Organami CMKP są:
1) dyrektor;
2) Rada Naukowa.

Art. 6a. 1. Dyrektorem może być osoba, która spełnia wymagania określone w art. 20 ust. 1 pkt 1–5 i pkt 7 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, wykonuje zawód medyczny w rozumieniu art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej oraz posiada:
1) co najmniej stopień naukowy doktora habilitowanego;
2) wiedzę z zakresu spraw należących do zadań dyrektora;
3) co najmniej 3-letnie doświadczenie w zarządzaniu zespołami ludzkimi;
4) znajomość języka angielskiego. 2. Minister właściwy do spraw zdrowia ogłasza konkurs na stanowisko dyrektora:
1) co najmniej na 8 tygodni przed upływem kadencji dyrektora;
2) niezwłocznie – w przypadku odwołania albo śmierci dyrektora. 3. Informację o naborze na stanowisko dyrektora ogłasza się przez umieszczenie ogłoszenia w miejscu powszechnie dostępnym w siedzibie CMKP oraz w Biuletynie Informacji Publicznej na stronach podmiotowych CMKP i Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. Ogłoszenie zawiera:
1) nazwę i adres CMKP;
2) stanowisko, na które będzie prowadzony nabór, i wymagania związane ze stanowiskiem wynikające z przepisów prawa;
3) zakres zadań wykonywanych na stanowisku;
4) wymagane dokumenty;
5) termin i miejsce składania dokumentów;
6) informację o metodach i technikach naboru. 4. Termin, o którym mowa w ust. 3 pkt 5, nie może być krótszy niż 10 dni od dnia opublikowania ogłoszenia w Biuletynie Informacji Publicznej na stronie podmiotowej Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. 5. Nabór na stanowisko dyrektora przeprowadza zespół, którego członkowie są powoływani i odwoływani przez ministra właściwego do spraw zdrowia. W skład zespołu wchodzi 6 osób, w tym 2 przedstawicieli Naczelnej Rady Lekarskiej i 1 przedstawiciel Naczelnej Rady Pielęgniarek i Położnych, których wiedza i doświadczenie dają rękojmię wybrania najlepszego kandydata. Minister właściwy do spraw zdrowia spośród członków zespołu wskazuje przewodniczącego zespołu. 6. Minister właściwy do spraw zdrowia przed powołaniem zespołu zwraca się do Naczelnej Rady Lekarskiej oraz Naczelnej Rady Pielęgniarek i Położnych o wskazanie przedstawicieli w zespole. W przypadku gdy Naczelna Rada Lekarska albo Naczelna Rada Pielęgniarek i Położnych nie wskaże swoich przedstawicieli w okresie 14 dni od dnia doręczenia wezwania, minister właściwy do spraw zdrowia powołuje inne osoby w miejsce przedstawicieli danej Rady. 7. W toku naboru zespół ocenia doświadczenie zawodowe kandydata, wiedzę niezbędną do wykonywania zadań na stanowisku, na które jest przeprowadzany nabór, oraz znajomość języka angielskiego. 8. Członek zespołu ma obowiązek zachowania w tajemnicy informacji uzyskanych w trakcie naboru, dotyczących osób ubiegających się o stanowisko dyrektora. 9. W toku naboru zespół, w drodze głosowania, wybiera kandydata, którego przedstawia ministrowi właściwemu do spraw zdrowia. W przypadku równej liczby głosów decyduje głos przewodniczącego zespołu. 10. Z przeprowadzonego naboru zespół sporządza protokół zawierający:
1) nazwę i adres CMKP;
2) stanowisko, na które był prowadzony nabór, oraz listę kandydatów zawierającą ich imiona i nazwiska;
3) imię, nazwisko i adres wybranego kandydata albo informację o niewybraniu kandydata;
4) informację o zastosowanych metodach i technikach naboru;
5) uzasadnienie dokonanego wyboru albo powody niewybrania kandydata;
6) skład zespołu. 11. Wynik naboru ogłasza się niezwłocznie przez umieszczenie informacji w Biuletynie Informacji Publicznej na stronach podmiotowych CMKP i Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. Informacja o wyniku naboru zawiera:
1) nazwę i adres CMKP;
2) imię, nazwisko wybranego kandydata oraz jego miejsce zamieszkania albo informację o niewybraniu kandydata.

Art. 6b. 1. Wybranego w drodze konkursu kandydata minister właściwy do spraw zdrowia powołuje na stanowisko dyrektora na kadencję wynoszącą 4 lata. Powołanie stanowi nawiązanie stosunku pracy na podstawie powołania w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. – Kodeks pracy (Dz. U. z 2023 r. poz. 1465 oraz z 2024 r. poz. 878, 1222, 1871 i 1965). 2. Minister właściwy do spraw zdrowia w akcie o powołaniu dyrektora określa także wysokość jego wynagrodzenia zgodnie z ustawą z dnia 3 marca 2000 r. o wynagradzaniu osób kierujących niektórymi podmiotami prawnymi (Dz. U. z 2019 r. poz. 2136). 3. Ta sama osoba może zajmować stanowisko dyrektora nie dłużej niż przez dwie następujące po sobie kadencje. 4. Osoba powołana na stanowisko dyrektora jest zatrudniana w CMKP jako podstawowym miejscu pracy w rozumieniu ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce nie później niż z dniem rozpoczęcia kadencji. 5. Wykonywanie dodatkowego zajęcia zarobkowego przez dyrektora wymaga uzyskania zgody ministra właściwego do spraw zdrowia. Zgoda jest wydawana na okres kadencji. 6. W przypadku zajmowania stanowiska dyrektora w kolejnej kadencji okres, którego dotyczy zgoda, o której mowa w ust. 5, ulega przedłużeniu o 4 miesiące. W przypadku nieuzyskania zgody dyrektor zaprzestaje wykonywania dodatkowego zajęcia zarobkowego w terminie 4 miesięcy od dnia rozpoczęcia kadencji. 7. Minister właściwy do spraw zdrowia odwołuje dyrektora w przypadku:
1) zaprzestania spełniania któregokolwiek z wymagań określonych w art. 20 ust. 1 pkt 1–5 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. – Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce;
2) utraty zdolności do pełnienia obowiązków z powodu choroby lub innej przeszkody trwale uniemożliwiającej pełnienie obowiązków przez co najmniej 6 miesięcy;
3) rezygnacji z pełnionej funkcji;
4) złożenia niezgodnego z prawdą oświadczenia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 ustawy z dnia 18 października 2006 r. o ujawnianiu informacji o dokumentach organów bezpieczeństwa państwa z lat 1944–1990 oraz treści tych dokumentów (Dz. U. z 2024 r. poz. 1632, 1897 i 1940), albo niezgodnej z prawdą informacji, o której mowa w art. 7 ust. 3a tej ustawy, stwierdzonego prawomocnym orzeczeniem sądu;
5) wykonywania dodatkowego zajęcia zarobkowego bez zgody, o której mowa w ust. 5 albo 6. 8. W przypadku nieobsadzenia stanowiska dyrektora jego obowiązki pełni osoba wskazana w statucie CMKP.