1. Z dniem utworzenia Uniwersytetu:
1) pracownicy zatrudnieni w jednostkach, o których mowa w art. 3 ust. 1, stają się pracownikami Uniwersytetu;
2) studenci Akademii Rolniczo-Technicznej im. Michała Oczapowskiego w Olsztynie, Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie oraz studenci Warmińskiego Instytutu Teologicznego w Olsztynie, spełniający wymagania art. 140 ust. 1 ustawy z dnia 12 września 1990 r. o szkolnictwie wyższym (Dz. U. poz. 385, z późn. zm.1))2), stają się studentami Uniwersytetu. 2. Osoby przyjęte na pierwszy rok studiów na rok akademicki 1999/2000 do Akademii Rolniczo-Technicznej im. Michała Oczapowskiego w Olsztynie i Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego w Olsztynie z dniem utworzenia Uniwersytetu stają się jego studentami. 3. Podstawowe jednostki organizacyjne Akademii Rolniczo-Technicznej im. Michała Oczapowskiego w Olsztynie i Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie oraz Wydział Teologii erygowany na bazie Warmińskiego Instytutu Teologicznego w Olsztynie z dniem utworzenia Uniwersytetu stają się podstawowymi jednostkami organizacyjnymi Uniwersytetu.
1) Zmiany wymienionej ustawy zostały ogłoszone w Dz. U. z 1992 r. poz. 254 i 314, z 1994 r. poz. 3, 163, 509 i 591, z 1996 r. poz. 34 i 110, z 1997 r. poz. 153, 590, 661, 770 i 943, z 1998 r. poz. 310, 668, 1115 i 1118, z 2000 r. poz. 1268 i 1314, z 2001 r. poz. 924, 1129, 1193, 1194 i 1383, z 2002 r. poz. 33, 34, 1239, 1271 i 1683, z 2003 r. poz. 595, 1176, 1304 i 2081, z 2004 r. poz. 959, 1206, 1598 i 1845 oraz z 2005 r. poz. 71, 187 i 788.
2) Ustawa utraciła moc z dniem 1 września 2005 r. na podstawie art. 276 pkt 2 ustawy z dnia 27 lipca 2005 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz. U. poz. 1365), która weszła w życie z dniem 1 września 2005 r. 19.07.2019 4. Jednostki organizacyjne Akademii Rolniczo-Technicznej im. Michała Oczapowskiego w Olsztynie i Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Olsztynie, które przed dniem utworzenia Uniwersytetu posiadały uprawnienia do nadawania stopni naukowych, zachowują te uprawnienia po utworzeniu Uniwersytetu.