Wyrok - I SA/Lu 594/24 - Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie - z dnia 25 czerwca 2025
Teza
Uchylono zaskarżoną decyzję. podatek od nieruchomości. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Monika Kazubińska-Kręcisz (sprawozdawca) Sędziowie Sędzia WSA Andrzej Niezgoda Asesor sądowy Jakub Polanowski Protokolant specjalista Ewelina Jankowska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 czerwca 2025 r. sprawy ze skargi G. Spółki Akcyjnej z siedzibą w W. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego z dnia 31 lipca 2024 r. nr SKO.405.PO/464/23/24 w przedmiocie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2017 r. I. uchyla zasUchylono zaskarżoną decyzję. podatek od nieruchomości. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Monika Kazubińska-Kręcisz (sprawozdawca) Sędziowie Sędzia WSA Andrzej Niezgoda Asesor sądowy Jakub Polanowski Protokolant specjalista Ewelina Jankowska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 czerwca 2025 r. sprawy ze skargi G. Spółki Akcyjnej z siedzibą w W. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego z dnia 31 lipca 2024 r. nr SKO.405.PO/464/23/24 w przedmiocie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2017 r. I. uchyla zas
Najważniejsze informacje
W skrócie
Wynik
zasądzono świadczenie
Przedmiot
skarga administracyjna / kontrola aktu administracyjnego
Typ sprawy
sprawa administracyjna / kontrola aktu administracyjnego
Etap
postępowanie administracyjne sądowe / skarga na decyzję lub akt
Tryb
rozprawa
Tematy
skarga administracyjna
kontrola administracyjna
samorząd terytorialny
spadek
Role w sprawie
apelujący / skarżący
Data orzeczenia
25 czerwca 2025
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie
Przewodniczący
Monika Kazubińska-Kręcisz
Podstawa prawna
Rozstrzygnięcie
Uchylono zaskarżoną decyzję
UZASADNIENIE
Zaskarżoną decyzją z dnia 31 lipca 2024 r. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Białej Podlaskiej, po rozpatrzeniu odwołania G. z siedzibą w W. (strony, spółki, skarżącej) od decyzji Wójta Gminy [...] z dnia 24 stycznia 2023 r. nr F-KP.3120.90010040.1.3.23.MM, stwierdzającej nadpłatę w podatku od nieruchomości za rok 2017 w wysokości 7.733 zł i odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za ten rok w wysokości 206.612zł:- uchyliło decyzję organu pierwszej instancji w części odmawiającej stwierdzenia nadpłaty i w tej części określiło wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za: grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej w wysokości 148.452 zł; budynki związane z prowadzeniem działalności gospodarczej w wysokości 19.691,54 zł oraz budowle w wysokości 460.935,97 zł, łącznie 629.080 zł,- odmówiło stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2017 w wysokości 198.879 zł;- w pozostałej części utrzymało w mocy decyzję organu pierwszej instancji.Jak wynika z treści zaskarżonej decyzji i akt sprawy, strona wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2017 r. w wysokości 206.612 zł, składając korektę deklaracji. Wskazała, że do opodatkowania zgłosiła budynki o powierzchni użytkowej 603 m2, podczas gdy powierzchnia ta wynosi 869 m2, przez co zaniżyła należny podatek o kwotę 6.028 zł. Opodatkowując grunty o powierzchni 16.339 m2, z których korzystała na podstawie umowy ustanowienia służebności gruntowej zawartej z Gminą [...], zawyżyła z kolei kwotę należnego podatku o 14.542 zł. Nie ujęła jako budowli wiaty magazynowej o wartości 5.250,11 zł, wiaty nad instalacją metanolu o wartości 1.361,01 zł oraz wiaty nad pompami instalacji odsiarczania o wartości 32.400 zł, przez co zaniżyła podstawę opodatkowania budowli o 39.011,12 zł i należny z tego tytułu podatek o 780 zł. Ponadto, nie skorzystała ze zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych (u.p.o.l.) w odniesieniu do bocznicy kolejowej, stanowiącej budowlę o wartości 4.746.308,41 zł i gruntów pod tą bocznicą o łącznej powierzchni 116.800 m2, co doprowadziło do powstania nadpłaty w kwocie 198.878 zł.Organ pierwszej instancji nie podzielił stanowiska strony w zakresie nadpłaty związanej z opodatkowaniem bocznicy kolejowej. Wskazał, że spółka jest właścicielem Terminala Gazu LPG w [...], na którym usytuowana jest bocznica kolejowa. Terminal tworzą działki o numerach [...], [...] i [...] o łącznej powierzchni 16,6800 ha, będące w użytkowaniu wieczystym podatnika. Zdaniem organu, zwolnienie na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter pomocy publicznej zdefiniowanej w art. 107 TFUE. Ma ono charakter selektywny i grozi zakłóceniem konkurencji. Pomoc ta nie została notyfikowana Komisji Europejskiej w trybie art. 108 ust. 3 TFUE, a co za tym idzie zaistniały podstawy do zastosowania klauzuli zawieszającej, o której mowa w art. 3 rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 TFUE, co uzasadnia odmowę zastosowania zwolnienia do czasu wydania stosownej decyzji przez Komisję Europejską.Organ pierwszej instancji określił wysokość zobowiązania według skorygowanych podstaw, przyjmując do opodatkowania grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (działka nr [...] o powierzchni 50.000 m2 x 0,89 zł), grunty, na których usytuowane są elementy infrastruktury kolejowej (bocznica kolejowa na działkach nr [...] i nr [...] o łącznej powierzchni 116.800 m2 x 0,89 zł), budynki związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (869.00 m2 x 22,66 zł), budowle o wartości 18.300.490 zł x 2 % oraz budowle infrastruktury kolejowej (bocznica kolejowa o wartości 4.746.308,41 zł x 2). Uwzględniając, że strona w 2017 r. zadeklarowała i wpłaciła podatek od nieruchomości w kwocie 636.813 zł, organ stwierdził nadpłatę w wysokości 7.733 zł.W odwołaniu od decyzji spółka wniosła o jej uchylenie w części opisanej w punkcie II sentencji i orzeczenie o istocie sprawy przez stwierdzenie nadpłaty również co do kwoty 206.612 zł, względnie o uchylenie decyzji organu pierwszej instancji w całości i przekazanie sprawy temu organowi do ponownego rozpatrzenia.W odwołaniu zarzucono naruszenie:- art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu obowiązującym w roku podatkowym 2017 w zw. z art. 4 pkt 1 ustawy o transporcie kolejowym (u.t.k.) i załącznikiem nr 1 do tej ustawy, a także w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 TFUE oraz art. 7 i art. 32 i art. Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej przez uznanie zwolnienia za niedozwoloną pomoc publiczną, podczas gdy nie wyczerpuje ono znamion tego rodzaju pomocy, a organ nie jest uprawniony do kwestionowania przepisów rangi ustawowej,- art. 3 w związku z art. 2 ust. 1 rozporządzenia Rady (WE) 659/1999 ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 93 Traktatu WE przez ich błędną wykładnię i zastosowanie przejawiające się w przyjęciu, że organ ma kompetencje do oceny zwolnienia podatkowego jako pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 TFUE oraz do wstrzymania się z zastosowaniem zwolnienia w przypadku uznania zwolnienia za pomoc publiczną, podczas gdy zwolnienia nie można uznać za pomoc publiczną z uwagi na brak cechy selektywności oraz brak zakłócenia konkurencji czy też zagrożenia zakłóceniem konkurencji, a organ nie może samodzielnie odmówić zastosowania przepisu ustawy;- art. 107 ust. 1 TFUE przez jego błędną wykładnię przejawiającą się w przyjęciu, że zwolnienie podatkowe od podatku od nieruchomości sprzyja niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów oraz wpływa na wymianę handlową pomiędzy państwami członkowskimi, podczas gdy omawiane zwolnienie nie ma takiego charakteru, a organ nie poczynił miarodajnych ustaleń w tym zakresie;- art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 O.p. w zw. z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 u.t.k. i załącznikiem nr 1 do tej ustawy oraz w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 TFUE w postaci niewykazania przesłanek pozwalających uznać zwolnienie podatkowe za pomoc publiczną, w szczególności selektywnego charakteru tego zwolnienia,- art. 121 § 1 i art. 124 O.p. przez oparcie swojego stanowiska na nieprawomocnych wyrokach wojewódzkich sądów administracyjnych oraz nieistniejącym orzeczeniu WSA w Szczecinie w sprawie sygn. akt I SA 636/22.W ocenie Samorządowego Kolegium Odwoławczego, argumenty odwołania sprowadzają się do polemiki ze stanowiskiem organu pierwszej instancji dotyczącym niedopuszczalności zastosowania zwolnienia z uwagi na możliwość udzielenia niedozwolonej pomocy publicznej i są niezasadne. Podstawą uchylenia rozstrzygnięcia było natomiast błędne zastosowanie art. 75 § 4a O.p.W niniejszej sprawie organ pierwszej instancji stwierdził nadpłatę w innej kwocie niż wnioskowała strona, ale nie określił w decyzji wysokości zobowiązania w odniesieniu do podstaw, których prawidłowość spółka kwestionowała we wniosku o zwrot nadpłaty. Tymczasem stwierdzenie nadpłaty w wysokości innej niż wskazał podatnik pociąga za sobą konieczność jednoczesnego określenia prawidłowej kwoty zobowiązania podatkowego od przedmiotów opodatkowania wskazanych we wniosku o nadpłatę i w skorygowanej deklaracji.Organ odwoławczy określił łączną wysokość zobowiązania na kwotę 629.080 zł, czyli na kwotę niższą od pierwotnie zadeklarowanej. Za podstawę opodatkowania przyjęto grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (44.500 zł) i grunty, na których usytuowane są elementy infrastruktury kolejowej (103.952 zł). Powierzchnia tych gruntów została w pierwotnej deklaracji niezasadnie zawyżona o areał zajęty pod służebność gruntową. Kolegium określiło wysokość zobowiązania także od skorygowanej powierzchni użytkowej budynków związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej (19.691,54 zł), których powierzchnia w deklaracji była zaniżona oraz od skorygowanej wartości budowli, których wartość została zwiększona.Skarżąca zadeklarowała i wpłaciła podatek od nieruchomości w 2017 r. w kwocie 636.813 zł. Napłata wyniosła więc 7.733 zł.W pozostałym zakresie, czyli co do kwoty 198.879 zł, nadpłata miała wynikać z nieskorzystania przez stronę z przysługującego jej zwolnienia od podatku od nieruchomości, na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w odniesieniu do bocznicy kolejowej stanowiącej budowlę i gruntów pod tą bocznicą. Elementy infrastruktury kolejowej wraz z bocznicą kolejową spełniają przesłanki ustawowego zwolnienia. Drogi kolejowe zlokalizowane na obszarze infrastruktury kolejowej, której właścicielem jest spółka, posiadają status bocznicy. Obsługa bocznicy kolejowej z krajowej sieci kolejowej odbywa się w oparciu o postanowienia regulaminu pracy oraz umowy z licencjonowanymi przewoźnikami kolejowymi, wykonującymi przewozy na rzecz spółki. W zaskarżonej decyzji stwierdzono jednak, że prawo do ulgi nie może być zrealizowane, ponieważ nosi znamiona pomocy publicznej zdefiniowanej art. 107 ust. 1 TFUE, a co za tym idzie istnieją podstawy prawne do zastosowania klauzuli zawieszającej, o której mowa w art. 3 rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589. Występujący w orzecznictwie sądów administracyjnych spór co do tego, czy obowiązujące od roku 2017 do roku 2021 r. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie powinno było być notyfikowane Komisji Europejskiej jako potencjalna forma pomocy publicznej powstał wskutek rozszerzenia w prawie krajowym pojęcia "infrastruktury kolejowej", wbrew definicji tego pojęcia zawartej w dyrektywie 2012/34/UE. Z definicji "infrastruktury kolejowej" zawartej w dyrektywie 2012/34/EU wynika, że prywatne linie kolejowe i bocznice, odgałęzienia od torów stacjonarnych i szlakowych nie są częścią infrastruktury kolejowej. W preambule dyrektywy wskazano, że zarządcy takich infrastruktur nie powinni podlegać obowiązkom nałożonym na zarządców infrastruktury kolejowej. Tymczasem w przepisach u.t.k. powyższe wyłączenie linii i bocznic prywatnych z definicji infrastruktury kolejowej nie zostało uwzględnione. Tym samym, zakres zwolnienia w prawie krajowym od dnia 1 stycznia 2017 r. został rozszerzony o infrastrukturę prywatną, którą w myśl art. 4 pkt 1c u.t.k. jest infrastruktura kolejowa wykorzystywana wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy innych niż przewóz osób, podczas gdy głównym uzasadnieniem zmian w przepisach było dostosowanie krajowych norm prawnych w zakresie norm transportu kolejowego o charakterze publicznym do zmiany prawa Unii Europejskiej.Należało zatem ocenić zgodność zwolnienia z przepisami prawa wspólnotowego, w szczególności tymi dotyczącymi udzielania pomocy publicznej. Organ odwoławczy podkreślił, że brak wskazania wprost w ustawie o podatkach i opłatach lokalnych, iż omawiane zwolnienie może być formą udzielenia pomocy publicznej nie oznacza, że dana preferencja takiej pomocy nie stanowi. Wskazał też, że zwolnienie przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. za pomoc publiczną uznawały sądy administracyjne, zaś Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 19 kwietnia 2023r. III FSK 3/22 skierował w tej kwestii pytanie prejudycjalne do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.Organ odwoławczy podkreślił też, że ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw nie została zgłoszona Komisji Europejskiej do procedury uprzedniej konsultacji, co wywołuje dla państwa członkowskiego określone skutki. Jak wynika z art. 108 ust. 2 TFUE, państwo członkowskie nie może wprowadzić w życie projektowanych środków, dopóki procedura ta nie doprowadzi do wydania decyzji końcowej. Z art. 3 rozporządzenia Rady UE 2015/1589 wynika, że pomocy podlegającej obowiązkowi zgłoszenia nie wprowadza się w życie do czasu podjęcia przez Komisję Europejską decyzji zezwalającej na taką pomoc lub do czasu uznania takiej decyzji Komisji za podjętą. Zatem w sprawie zasadne było powołanie się na art. 107 i 108 TFUE, jak i na klauzulę zawieszającą, o której mowa w art. 3 rozporządzenia 2015/1589. Działalność spółki ma wpływ na konkurencję na rynku wspólnotowym, toteż zastosowanie spornego zwolnienia z podatku od nieruchomości byłoby finansowaniem ze środków publicznych działalności gospodarczej, której częścią jest wchodząca w jego skład infrastruktura kolejowa. Strona niewątpliwie nie jest przedsiębiorstwem kolejowym, nie świadczy usług w kolejowym transporcie kolejowym lub pasażerskim. Korzyść ma zatem charakter selektywny, zwolnienie zmniejszałoby ciężar fiskalny i odciążało budżet przedsiębiorcy posiadającego w swoich zasobach majątkowych elementy infrastruktury kolejowej. Inni przedsiębiorcy, którzy takiej infrastruktury nie posiadają, z pomocy takiej skorzystać nie mogą.W skardze na powyższą decyzję G. z siedzibą w W. wniosła o jej uchylenie w zaskarżonej części, zobowiązanie organu do wydania w określonym terminie decyzji ze wskazaniem sposobu załatwienia sprawy lub jej rozstrzygnięcia, a nadto o zasądzenie kosztów postępowania. Spółka zaskarżyła decyzję w części obejmującej:- tiret 1 pkt 1 w odniesieniu do tiret 1 tego punktu (grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej) co do kwoty 103.952 zł, czyli w zakresie, w jakim określono wysokość zobowiązania podatkowego za grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej ponad kwotę 44.500 zł;- tiret 1 pkt 1 w odniesieniu do tiret 3 tego punktu (budowle związane z prowadzeniem działalności gospodarczej) co do kwoty 94.926,17 zł, czyli w zakresie, w jakim określono wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za budowle ponad kwotę 366.009,80 zł;- tiret 1 pkt 2 w całości.Jako podstawę skargi w pierwszej kolejności wskazano art. 2a O.p., bowiem organ rozstrzygnął wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego na korzyść jednostki samorządu terytorialnego, a nie podatnika, czego konsekwencją była odmowa stwierdzenia nadpłaty.Skarżąca podniosła zarzut naruszenia art. 120 O.p. w zw. z art. 7 i art. 87 Konstytucji RP przez bezpodstawne zakwestionowanie zwolnienia w odniesieniu do infrastruktury kolejowej oraz niezastosowanie powszechnie obowiązujących przepisów ustawy podatkowej, co było sprzeczne z zasadą praworządności. W jej ocenie, organ – wbrew art. 121 § 1 oraz art. 124 O.p. – nieprzekonująco umotywował stwierdzenie, że odmowa stwierdzenia nadpłaty była poprawna, chociaż decyzję pierwszej instancji oparto w całości na nieprawomocnych wyrokach sądów administracyjnych oraz na wyroku nieistniejącym, całkowicie pomijając przy tym ugruntowaną linię orzeczniczą przywołaną przez stronę w odwołaniu. Stanowisko spółki uznano wyłącznie za polemikę, chociaż oceny prezentowane przez organy nie są ani ugruntowane, ani nie dominują, wobec czego problem nadal jest sporny i należało wątpliwości rozstrzygnąć na korzyść podatnika. Nadto, zdaniem skarżącej doszło do naruszenia art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 O.p. przez niepodjęcie wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym, rozpatrzenie całego materiału dowodowego sprawy w sposób niewyczerpujący oraz arbitralne i ogólne przyjęcie, iż skorzystanie przez stronę ze zwolnienia stanowiłoby niedozwoloną pomoc publiczną, podczas gdy organy nie poczyniły żadnych ustaleń w tym zakresie i nie wykazały, że w danej sprawie przesłanki dotyczące tej rzekomo niedozwolonej pomocy publicznej zostały spełnione.W zakresie prawa materialnego strona wskazała na niezgodność decyzji z art. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2017 r. do dnia 31 grudnia 2021 r. w zw. z art. 4 pkt 1 oraz załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art. 107 ust. 1 oraz art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE i. z art. 32 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej przez błędną wykładnię prawotwórczą, uzależniającą zastosowanie zwolnienia od dodatkowych niewynikających z przepisu przesłanek związanych z pomocą publiczną, a w konsekwencji stwierdzenie, że przyznanie zwolnienia stanowi niedozwoloną pomoc publiczną, nadto przez błędne i niezgodne z unijną praktyką rozszerzenie grupy porównawczej na wszystkich podatników podatku od nieruchomości, podczas gdy należało wziąć pod uwagę tych tylko, którzy są rzeczywistymi posiadaczami infrastruktury kolejowej, a także przez pominięcie przy wykładni przepisów u.p.o.l. i u.t.k., co doprowadziło do wykładni profiskalnej.Skarżąca zarzuciła też naruszenie z art. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 stycznia 2017 r. do dnia 31 grudnia 2021 r. w zw. z art. 4 pkt 1 oraz załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art. 107 TFUE i art. 3 rozporządzenia Rady nr 2015/1589 przez błędną wykładnię prowadzącą do nieuprawnionego uznania, że organ miał kompetencje do oceny zwolnienia jako pomocy publicznej i wstrzymania się z zastosowaniem zwolnienia w przypadku uznania go za pomoc publiczną, pomimo braku uruchomienia procedury notyfikacyjnej, podczas gdy spornego zwolnienia nie można uznać za pomoc publiczną, a organ podatkowy nie może samodzielnie odmówić zastosowania zwolnienia, pomimo braku uruchomienia procedury notyfikacyjnej, nadto przez przyjęcie, że przepis ustawy podatkowej podlega zawieszeniu, pomimo iż art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. nie spełnia kryteriów pomocy ustanowionych w art. 107 ust. 1 TFUE, wobec czego rozporządzenie 2015/1589 nie ma do niego zastosowania.Według strony, doszło też do naruszenia art. 107 ust. 1 TFUE przez jego błędną wykładnię wyrażającą się w przyjęciu, że zwolnienie podatkowe wyczerpuje znamiona sprzyjania niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów oraz ma wpływ na wymianę handlową pomiędzy państwami członkowskimi, podczas gdy omawiane zwolnienie podatkowe nie jest selektywne i pozostaje bez wpływu na wymianę handlową, a ponadto organy nie poczyniły żadnych miarodajnych ustaleń w tym przedmiocie.W uzasadnieniu skargi spółka zaznaczała, że efektem przyjętej w rozpoznawanej sprawie wykładni przepisów prawa jest wyeliminowanie przez organ podatkowy przepisu ustawy. Tymczasem organ nie jest podmiotem udzielającym pomocy publicznej, więc możliwość takiego działania budzi wątpliwości. Organ niezasadnie powołał orzecznictwo TSUE dotyczące obowiązku czuwania nie tylko przez sądy, ale również przez inne organy państwa nad ochroną praw jednostek przed ewentualnym naruszeniem zakazu wyrażonego w art. 108 ust. 3 TFUE. Zapatrywanie TSUE nie dotyczy obowiązków i praw wynikających z przepisów powszechnie obowiązujących. Celem przepisu art. 108 ust. 3 TFUE jest ochrona jednostki, która powołuje się na naruszenie prawa unijnego przez udzielenie innemu podmiotowi niedozwolonej pomocy publicznej, nie służy on natomiast ograniczaniu uprawnień indywidualnych, wynikających z powszechnie obowiązujących przepisów prawa. Przy tym TSUE wskazywał, że podatki nie wchodzą w zakres stosowania postanowień dotyczących pomocy państwa, chyba że stanowią one sposób finansowania pomocy jako jej integralna część. Zdaniem strony, nie sposób stwierdzić, że zarzuty odwołania są wyłącznie polemiczne – to raczej organ podjął polemikę z dominującymi w orzecznictwie poglądami, podnosząc przy tym niedopuszczalne prawotwórcze argumenty i wychodząc poza swoje kompetencje. Tymczasem jedyną prawnie dopuszczalną metodą ograniczenia zakresu zwolnienia jest zmiana obecnie obowiązujących przepisów.W odniesieniu do ratio legis omawianego zwolnienia skarżąca – nawiązując do poglądów piśmiennictwa – tłumaczyła, że dzięki preferencji podatkowej przedsiębiorcy zyskali zachętę do korzystania z już istniejącej infrastruktury oraz inwestowania w nowe obiekty umożliwiające wykonywanie przewozów kolejowych. Zwolnienie wprowadzone omawianym przepisem nie stanowi luki podatkowej powstałej wskutek błędu ustawodawcy, lecz jest przejawem świadomej strategii rozwoju, wspieranego instrumentami podatkowymi.W ocenie strony, pojawiające się w sprawie wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego nie mogły zostać usunięte, gdyż ich wyjaśnienie przekraczało kompetencje organu. W tej sytuacji organ miał obowiązek rozstrzygnąć wątpliwości na korzyść podatnika.Skarżąca zakwestionowała też zawężenie przy analizie art. 7 ust 1 pkt 1 u.p.o.l. grupy porównawczej do podmiotów będących w posiadaniu infrastruktury kolejowej, bez uwzględnienia ogółu podatników podatku od nieruchomości. Jej zdaniem, nie jest elementem relewantnym fakt, że każdy podmiot posiadający infrastrukturę kolejową może korzystać ze zwolnienia od tego podatku. Skoro potencjalnie każdy przedsiębiorca może wejść w posiadanie takiej infrastruktury, to nie ma błędu w porównywaniu tych podatników podatku od nieruchomości, którzy w to posiadanie weszli. Organy błędnie porównują ze sobą sytuację takich podmiotów z innymi, które omawianej przesłanki nie spełniają – a wówczas oczywistym jest, że nie mogą skorzystać z przedmiotowego zwolnienia podatkowego. Spółka w odniesieniu do rzekomego zakłócania konkurencji dodatkowo podkreśliła, że bez znaczenia jest, iż jej głównym udziałowcem jest podmiot zagraniczny, skoro ona sama prowadzi działalność gospodarczą jedynie na terytorium Polski.W odpowiedzi na skargę Samorządowe Kolegium Odwoławcze wniosło o jej oddalenie, popierając stanowisko prezentowane w zaskarżonej decyzji. Podniosło, że poza sporem pozostaje stan faktyczny i spełnienie przez skarżącą formalnych przesłanek zwolnienia podatkowego. Spór dotyczy natomiast możliwości przyznania spółce tego zwolnienia ze względu na przepisy o pomocy publicznej. Organ powołał się w tym względzie na ukształtowaną linię orzeczniczą sądów administracyjnych (korygując sygnaturę sprawy WSA w Szczecinie I SA/Sz 636/21), z której wynika, że brak jest przesłanek do stosowania zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. ze względu na możliwość udzielenia niedozwolonej pomocy publicznej.Postanowieniem z dnia 14 listopada 2024 r. Sąd zawiesił postępowanie w sprawie do czasu rozstrzygnięcia pytań prejudycjalnych Naczelnego Sądu Administracyjnego do Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie sygn. akt III FSK 3/22.Wyrokiem z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie o sygn. C-453/23 Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej rozstrzygnął wskazane pytania prejudycjalne. W związku z ustaniem przyczyny uzasadniającej zawieszenie postępowania, Sąd postanowił je podjąć (postanowienie z dnia 8 maja 2025 r.).Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie zważył, co następuje:Skarga jest zasadna. Jej zarzuty potwierdzają tezy wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z dnia 29 kwietnia 2025 r. sygn. akt C-453/23.Przedmiotem sporu w sprawie było prawo skarżącej do nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2017 r. Nadpłata ta według treści wniosku miała wynikać z nieprawidłowo zadeklarowanych przedmiotów opodatkowania i zaniżenia oraz zawyżenia w określonych częściach podatku oraz przez brak skorzystania w pierwotnie złożonej deklaracji ze zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. Organ stwierdził nadpłatę w kwocie niższej od wnioskowanej, nie kwestionując w części dokonanej korekty deklaracji. Sporną pozostawała wyłącznie ta część nadpłaty (nie uwzględniona przez organ), która powstać miała w związku ze zwolnieniem podatkowym z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l.Zgodnie z treścią art. 72 § 1 O.p., za nadpłatę uważa się kwotę: 1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku; 2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji, o której mowa w art. 30 § 4 O.p., określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej. Z art. 75 § 2 O.p. wynika, że uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty przysługuje m.in. podatnikom. Jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. W takim wypadku korekta wywołuje skutki prawne (art. 75 § 4 O.p.). Prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (art. 79 § 2 O.p.). W decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty (art. 75 § 4a O.p.). Decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu (art. 79 § 3 O.p.).W niniejszej sprawie zobowiązanie podatkowe w podatku od nieruchomości za 2017 r. przedawniało się z końcem 2022 r. (art. 70 § 1 O.p.). Przed upływem tego terminu skarżąca złożyła korektę deklaracji podatkowej oraz wniosek o stwierdzenie nadpłaty (wniosek z dnia 8 kwietnia 2021 r.). Decyzje organów obu instancji wydane zostały po upływie terminu przedawnienia, bowiem – jak dodatkowo potwierdzono na rozprawie – w sprawie nie istniały żadne okoliczności wpływające tamujaco na ten bieg. O ile organy posiadały uprawnienie do orzekania o nadpłacie, zgodnie z art. 79 § 3 O.p., to jednak rację należy przyznać pełnomocnikowi skarżącej, który na rozprawie pozostawił do rozważenia Sądowi, by – pomimo częściowego zakresu zaskarżenia – uchylić zaskarżoną decyzję w całości. Wynika to (oprócz kwestii odnoszących się do naruszenia prawa materialnego, o czym poniżej) z naruszenia prawa procesowego, bowiem organ odwoławczy w decyzji reformatoryjnej uzupełnił niejako rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji poprzez określenie wysokości zobowiązania podatkowego na podstawie art. 75 § 4a O.p. Uwzględniając jednak fakt, że organy orzekały po upływie terminu przedawnienia mogły one wyłącznie wydać rozstrzygnięcie w zakresie stwierdzenia lub odmowy stwierdzenia nadpłaty, jak to wynika z art. 79 § 3 O.p. Użyte w tym przepisie sformułowanie "wydaje decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty" jasno wyznacza zakres orzekania po upływie terminu przedawnienia. Przepis art. 75 § 4a O.p. nie daje natomiast możliwości wydania i doręczenia decyzji w sprawie określenia wysokości zobowiązania po upływie terminu przedawnienia. Mimo iż upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie wyklucza wydania decyzji w przedmiocie nadpłaty, to rozstrzygnięcie takie musi się zamknąć w ramach wyznaczonych przez treść wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Przepis art. 75 § 4a Ordynacji podatkowej nie uprawnia organu decydującego o nadpłacie, by po upływie terminu przedawnienia określił on wysokość zobowiązania podatkowego (wyrok WSA w Warszawie z dnia 18 stycznia 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2229/23; wyrok WSA w Poznaniu z dnia 8 kwietnia 2022 r., sygn. akt I SA/Po 139/22; wyrok NSA z dnia 10 października 2024r., sygn. akt II FSK 803/24).Przechodząc z kolei do oceny zasadniczej kwestii w niniejszej sprawie, związanej z prawem spółki do skorzystania ze zwolnienia podatkowego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., a przez to ewentualnością powstania z tej przyczyny nadpłaty w podatku od nieruchomości wskazać trzeba, że poza sporem pozostawał fakt, że spółka w roku podatkowym była właścicielem bocznicy kolejowej stanowiącej budowlę oraz gruntów pod tą bocznicą (działki nr [...] i [...]). G. S.A. zawarła umowy z licencjonowanymi przewoźnikami kolejowymi wykonującymi przewozy (E. spółka z o.o., P. S.A., L. spółka z o.o.) oraz innymi podmiotami gospodarczymi na korzystanie z torów dojazdowych spółki G.. W tych warunkach organ uznał, że spółka spełniała warunki zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. Odmówił jednak stwierdzenia nadpłaty w omawianej części (a zatem i prawa spółki do skorzystania ze zwolnienia), a ocenę tę oparł na art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 3 TFUE. Zdaniem organu, zwolnienie podatkowe, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. stanowi niedozwoloną pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. W szczególności wskazany środek zakłóca konkurencję lub grozi jej zakłóceniem oraz ma charakter selektywny. Poza tym nie został notyfikowany Komisji Europejskiej.Skarżąca sprzeciwiała się tej ocenie wywodząc konsekwentnie, że omawiane zwolnienie nie stanowi pomocy publicznej, a zapłacony przez nią podatek stanowi nadpłatę.Dla tak ukształtowanego problemu w sprawie zasadnicze znaczenie ma wynik postępowania przed Trybunałem Sprawiedliwości UE, zainicjowanego pytaniami prejudycjalnymi Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie sygn. akt III FSK 3/22. W sprawie tej, której przedmiot także dotyczył opodatkowania infrastruktury kolejowej w postaci bocznicy, a zasadniczo możliwości zastosowania zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., NSA powziął wątpliwość i przedstawił Trybunałowi do analizy następujące zagadnienia na tle badanej sprawy: 1) czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym? 2) czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?Istotą wskazanych pytań prejudycjalnych (a zasadniczo pierwszego z tych pytań) było to, czy art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, iż przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, przyznają beneficjentom tego zwolnienia selektywną korzyść i zakłócają konkurencję lub grożą jej zakłóceniem.W odpowiedzi na powyższe pytania TSUE w wyroku z dnia 29 kwietnia 2025r. w sprawie o sygn. C-453/23 wskazał, że art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści (pkt 80 oraz sentencja). To zaś powoduje, że środek prawny w postaci zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. nie może zostać uznany za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. Takie stwierdzenie o braku selektywnej korzyści dezaktualizuje nadto potrzebę badania drugiej z przesłanek niedozwolonej pomocy państwa tj. zakłócenia lub groźby zakłócenia konkurencji (pkt 75 wyroku).Zastosowanie trybu przypuszczającego w treści rozstrzygnięcia wynika wyłącznie z faktu, że podatek od nieruchomości nie jest podatkiem zharmonizowanym, a zatem autonomia decyzyjna w zakresie regulacji prawnych tej ustawy podatkowej (prawo weryfikacji) należy do sądu krajowego. Niemniej jednak Trybunał – powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo - wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomii przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku). Trybunał przywołał opinię rzecznik generalnej, w której wskazała w pkt 33, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TFUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt. 51 i 52 wyroku).Jak wskazano w pkt 36 wyroku, dany środek można uznać za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE tylko wówczas, gdy spełnione są wszystkie następujące przesłanki. Po pierwsze, musi mieć miejsce interwencja państwa lub interwencja przy użyciu zasobów państwowych. Po drugie, interwencja ta musi być w stanie wpłynąć na wymianę handlową między państwami członkowskimi. Po trzecie, musi ona przyznawać beneficjentowi selektywną korzyść. Po czwarte, musi zakłócać konkurencję lub grozić jej zakłóceniem.Trybunał Sprawiedliwości wskazał jednak – analizując bezpośrednio przepis polskiej ustawy podatkowej i zastrzegając niezbędną weryfikację przez sąd krajowy - że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74 wyroku). W celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów w porównaniu z innymi znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne. W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za selektywny należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli normalny system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie pomocy państwa nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44 wyroku). Jeżeli dany środek podatkowy jest nierozerwalnie związany z ogólnym systemem podatkowym danego państwa członkowskiego, należy odwołać się do tego systemu. Natomiast jeżeli okazuje się, że taki środek daje się wyraźnie oddzielić od wspomnianego systemu ogólnego, nie można wykluczyć, że ramy odniesienia, które należy wziąć pod uwagę, są węższe niż ten ogólny system, a nawet że są one tożsame z samym środkiem, gdy jawi się on jako norma z własną samodzielną logiką prawną i gdy niemożliwe jest wskazanie spójnej całości normatywnej poza tym środkiem (pkt 47 wyroku).Trybunał UE podkreślił, że poza dziedzinami, w których prawo podatkowe Unii jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub normalny system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności (pkt 48 wyroku). To określenie cech konstytutywnych podatku obejmuje podstawę opodatkowania, zdarzenie powodujące powstanie obowiązku podatkowego, ale również ewentualne zwolnienia z tego podatku (pkt 49 wyroku).Ponieważ co do zasady konstytutywne cechy podatku definiują ramy odniesienia, w świetle których należy przeprowadzić badanie przesłanki selektywności, ogólne i abstrakcyjne zwolnienie z podatku bezpośredniego, takie jak zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego, zwykle nie jest kwalifikowane jako pomoc państwa. W zakresie, w jakim uznaje się, że zwolnienie to jest nierozerwalnie związane z normalnym systemem podatkowym, nie może ono bowiem co do zasady przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE (pkt 50 wyroku).W konsekwencji analizy przedmiotu sprawy Trybunał stanął na stanowisku, że system prawny podatku od nieruchomości wynikający z u.p.o.l. stanowi normalny system podatkowy, a w konsekwencji – wskazane ramy odniesienia (pkt 62 wyroku). Na system ten składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63 wyroku). Jak podkreślił Trybunał w pkt 64 wyroku, w kontekście oceny selektywności środka prawnego, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a omawianej ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii. W tym wypadku, zwolnienie to przyznaje się osobom podlegającym opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości pod warunkiem że posiadają one grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym (pkt 65 wyroku). Przesłanki te nie wydają się związane pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii (pkt 66 wyroku). Przeciwnie, zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności (pkt 67 wyroku). Jak więc wskazał Trybunał (pozostawiając ostatecznie ocenę sądowi krajowemu), wydaje się, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności. Zwolnienie to wydaje się zatem opierać na neutralnym kryterium, które ma zastosowanie niezależnie między innymi od sektorów lub rodzajów działalności gospodarczej przedsiębiorstw będących beneficjentami lub od ich formy prawnej (pkt 69 wyroku). Wspomniane zwolnienie należy uznać za stanowiące część ram odniesienia mających zastosowanie w sprawie. Te ramy odniesienia mają autonomiczną logikę prawną z własnymi celami (pkt 70 wyroku). System podatku od nieruchomości realizuje nie tylko cel budżetowy, zasadniczy dla samej funkcji podatku, lecz również - za pomocą zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowaniu głównego - cel o charakterze środowiskowym polegający na motywowaniu odnośnych przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy (pkt 71 wyroku). W ocenie TSUE, te ramy odniesienia nie zostały ukształtowane zgodnie z ewidentnie dyskryminującymi parametrami, mającymi na celu obejście prawa Unii w dziedzinie pomocy państwa (pkt 73 wyroku). W konsekwencji, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd krajowy, Trybunał UE uznał, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia. Co za tym idzie, nie jest ono niedozwoloną pomocą publiczną.Mając na uwadze powyższe tezy wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE stwierdzić należy, że stanowisko organu w zakresie możliwości zastosowania wobec skarżącej art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. nie jest prawidłowe. Poza sporem pozostawało to, że skarżąca w roku podatkowym była właścicielem infrastruktury kolejowej (bocznicy kolejowej), tworzącej linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1.435 mm, której obsługa z krajowej sieci kolejowej odbywała się w oparciu o postanowienia regulaminu pracy z 2 grudnia 2014 r. oraz umów z licencjonowanymi przewoźnikami kolejowymi wykonującymi przewozy na rzecz skarżącej oraz współużytkowników bocznicy (A. S.A., C. spółka z o.o., I. spółka z o.o. S.K.A.), którym infrastruktura ta została udostępniona (E. spółka z o.o., P. S.A., L. spółka z o.o., E. spółka z o.o., C.1 spółka z o.o., D. spółka z o.o.). To oznacza, że spółka spełniała warunki zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. (co pozostaje w sprawie niesporne).Przy uwzględnieniu ocen poczynionych przez TSUE, zwolnienie to nie ma charakteru niedozwolonej pomocy publicznej (a skoro tak – wskazany przepis ustawy podatkowej nie wymagał notyfikacji Komisji Europejskiej), bowiem nie spełnia przesłanki selektywnej korzyści. Łączny charakter przesłanek definiujących pomoc państwa powoduje, że zagadnienie możliwej konkurencyjności traci na znaczeniu. Jednak i w tym kontekście wskazać trzeba, że jakkolwiek zwolnienie podatkowe z zasady ogranicza koszty przedsiębiorstwa, które z niego korzysta, to jednak zostało ono przyznane wszystkim tym podmiotom, które – przy spełnieniu dodatkowych przesłanek – posiadają infrastrukturę kolejową. Tylko zatem takie przedsiębiorstwa mogą stanowić punkt odniesienia dla badania konkurencyjności, a nie wszystkie funkcjonujące na rynku przedsiębiorstwa, które taką infrastrukturą nie dysponują.Mając to na uwadze, rzeczą organu w ponownie prowadzonym postępowaniu, będzie uwzględnienie powyższej oceny przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. w kontekście art. 107 ust. 1 TFUE oraz dokonanie oceny przesłanek zwolnienia podatkowego wobec skarżącej, co w oczywisty sposób może wpłynąć na wysokość jej zobowiązania podatkowego, a tym samym na treść rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie.Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a. i przy uwzględnieniu art. 134 § 1 p.p.s.a. orzekł jak w wyroku.W ponownie prowadzonym postępowaniu organ odwoławczy, bazując na niespornych okolicznościach stanu faktycznego oraz zebranym całościowo materiale dowodowym, jak też uwzględniając powyżej dokonana wykładnię i ocenę sprawy, ponownie dokona analizy kwestii zwolnienia podatkowego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., a w konsekwencji – oceni wniosek spółki o stwierdzenie nadpłaty, a formułując rozstrzygnięcie uwzględni fakt orzekania w warunkach przedawnienia i niemożności zastosowania w takich warunkach art. 75 § 4a O.p.O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz §14 ust. 1 pkt 1 lit a w zw z § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r., poz. 1935, t.j.). Na zasądzoną od organu kwotę składają się: wpis od skargi w kwocie 2.000 zł, opłata skarbowa od pełnomocnictwa – 17 zł i wynagrodzenie pełnomocnika skarżącej – 5.400 zł.. oraz §14 ust. 1 pkt 1 lit a w zw z § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r., poz. 1935, t.j.). Na zasądzoną od organu kwotę składają się: wpis od skargi w kwocie 2.000 zł, opłata skarbowa od pełnomocnictwa – 17 zł i wynagrodzenie pełnomocnika skarżącej – 5.400 zł.