1. Z przebiegu kontroli sporządza się protokół, jeżeli przepisy Unii Europejskiej lub przepisy odrębne w zakresie rynków rolnych nie stanowią inaczej. 2. Protokół zawiera w szczególności:
1) czas trwania kontroli;
2) imię i nazwisko, stanowisko służbowe oraz numer legitymacji służbowej inspektora przeprowadzającego kontrolę;
3) dane identyfikujące kontrolowanego;
4) opis stanu faktycznego, stwierdzonego w wyniku kontroli, ze szczególnym uwzględnieniem ujawnionych nieprawidłowości oraz, jeżeli jest to możliwe, z podaniem przyczyn ich powstania, a także osób odpowiedzialnych za ich zaistnienie;
5) opis nieprawidłowości usuniętych w toku kontroli. 2a. (uchylony) 2b. Protokół sporządza się w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach. 3. Protokół należy przedstawić kierownikowi jednostki kontrolowanej, a w razie jego nieobecności – zastępcy kierownika lub innej osobie upoważnionej do zastępowania kierownika, a w razie nieobecności tych osób – osobie uczestniczącej w przeprowadzaniu kontroli. 4. Przed podpisaniem protokołu osoby, o których mowa w ust. 3, mają prawo wnieść do niego swoje uwagi. 5. Protokół podpisują przeprowadzający kontrolę oraz osoba, o której mowa w ust. 3; w przypadku odmowy złożenia podpisu przez osobę, o której mowa w ust. 3, przeprowadzający kontrolę zamieści o tym wzmiankę w protokole. 6. Z wykonanych w toku kontroli czynności, w tym zabezpieczenia artykułów rolno-spożywczych, dokumentów lub innych przedmiotów, dokonania oględzin, pobrania próbek lub przeprowadzenia innych dowodów sporządza się odrębne protokoły, chyba że w toku czynności kontrolnych nie stwierdzono nieprawidłowości. 6a. O sporządzeniu odrębnych protokołów z wykonania poszczególnych czynności, o których mowa w ust. 6, należy uczynić wzmiankę w protokole kontroli. W razie niestwierdzenia nieprawidłowości powyższe czynności kontrolne dokumentuje się w protokole kontroli. 7. Jeden egzemplarz protokołu pozostawia się osobie wymienionej w ust. 3. 8. (uchylony) 9. Podmiot kontrolowany może zgłosić do organu kontrolującego zastrzeżenia do ustaleń zawartych w protokole w terminie 7 dni od dnia podpisania protokołu. 10. W przypadku zgłoszenia zastrzeżeń organ kontrolujący rozpatruje je w terminie 7 dni od dnia ich zgłoszenia oraz, jeżeli to konieczne, przeprowadza dodatkowe czynności kontrolne w celu uzupełnienia stanu faktycznego opisanego w protokole kontroli. 11. W przypadku uznania zgłoszonych zastrzeżeń wprowadza się zmiany w formie aneksu do protokołu. Aneks do protokołu podpisują przeprowadzający kontrolę i osoba, o której mowa w ust. 3. 12. W przypadku nieuwzględnienia zastrzeżeń w całości albo w części organ kontrolujący przekazuje niezwłocznie, nie później niż w terminie, o którym mowa w ust. 10, swoje stanowisko na piśmie podmiotowi kontrolowanemu zgłaszającemu zastrzeżenia. 13. Przeprowadzający kontrolę albo organ kontrolujący może, z urzędu lub na wniosek podmiotu kontrolowanego, prostować błędy pisarskie i rachunkowe lub inne oczywiste pomyłki w protokole.

Art. 28a. 1. Główny Inspektor oraz upoważnieni przez niego pracownicy Inspekcji są uprawnieni do nadzorowania kontroli przeprowadzanej przez wojewódzkich inspektorów w celu sprawdzenia prawidłowości przeprowadzania tej kontroli. 2. Przed przystąpieniem do nadzorowania kontroli, o której mowa w ust. 1, Główny Inspektor oraz upoważniony przez niego pracownik Inspekcji są obowiązani okazać legitymację służbową podmiotowi kontrolowanemu lub osobie przez niego upoważnionej oraz pracownikowi Inspekcji przeprowadzającemu kontrolę, a także okazać upoważnienie podmiotowi kontrolowanemu lub osobie przez niego upoważnionej, a w przypadku nieobecności tych osób – osobie uczestniczącej w przeprowadzaniu kontroli. 3. Do nadzorowania kontroli, o której mowa w ust. 1, stosuje się przepisy art. 24 ust. 1 pkt 1–2, 4 i 5 oraz art. 24a. 4. Główny Inspektor oraz upoważniony przez niego pracownik Inspekcji mogą dokonać zabezpieczenia, o którym mowa w art. 26, w sposób określony w art. 27. 5. Z czynności przeprowadzonych w toku nadzoru, o którym mowa w ust. 1, sporządza się protokół. Do sporządzania protokołu stosuje się przepisy art. 28. 6. W przypadku gdy Główny Inspektor albo upoważniony przez niego pracownik Inspekcji stwierdzi nieprawidłowości kontroli przeprowadzanej pod nadzorem, wydaje wojewódzkiemu inspektorowi polecenie niezwłocznego usunięcia tych nieprawidłowości. 7. Główny Inspektor kieruje do właściwego wojewódzkiego inspektora pisemne polecenia lub wytyczne, jeżeli jest to niezbędne w celu usunięcia stwierdzonych nieprawidłowości kontroli przeprowadzanej pod nadzorem. 8. Wojewódzki inspektor jest obowiązany poinformować Głównego Inspektora, w wyznaczonym przez Głównego Inspektora terminie, o sposobie wykonania poleceń lub wytycznych, o których mowa w ust. 7.