Strukturę organizacyjną WDT tworzą:
1) Szef WDT;
2) Biuro WDT z siedzibą w Warszawie;
3) Delegatura WDT z siedzibą w Gdyni;
4) Delegatura WDT z siedzibą w Krakowie;
5) Delegatura WDT z siedzibą w Olsztynie;
6) Delegatura WDT z siedzibą w Warszawie;
7) Delegatura WDT z siedzibą we Wrocławiu.