Źle naliczone koszty uzyskania przychodów w PIT-11.

Witam, pracowałem na umowę zlecenie przez okres 3 miesięcy. Otrzymałem PIT- dochody znacznie się różnią od rzeczywistych. Wypłata była do ręki. Co teraz zrobić ? Pracodawca twierdzi ze tak ma być.