2021 r. i w ten sposób akceptacją trwałej bezczynności organu I instancji polegającej na niedokonaniu czynności materialno-technicznej zwrotu podatku VAT za sierpień 2019 r.2) art. 87 ust. 2 u.p.t.u. wskutek niedokonaniu w ustawowym terminie 60 dni zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika, oraz nieuprawnione i bezpodstawne przedłużenie terminu tego zwrotu, poprzez wykorzystanie instrumentu badania zasadności zwrotu przez orzekające w sprawie organy podatkowe I i II instancji, do nieuzasadnionego i w rezultacie ponad 3-letniego okresu akceptacji przeciągania procedur weryfikacyjnych, doprowadzając w istocie do bezterminowego przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. aktualnie przedłużonego od 25 listopada 2019 r. do 31 marca 2023 r., ostatnim postanowieniem NUS z dnia 2 września 2022 r.7. W związku z powyższym Skarżąca wniosła o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, a także zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. Ponadto na podstawie art. 106 § 3 w związku z art. 193 P.p.s.a. wniesiono o włączenie do akt i dopuszczenie dowodu z postanowienia NUS z 2 września 2022 r., w sprawie przedłużenia terminu zwrotu podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. do dnia 31 marca 2023 r., na okoliczności wywiedzione w zarzutach skargi kasacyjnej, o pozorowaniu czynności sprawdzających przez organ podatkowy I instancji i instrumentalne wykorzystywanie regulacji stanowiących o możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT.8. Organ w odpowiedzi na skargę kasacyjną wniósł o jej oddalenie oraz o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.9. Pismem z 26 listopada 2025 r. Skarżąca podtrzymała zarzuty podniesione w skardze kasacyjnej i wniosła o uwzględnienie argumentacji zaprezentowanej w jej uzasadnieniu, która znalazła poparcie w stanowisku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie w adekwatnych sprawach, przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT wobec Skarżącej, który uchylił zaskarżone postanowienia Organu.Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:10. Skarga kasacyjna, rozpoznana w granicach zarzutów kasacyjnych, ma uzasadnione podstawy aczkolwiek nie wszystkiej jej zarzuty Naczelny Sąd Administracyjny podzielił. Niniejsza sprawa jest jedną z kilkudziesięciu spraw ze skarg kasacyjnych Skarżącej o analogicznym przedmiocie, rozpoznawanych łącznie z zachowaniem odrębnego wyrokowania, na podstawie art. 111 § 2 P.p.s.a., przez Naczelny Sąd Administracyjny na rozprawie 16 grudnia 2025 r. Okoliczności faktyczne, stan prawny, zarzuty oraz uzasadnienia skarg kasacyjnych są co do zasady tożsame, stąd rozstrzygnięcia sądu kasacyjnego o zasadności skarg kasacyjnych są analogiczne.11. Jak wskazała Skarżąca w piśmie z 26 listopada 2025 r., co jest także znane Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu z urzędu, w analogicznych sprawach dotyczących przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT wobec Spółki na podstawie później wydanych postanowień, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylał zaskarżone postanowienia Organu, uznając że powinien on, uwzględniając treść wyniku kontroli, zwrócić podatek co najmniej w takiej części, w jakiej nie potwierdziły się pierwotne wątpliwości będące podstawą wstrzymania zwrotu, ograniczając go tym samym do kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymując deklarowany zwrot w całości. W wielu z tych spraw organ odwoławczy nie wniósł skargi kasacyjnej i wyroki są prawomocne, przy czym dotyczą one także sierpnia 2019 roku, co do którego zasadność przedłużenia zwrotu była przedmiotem kontroli przez Naczelny Sąd Administracyjny 16 grudnia 2025 r.12. Przedmiotem sporu w sprawie jest zasadność przedłużenia przez NUS postanowieniem z 31 sierpnia 2022 r. terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej przez Spółkę w deklaracji VAT-7 za sierpień 2019 r. do 31 marca 2023 r. W skardze kasacyjnej Skarżąca podważała ocenę Sądu pierwszej instancji, który zaakceptował stanowisko Organu o prawidłowości przedłużenia ww. zwrotu.13. Zgodnie z art. 87 ust. 2 u.p.t.u. (w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania zaskarżonego postanowienia) co do zasady zwrot różnicy podatku następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Wykładnia powołanego przepisu prowadzi do wniosku, że takie postanowienie może zostać wydane, gdy spełnione są łącznie trzy przesłanki: termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął, weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego, bądź w toku postępowania kontrolnego i stwierdzenie przez organ, że "zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania" opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach.14. W świetle przedstawionych regulacji należy uznać, że dopuszczalność przedłużenia terminu zwrotu podatku stanowi odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo i nie może być odczytywana jako prewencyjne upoważnienie do opóźnienia realizacji praw podatnika. Organy podatkowe, stosując art. 87 ust. 2 u.p.t.u. powinny w szczególności wykazać, co wzbudziło ich wątpliwości i wytłumaczyć, dlaczego uznały, że istnieje potrzeba dalszej weryfikacji (tak m.in. w wyrokach NSA: z 29 stycznia 2019 r., sygn. akt I FSK 2268/18 i z 12 grudnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1840/18 wszystkie powołane w uzasadnieniu orzeczenia dostępne są w internetowej bazie orzeczeń na stronie www.orzeczenia.nsa.gov.pl). W orzecznictwie akcentuje się, że przedłużenie terminu zwrotu podatku powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Jedynie uzasadnienie spełniające ww. wymagania odpowiada wymogom procesowym określonym w Ordynacji podatkowej i tylko takie uzasadnienie może uchronić organ przed zarzutem nadużywania konstrukcji przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 20 marca 2019 r. w sprawie o sygn. akt I FSK 97/19: "Mimo iż art. 87 ust. 2 ustawy o VAT daje możliwość prolongowania zwrotu podatku, to rozwiązanie takie stanowi istotną ingerencję w prawo do zwrotu nadwyżki VAT, a więc w prawo będące fundamentalnym czynnikiem gwarantującym realizację podstawowych cech kontrukcyjnych tego podatku, to jest zasady neutralności i proporcjonalności (zob. przykładowo: wyrok ETS z 25 października 2001 r., C-78/00 [...]; wyrok TSUE z 18 października 2012 r., C-525/11 [...]). W tym kontekście korzystanie z możliwości przedłużenia terminu zwrotu podatku, jako odstępstwo od zasady zwrotu w terminie określonym ustawowo, powinno być zatem zastrzeżone dla sytuacji wyjątkowych, w których prawo podatnika musi ustąpić potrzebie ochrony interesów budżetowych państwa. Ten szczególny charakter analizowanej instytucji, niewątpliwie dolegliwej dla podatnika, pociąga za sobą określone obowiązki po stronie organu podatkowego. W konsekwencji odroczenie zwrotu VAT powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione, tak by nie było wątpliwości, że w danej sprawie rzeczywiście istnieje konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu różnicy podatku zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT".15. Prawidłowe uzasadnienie rozstrzygnięcia powinno umożliwiać stronie zapoznanie się z motywami, którymi kierował się organ oraz kontrolę prawidłowości rozstrzygnięcia przez sąd. Jednocześnie organ musi przedstawiać argumenty przemawiające za tym, że na moment wydawania postanowienia ma podstawy do tego, by twierdzić, że rozliczenia podatnika za dany okres mogą okazać się nieprawidłowe. Postanowienie powinno dotyczyć jedynie kwoty rzeczywiście spornej, a nie wstrzymywać zwrot w całości.16. Uzasadnienie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT ma szczególnie istotne znaczenie dla ustalenia, czy organ podatkowy nie przekroczył granic wskazanych w ww. przepisie. Tym samym, w postanowieniu organ powinien wskazać na powody odmowy dokonania zwrotu w ustawowym terminie i przedstawić istniejące w tym przedmiocie wątpliwości oraz wyjaśnić, dlaczego uznał, że takie wątpliwości wystąpiły. Podatnik w tym zakresie powinien otrzymać jasną informację, z czego wynika powód przedłużenia terminu zwrotu VAT. Przesłanki do wydania postanowienia w omawianym trybie nie stanowi sam fakt wykazania przez podatnika nadwyżki do zwrotu, ale muszą istnieć istotne wątpliwości co do zasadności tak wykazanego zwrotu, obiektywne przesłanki wskazujące na konieczność przeprowadzenia w określonej sprawie postępowania weryfikacyjnego.17. Odnosząc przedstawione uwagi ogólne do stanu faktycznego sprawy wskazać należy, że zaskarżone postanowienie nie spełnia powyższych warunków. Organ utrzymał w mocy postanowienie NUS z 31 sierpnia 2021 r. argumentując między innymi, że dotychczas przeprowadzona kontrola transakcji handlowych Skarżącej z kontrahentami w okresie od lipca do września 2019 r. uzasadniała dodatkową weryfikację zasadności zwrotu VAT i nie dawała podstaw do jego dokonania w terminie wskazanym przez Spółkę z powodu nieoczywistości uprawnienia do otrzymania tego zwrotu. Organ podkreślił, że wątpliwości budzą transakcje pomiędzy Skarżącą oraz S., który będąc liderem grupy kapitałowej, miał świadczyć usługi o charakterze niematerialnym. Tymczasem w trakcie kontroli celno-skarbowej Spółka nie przedstawiła żadnych materialnych dowodów potwierdzających ich wykonanie.18. Niesporne pozostaje w sprawie ustalenie, że deklarowane przez Spółkę kwoty zwrotu VAT za okresy od lipca do września 2019 roku były weryfikowane w ramach kontroli celno-skarbowej, które to postępowanie zakończyło się wydaniem wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r. Wydawane do tego momentu postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku VAT za sierpień 2019 roku nie były przez Skarżącą kwestionowane. W wyniku kontroli stwierdzono nieprawidłowości w odliczeniu przez Skarżącą podatku od towarów i usług z faktur VAT wystawionych przez S.. Zdaniem kontrolujących faktury te nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, przez co Skarżąca zawyżyła podatek naliczony, a zatem w tym zakresie miał zastosowanie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u. na co wskazuje zapis, że "Spółka M. w badanym okresie od lipca do września 2019 r. traci prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez S. SA tytułem cyt. "usługi zgodnie z porozumieniem dot. podziału kosztów" (str. 2 wyniku kontroli). W każdym z miesięcy, zakwestionowana faktura VAT opiewała na kwoty netto: 60.000 zł, VAT 13.800 zł. Innych nieprawidłowości nie stwierdzono, a postanowieniem z 22 lutego 2022 r. doszło do przekształcenia kontroli celno - skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za okres od lipca do września 2019r. w postępowanie podatkowe. Należy jednak mieć na uwadze, że gdyby Spółka po otrzymaniu wyniku kontroli skorygowała rozliczenie, postępowanie zostałoby zakończone.19. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego Organ, przywołując przepisy prawa znajdujące zastosowanie w sprawie i wskazując na wynikającą z nich kompetencję do przedłużenia terminu zwrotu podatku, jak również powołując się na okoliczność wszczęcia kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług za okres od lipca do września 2019 r., zaniechał odniesienia się do realiów stanu faktycznego sprawy na moment wydawania postanowienia przez organ I instancji oraz na moment wydawania zaskarżonego postanowienia. W tym kontekście miał obowiązek uwzględnienia ustaleń zawartych w wyniku kontroli z 22 grudnia 2021 r., które szeroko opisał i mają kluczowe znaczenie dla rozstrzygnięcia. Tymczasem Organ ograniczył się do stwierdzenia, że na moment wydawania postanowienia przez NUS nie miał on wiedzy o treści ustaleń co do nieprawidłowości opisanych następnie w wyniku kontroli. Jednak wynik kontroli wskazywał na okoliczności istniejące w momencie wydawania postanowienia I instancji.20. Postanowienie w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu powinno korespondować z tym, co na dany moment stanowi przedmiot rzeczywistych wątpliwości organu prowadzącego czynności wyjaśniające. O ile kwestionowane transakcje z S. na etapie wydawania postanowienia z 31 sierpnia 2021 r. były weryfikowane, to na etapie wydawania zaskarżonego postanowienia były już jedyną stwierdzoną nieprawidłowością w rozliczeniach Skarżącej za sierpień 2019 r. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego powoływanie się na potrzebę dalszej weryfikacji w ramach postępowania podatkowego bez wskazywania co na tym etapie budzi wątpliwości i wymaga dalszego wyjaśnienia, stanowi naruszenie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. sugerując niejako "poszukiwanie" nieprawidłowości. Oczywistym jest, że wszczęcie tego postępowania było wynikiem braku uwzględnienia wyniku kontroli przez Spółkę w stosownej korekcie ale nadal wskazuje to na zakres wątpliwości co do zwrotu na ten moment.21. Sąd pierwszej instancji, oddalając skargę, zaakceptował takie działanie Organu. W szczególności zaaprobował przedłużenie terminu zwrotu podatku bez weryfikacji, czy zasadnie powinna ona dotyczyć całości, czy części kwoty zadeklarowanej do zwrotu za sierpień 2019 r. WSA zdaje się nie dostrzegać tego, że Organ dokonując kontroli postanowienia organu I instancji miał możliwość wydania orzeczenia reformatoryjnego uwzględniając przytoczone wyżej istotne okoliczności, które stały się przesłanką wydania postanowienia 31 sierpnia 2021 r. Wielokrotnie sądy administracyjne w swoim orzecznictwie aprobowały możliwość modyfikowania orzeczenia I instancji w oparciu o później pozyskane dane istotne z punktu widzenia weryfikacji zwrotu. W tym kontekście zarzuty kasacyjne naruszenia art. 122, art. 187 § 1 O.p. w związku z art. 233 § 1 pkt 1 i art. 239 O.p. należało uznać za uzasadnione.22. Reasumując, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego zasadność zarzutu naruszenia art. 87 ust. 2 u.p.t.u. polega w niniejszej sprawie na nieprawidłowym jego zastosowaniu przez Organ przejawiającym się wstrzymaniem zwrotu podatku VAT w pełnej kwocie, pomimo braku wykazania w uzasadnieniu postanowienia przesłanek determinujących możliwość zastosowania tej instytucji, co do całej kwoty zadeklarowanej kwoty zwrotu i implikuje naruszeniem także art. 87 ust. 1 u.p.t.u. Tym samym podniesione przez Skarżącą zarzuty naruszenia wskazanych przepisów prawa materialnego należało uznać za zasadne w powiązaniu z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a oraz art. 151 P.p.s.a.23. Za niezasadne natomiast Naczelny Sąd Administracyjny uznał zarzuty naruszenia przez Sąd pierwszej instancji art. 151 oraz art. 133 § 1, art. 134 § 1 oraz art. 141 § 4 P.p.s.a. Zgodnie z ostatnim ze wskazanych przepisów uzasadnienie wyroku powinno zawierać: zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Wnoszący skargę kasacyjną musi więc wskazać, jakich konkretnie elementów brak, lub który z nich nie został w sposób należyty zastosowany oraz wykazać, jaki to miało wpływ na wynik sprawy. Z art. 133 § 1 P.p.s.a. wynika, że sąd wydaje wyrok po zamknięciu rozprawy na podstawie akt sprawy, chyba że organ nie wykonał obowiązku, o którym mowa w art. 54 § 2. Wyrok może być wydany na posiedzeniu niejawnym w postępowaniu uproszczonym albo jeżeli ustawa tak stanowi. Natomiast orzekanie "na podstawie akt sprawy" oznacza, że sąd przy ocenie legalności decyzji bierze pod uwagę okoliczności, które z akt tych wynikają i które legły u podstaw zaskarżonego aktu. Obowiązek wydania wyroku na podstawie akt sprawy oznacza bowiem jedynie zakaz wyjścia poza materiał znajdujący się w aktach sprawy (por. wyrok NSA z 7 marca 2013 r., II GSK 2374/11). Z kolei art. 134 § 1 P.p.s.a. stanowi, że sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a.24. Autor skargi kasacyjnej upatruje naruszenia ww. przepisów w wadliwej kontroli działalności organów podatkowych przeprowadzonej przez Sąd pierwszej instancji, polegającej na błędnych ustaleniach faktycznych Sądu pierwszej instancji i w rezultacie błędnej oceny prawnej przez WSA w zakresie okoliczności sprawy, bez powiązania z aktami sprawy i zgromadzonymi w nich dowodami. Wskazuje na istniejącą - jego zdaniem - wadliwość uzasadnienia zaskarżonego wyroku, a ponadto między innymi argumentuje, że WSA bagatelizuje rażące naruszenie w sprawie art. 217 § pkt 4 O.p. przez Organ, który pomija w podstawach prawnych swojego postanowienia przepisów u.p.t.u. i odsyłając do poszukiwania ich w uzasadnieniu.25. Odnosząc się do powyższej argumentacji, zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnienie zaskarżonego wyroku, aczkolwiek merytorycznie błędne, spełnia warunki ustawowe przewidziane w art. 141 § 4 P.p.s.a., jego rozważania umożliwiły Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu ocenę zasadności przesłanek, na których oparto zaskarżone orzeczenie. Natomiast zarzut naruszenia art. 133 § 1 P.p.s.a. nie został prawidłowo uzasadniony ponieważ nie można kwestionować poprzez taki zarzut ustaleń sądu w zakresie stanu sprawy i podstawy prawnej, jak czyni to Spółka w niniejszej sprawie.26. Naczelny Sąd Administracyjny podziela stanowisko wyrażone przez Sąd pierwszej instancji co do niezasadności zarzutu naruszenia przez organ art. 217 § 1 pkt 4 O.p. w kontekście spełnienia przesłanek z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c P.p.s.a. albowiem ogólne odwołanie się do przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, jakkolwiek uchybiało przepisom Ordynacji podatkowej, nie stanowiło naruszenie przepisów proceduralnych w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy czyli wyeliminowania zaskarżonego postanowienia z obrotu prawnego tylko na tej podstawie. W treści postanowienia wskazane zostały bowiem przepisy materialnoprawne, zastosowane w postanowieniu. W związku z taką oceną nie miał również uzasadnienia wniosek dowodowy złożony w trybie art. 106 § 3 P.p.s.a.27. Argumentacja skargi kasacyjnej w zakresie bezczynności lub przewlekłości działania organu w zakresie braku zwrotu podatku i instrumentalnego działaniu ukierunkowanego jedynie na przedłużanie terminu zwrotu podatku nie mogła być objęta kontrolą Naczelnego Sądu Administracyjnego, gdyż nie wchodziła w zakres przedmiotowy niniejszej sprawy. W granicach tej sprawy mieści się jedynie ocena legalności zaskarżonego postanowienia oraz postanowienia je poprzedzającego. W jej granicach nie mieści się natomiast badanie terminowości czynności podejmowanych w trwającym postępowaniu podatkowym. Skarżąca przedmiotową kwestię mogła uczynić przedmiotem odrębnej skargi dotyczącej bezpośrednio przewlekłości prowadzonego postępowania.28. Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 188 P.p.s.a. uchylił zaskarżony wyrok oraz na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c w zw. art. 135 P.p.s.a. uchylił zaskarżone do Sądu pierwszej instancji postanowienie organu odwoławczego. W ponownie prowadzonym postępowaniu Organ zobowiązany będzie uwzględnić przedstawioną powyżej ocenę prawną dokonaną przez Naczelny Sąd Administracyjny.39. O kosztach postępowania za obie instancje Naczelny Sąd Administracyjny orzekł na podstawie art. 200, art. 203 pkt 1 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a. w związku z art. 209 P.p.s.a. oraz w powiązaniu z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c oraz § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 265).Elżbieta Olechniewicz Roman Wiatrowski Izabela Najda-Ossowska (spr.)sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA. oraz w powiązaniu z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c oraz § 14 ust. 1 pkt 2 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 265).Elżbieta Olechniewicz Roman Wiatrowski Izabela Najda-Ossowska (spr.)sędzia WSA (del.) sędzia NSA sędzia NSA