1. Protest jest wnoszony za pośrednictwem instytucji, o której mowa w art. 39 ust. 1, zgodnie z pouczeniem, o którym mowa w art. 45 ust. 5. 2. Instytucja, o której mowa w art. 39 ust. 1, w terminie 14 dni od dnia otrzymania protestu weryfikuje wyniki dokonanej przez siebie oceny projektu w zakresie kryteriów i zarzutów, o których mowa w art. 54 ust. 2 pkt 4 i 5, i:
1) dokonuje zmiany podjętego rozstrzygnięcia, co skutkuje odpowiednio skierowaniem projektu do właściwego etapu oceny, albo dokonuje aktualizacji listy, o której mowa w art. 46 ust. 3, informując o tym wnioskodawcę, albo
2) kieruje protest wraz z otrzymaną od wnioskodawcy dokumentacją do właściwej instytucji, o której mowa w art. 55, załączając do niego stanowisko dotyczące braku podstaw do zmiany podjętego rozstrzygnięcia, oraz informuje wnios- kodawcę na piśmie o przekazaniu protestu. 3. Przepisów ust. 1 i 2 nie stosuje się, jeżeli instytucją właściwą do rozpatrzenia protestu jest instytucja, o której mowa w art. 39 ust. 1. W takim przypadku protest jest wnoszony bezpośrednio do tej instytucji zgodnie z pouczeniem, o którym mowa w art. 45 ust. 5.