1. Organem kierującym działalnością Agencji i reprezentującym ją na zewnątrz jest Prezes Agencji, zwany dalej „Prezesem”. 2. Do zadań Prezesa należy w szczególności:
1) zapewnienie realizacji zadań przez Agencję zgodnie z prawem Unii Europejskiej i prawem krajowym oraz przepisami międzynarodowymi;
2) uczestniczenie w inicjatywach i projektach międzynarodowych związanych z działalnością Agencji – za zgodą ministra właściwego do spraw transportu;
3) opracowywanie projektów rocznych i pięcioletnich planów działalności Agencji;
4) opracowywanie rocznych sprawozdań z działalności Agencji;
5) sporządzanie rocznego sprawozdania finansowego;
6) wybór biegłego rewidenta do badania sprawozdania finansowego Agencji oraz złożenie wniosku do Prezesa Urzędu Lotnictwa Cywilnego o jego zatwierdzenie;
7) sprawowanie zarządu majątkiem Agencji. 3. Prezesa powołuje Prezes Rady Ministrów, na wniosek ministra właściwego do spraw transportu. 4. Stanowisko Prezesa może zajmować osoba, która:
1) posiada tytuł zawodowy magistra lub równorzędny;
2) jest obywatelem polskim;
3) korzysta z pełni praw publicznych;
4) nie była karana za umyślne przestępstwo lub umyślne przestępstwo skarbowe;
5) posiada wiedzę i umiejętności w zakresie spraw należnych Agencji;
6) posiada co najmniej pięcioletni staż pracy, w tym co najmniej trzyletni staż pracy na stanowiskach kierowniczych;
7) zna biegle język angielski. 5. Na wniosek Prezesa minister właściwy do spraw transportu powołuje nie więcej niż dwóch zastępców Prezesa. Jeden z zastępców Prezesa powinien posiadać wiedzę i umiejętności w zakresie służby żeglugi powietrznej i co najmniej trzyletnie doświadczenie zawodowe na stanowisku kierowniczym w instytucji zapewniającej służby żeglugi powietrznej. Przepisy ust. 4 pkt 1–4 i 7 stosuje się odpowiednio. 6. Prezes Rady Ministrów, na wniosek ministra właściwego do spraw transportu, odwołuje Prezesa w przypadku:
1) prawomocnego skazania za umyślne przestępstwo lub umyślne przestępstwo skarbowe;
2) rażącego naruszenia przepisów prawa;
3) utraty obywatelstwa polskiego;
4) rezygnacji ze stanowiska;
5) utraty praw publicznych. 7. Prezes Rady Ministrów, na wniosek ministra właściwego do spraw transportu, może odwołać Prezesa w przypadku:
1) niewykonania lub nieprawidłowego wykonania jednego z zadań, o których mowa w ust. 2;
2) utraty zdolności do pełnienia obowiązków służbowych z powodu choroby trwającej dłużej niż 9 miesięcy lub innej długotrwałej przeszkody w pełnieniu obowiązków;
3) prowadzenia działalności, która pozostaje w sprzeczności z wykonywanymi obowiązkami. 8. Przepisy ust. 6 i 7 stosuje się odpowiednio do zastępców Prezesa. 9. Prezes Rady Ministrów ustala wysokość wynagrodzenia Prezesa i jego zastępców zgodnie z ustawą z dnia 3 marca 2000 r. o wynagradzaniu osób kierujących niektórymi podmiotami prawnymi (Dz. U. z 2019 r. poz. 2136).

Art. 6a. 1. Czas pracy kontrolerów ruchu lotniczego obejmujący:
1) pracę na stanowisku operacyjnym,
2) czynności pomocnicze i przygotowawcze do wykonania czynności na stanowisku operacyjnym,
3) przejmowanie i przekazywanie stanowiska operacyjnego,
4) prowadzenie i nadzorowanie szkolenia praktycznego (OJT) oraz egzaminowanie
– nie może przekraczać 8 godzin na dobę i przeciętnie 30 godzin na tydzień, w przeciętnie pięciodniowym tygodniu pracy w przyjętym okresie rozliczeniowym nieprzekraczającym 3 miesięcy, z zastrzeżeniem ust. 3. 2. Do czasu pracy, o którym mowa w ust. 1, wlicza się przerwy w wymiarze nie mniejszym niż 25 % dobowego wymiaru czasu pracy. 3. Czas pracy kontrolerów ruchu lotniczego obejmujący w szczególności:
1) szkolenie zawodowe, w tym trening na symulatorze kontroli ruchu lotniczego,
2) badania lotniczo-lekarskie,
3) udział w grupach zadaniowych i projektach związanych z rozwojem zarządzania ruchem lotniczym
– nie może przekraczać 8 godzin na dobę oraz 40 godzin na tydzień, w przeciętnie pięciodniowym tygodniu pracy w przyjętym okresie rozliczeniowym. 4. Sposób obliczania wymiaru czasu pracy kontrolerów ruchu lotniczego, o którym mowa w ust. 1 i 3, ustala się w zakładowym układzie zbiorowym pracy lub regulaminie pracy w uzgodnieniu ze związkiem zawodowym reprezentującym kontrolerów ruchu lotniczego. 5. Rozkład czasu pracy kontrolerów ruchu lotniczego jest ustalany na okres rozliczeniowy. W rozkładzie czasu pracy wskazuje się, które z czynności określonych w ust. 1 lub 3 mają być wykonywane przez kontrolera ruchu lotniczego. Rozdział 3 Gospodarka Agencji