1. Dyrektora Instytutu powołuje i odwołuje minister właściwy do spraw finansów publicznych, po zasięgnięciu opinii Rady Instytutu. 2. Dyrektor Instytutu powołuje nie więcej niż trzech swoich zastępców i wyznacza zakres ich zadań. Dyrektor Instytutu odwołuje zastępców Dyrektora Instytutu. 3. Minister właściwy do spraw finansów publicznych odwołuje Dyrektora Instytutu w przypadku:
1) rezygnacji ze stanowiska;
2) zaprzestania spełniania wymagań, o których mowa w art. 8 ust. 1 pkt 1 i 4–6. 4. Minister właściwy do spraw finansów publicznych może w każdym czasie odwołać Dyrektora Instytutu. 5. W przypadkach, o których mowa w ust. 3 i 4, minister właściwy do spraw finansów publicznych powierza zastępcy Dyrektora Instytutu lub innej osobie pełnienie obowiązków Dyrektora Instytutu do czasu powołania nowego Dyrektora Instytutu.