1. Środki Funduszu przeznacza się na:
1) wypłatę przyznanych premii, premii MZG i premii powodziowych;
1a) wypłatę kwot określonych w porozumieniach, o których mowa w art. 11c ust. 1;
1b) pokrycie kosztów, o których mowa w art. 21 ust. 1a;
2) pokrycie kosztów weryfikacji audytów energetycznych i audytów remontowych oraz pozostałej wymaganej dokumentacji niezbędnej do potwierdzenia spełniania warunków przyznania premii, premii MZG, premii powodziowych, grantów termomodernizacyjnych, grantów MZG i grantów OZE;
2a) pokrycie kosztów wykonywania przez Narodowy Fundusz zadań dotyczących przedsięwzięć niskoemisyjnych, określonych w rozdziałach 4a i 5;
3) pokrycie kosztów obsługi Funduszu;
4) pokrycie kosztów promocji Funduszu. 2. Wolne środki Funduszu w walutach obcych mogą być lokowane w bankach.