Wyrok - I SA/Ol 36/26 - Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie - z dnia 25 marca 2026
Teza
Oddalono skargę. VAT. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Strumiłło Sędziowie sędzia WSA Anna Janowska sędzia WSA Przemysław Krzykowski (sprawozdawca) Protokolant sekretarz sądowy Elżbieta Parda po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 marca 2026r. sprawy ze skargi B. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w C. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 25 listopada 2025 r., nr 2801-IOV-1.4103.36.2025 w przedmiocie dodatkowego zobowiązanOddalono skargę. VAT. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Strumiłło Sędziowie sędzia WSA Anna Janowska sędzia WSA Przemysław Krzykowski (sprawozdawca) Protokolant sekretarz sądowy Elżbieta Parda po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 marca 2026r. sprawy ze skargi B. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w C. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie z dnia 25 listopada 2025 r., nr 2801-IOV-1.4103.36.2025 w przedmiocie dodatkowego zobowiązan
Najważniejsze informacje
W skrócie
Wynik
oddalono skargę
Przedmiot
skarga administracyjna / kontrola aktu administracyjnego
Typ sprawy
sprawa administracyjna podatkowa
Kwota główna
352.964 zł · zaległość podatkowa z decyzji
Etap
postępowanie administracyjne sądowe / skarga na decyzję lub akt
Tryb
rozprawa
Tematy
skarga administracyjna
podatek dochodowy od osób prawnych
kontrola administracyjna
sprawa podatkowa
Role w sprawie
apelujący / skarżący
skarżąca/podatnik
Data orzeczenia
25 marca 2026
Sąd
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie
Przewodniczący
Anna Janowska
Rozstrzygnięcie
Oddalono skargę
UZASADNIENIE
W dniu 14.06.2019 r. Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie (dalej: Naczelnik, organ I instancji) wydał wobec B. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w C. (dalej jako: spółka, strona, skarżąca, podatnik) decyzję w której ustalił dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 r. Powyższą decyzję Naczelnik wydał w rezultacie przeprowadzonego postępowania kontrolnego w zakresie prawidłowości rozliczeń podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 r. W trakcie przeprowadzonej kontroli podatkowej stwierdzono następujące nieprawidłowości w rozliczeniu podatku od towarów i usług, tj.: - za maj 2018 r. spółka zawyżyła nadwyżkę podatku naliczonego do odliczenia o kwotę 352.964 zł, w tym do zwrotu na rachunek spółki w kwocie 352.964 zł oraz zaniżyła kwotę zobowiązania podatkowego o 1.765.526 zł,- za czerwiec 2018 r. zaniżyła kwotę zobowiązania podatkowego o 723.622 zł. Spółka w dniu 26.02.2019 r. złożyła korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7, które w całości uwzględniały ujawnione w toku kontroli podatkowej nieprawidłowości. W wyniku złożonych korekt, strona uiściła powstałe zaległości w podatku VAT za ww. okresy wraz z należnymi odsetkami za zwłokę. Z uwagi na stwierdzone w toku kontroli podatkowej nieprawidłowości oraz fakt złożenia korekt deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., Naczelnik postanowieniem z dnia 14.05.2019 r., wszczął postępowanie podatkowe w sprawie ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za ww. okresy rozliczeniowe. Decyzją z 14.06.2019 r., w oparciu o przepis art. 112b ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług w wysokości 20% kwoty, wynikającej z zawyżenia zwrotu podatku od towarów i usług za maj 2018 r., zaniżenia zobowiązania za maj 2018 r. i zaniżenia zobowiązania za czerwiec 2018 r. Po rozpatrzeniu odwołania Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Olsztynie (dalej jako: Dyrektor, organ odwoławczy, organ II instancji) decyzją z 16.09.2019 r., utrzymał w mocy decyzję Naczelnika z 14.06.2019 r.W wyniku rozpatrzenia skargi strony, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie wyrokiem z 17.06.2021 r., sygn. akt I SA/OI 723/19, oddalił skargę. Po rozpatrzeniu skargi kasacyjnej, Naczelny Sąd Administracyjny, wyrokiem z 7.05.2025 r., sygn. akt I FSK 2360/21, uchylił zaskarżony wyrok w całości oraz uchylił decyzję Dyrektora z 16.09.2019 r. Sąd II instancji uwzględnił zarzut skargi kasacyjnej dot. braku dokonania interpretacji przepisów art. 112b ust. 2 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług w zgodzie ze stanowiskiem zaprezentowanym przez TSUE w wyroku z 15.04.2021 r. w sprawie C-935/19. Naczelny Sąd Administracyjny zaznaczył, że rozpoznając ponownie sprawę organ zobowiązany będzie ocenić czy maksymalna, 20% stawka sankcji, jest proporcjonalna do działań skarżącej, które skutkowały powstaniem stwierdzonych kontrolą nieprawidłowości - ostatecznie skorygowanych i zapłaconych. Istotne jest przy tym wyjaśnienie, w jaki sposób doszło do powstania nieprawidłowości w deklarowaniu przez Spółkę podatku, ale nie tylko przez przedstawienie historii składania i korygowania deklaracji za maj i czerwiec 2018 r., lecz wyjaśnienia skąd wzięło się przeświadczenie skarżącej, że prawidłowym było skorygowanie złożonych rozliczeń i dlaczego nie chciała złożyć korekty deklaracji monitowana przez organ podatkowy przed wszczęciem kontroli podatkowej. Okoliczności te pozwolą pełniej ocenić motywy działania skarżącej, w szczególności czy wpłynęły na nie działania organów podatkowych, co z kolei uzasadni wysokość zastosowanej sankcji. Ponadto Naczelny Sąd Administracyjny podzielił w uzasadnieniu wyroku ocenę organu podatkowego, że działań Skarżącej nie można zakwalifikować do żadnej z wprost wymienionych w art. 112b ustawy o podatku od towarów i usług ustawowych przesłanej zwalniających z orzeczenia o dodatkowym zobowiązaniu podatkowym. W wyniku ponownego rozpatrzenia odwołania Dyrektor wydał zaskarżoną decyzję z 25.11.2025 r., którą uchylił decyzję Naczelnika z 14.06.2019 r. w całości i ustalił dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości 10% kwoty, wynikającej z zawyżenia zwrotu podatku od towarów i usług za maj 2018 r., zaniżenia zobowiązania za maj 2018 r. i zaniżenia zobowiązania za czerwiec 2018 r. Dyrektor powołując się na treść art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej stwierdził, że dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 r. powstało w wyniku doręczenia decyzji pierwszoinstancyjnej ustalającej to dodatkowe zobowiązanie podatkowe, a nie z mocy prawa.Ze względu na charakter konstytutywny tej decyzji nie ma znaczenia, że wydanie decyzji przez organ odwoławczy ma miejsce w 2025 r. Z uwagi na brzmienie art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej nie doszło do przedawnienia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 r., które powstało z chwilą doręczenia przez organ I instancji decyzji (tj. w 17.06.2019 r.). Następnie Dyrektor przytoczył i wyjaśnił treść art. 112b ust. 1, art. 112b ust. 2, art. 112b ust. 2b, art. 112b ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2025 r., poz. 775 ze zm.). Dyrektor zwrócił również uwagę na treść uzasadnienia do rządowego projektu ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Sejm RP VIII kadencji, nr druku 965), z którego wynika, że regulacje zawarte w art. 112b ustawy o VAT, wprowadzające dodatkowe zobowiązanie podatkowe, mają przede wszystkim znaczenie prewencyjne. Zmierzają do przekonania podatników, że rzetelne i staranne wypełnienie deklaracji podatkowej leży w ich interesie. Ujawnienie bowiem błędu w rozliczeniu pociąga za sobą obowiązek zapłacenia ustalonego dodatkowego zobowiązania podatkowego. Organ odwoławczy wskazał również na wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 15.04.2021 r. w sprawie nr C-935/19 (G. Sp. z o.o.), dotyczącego zgodności z prawem unijnym polskich regulacji w zakresie dodatkowego zobowiązania podatkowego. Odnosząc się do istotnych okoliczności stanu faktycznego Dyrektor przypomniał, że spółka złożyła 15 czerwca 2018 r. deklarację VAT-7 za maj 2018 r. wykazując podatek należny od importu w kwocie 2.118.490 zł, z deklaracji wynikała kwota zobowiązania do zapłaty w wysokości 1.765.526 zł, którą uiściła na rachunek Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie (dalej: US). Po kontrolach Naczelnika US i zapłacie należnego VAT w kwocie 2.118.490 zł na rachunek US w N. , Spółka 25 i 29 października 2018 r. (a więc przed wszczęciem kontroli podatkowej przez Naczelnika US w niniejszej sprawie) złożyła korektę deklaracji VAT-7 za maj 2018 r. wraz z uzasadnieniem, z którego wynikało, iż "niesłusznie dokonano rozliczenia podatku należnego zgodnie z art. 33a (...) natomiast nie spełniono warunku koniecznego do zastosowania tej formy rozliczenia VAT" (str. 4 skargi kasacyjnej). Jednocześnie kwot podatku należnego Spółka nie wykazała w żadnym innym okresie rozliczeniowym. Natomiast za czerwiec 2018 r. spółka złożyła deklarację VAT-7 23 lipca 2018 r.- wykazując kwotę zobowiązania podatkowego w wysokości 2.500.557 zł a przed wszczęciem kontroli złożyła dwa razy korekty: 25 lipca 2018 r. z kwotą zobowiązania w wysokości 2.390.695 zł oraz 2 sierpnia 2018 r. z kwotą zobowiązania 2.384.209 zł, którą uiściła na rachunek US w Olsztynie. W deklaracji VAT i każdej z korekt Spółka wykazała podatek należny od importu w kwocie 723.622 zł. Natomiast po kontrolach Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego UCS w Olsztynie (przed wszczęciem kontroli podatkowej) składając korekty deklaracji VAT – 7 za czerwiec 2018 r. w poz. 25 i 26 wykazała wartości zerowe, zaniżając kwotę podatku należnego od spornych transakcji o 723.622 zł. Po zakończonej kontroli podatkowej Spółka 26 lutego 2019 r. złożyła kolejne korekty deklaracji za ww. okresy rozliczeniowe, w których uwzględniła wszystkie stwierdzone w toku tej kontroli nieprawidłowości. W korektach tych Spółka wykazała kwoty zobowiązania podatkowego: za maj 2018 r. w wysokości 1.765.526 zł oraz za czerwiec 2018 r. w wysokości 2.384.209 zł. Zaległości w podatku VAT za maj i czerwiec 2018 r., powstałe po złożeniu ww. korekt deklaracji, zostały przez Spółkę uregulowane w całości wraz z odsetkami za zwłokę. Zdaniem Dyrektora, zaistniała konieczność zastosowania przez organ podatkowy art. 112b ustawy o podatku od towarów i usług, bowiem spółka - co nie jest przez stronę kwestionowane - w złożonych w Warmińsko-Mazurskim Urzędzie Skarbowego w Olsztynie przed wszczęciem kontroli podatkowej korektach deklaracji VAT-7 za: - maj 2018 r. zaniżyła podatek należny o kwotę 2.118.490 zł, co skutkowało zawyżeniem nie tylko kwoty do zwrotu o 352.964 zł, ale również zaniżeniem zobowiązania podatkowego o 1.765.526 zł, - za czerwiec 2018 r. zaniżyła podatek należny o kwotę 723.622 zł, co skutkowało zaniżeniem zobowiązania podatkowego o 723.622 zł. W oparciu o materiał dowodowy zgromadzony w sprawie, Dyrektor rozważył okoliczności wymienione w art. 112b ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług. Odnosząc się do okoliczności powstania nieprawidłowości organ odwoławczy wskazał, że strona, składając przed wszczęciem kontroli podatkowej przez Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie (tj. w dniu 25.10.2018 r. i 29.10.2018 r.) korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., w pozycjach 25 i 26 wykazała wartości zerowe, zaniżając kwotę podatku należnego z tytułu importu towarów za maj 2018 r. o 2.118.490 zł i za czerwiec 2018 r. o 723.622 zł. Powyższe uczyniła, pomimo że z art. 33a ust. 9 ustawy o podatku od towarów i usług jednoznacznie wynika, że strona powinna była dokonać korekty obrotu i kwoty podatku należnego w deklaracjach VAT-7 za okresy rozliczeniowe, w których kwoty tego podatku zostały wpłacone przez Spółkę na rachunek Urzędu Skarbowego w N. (tj. w deklaracjach VAT-7 za październik i grudzień 2018 r.), a nie za okresy rozliczeniowe, w których powstał obowiązek z tytułu importu towarów. W uzasadnieniu do korekty deklaracji strona wskazała, że niesłusznie dokonano rozliczenia podatku należnego zgodnie z art. 33a ustawy o podatku od towarów i usług. W zgłoszeniu celnym wskazano rozliczenie podatku VAT w formie uproszczonej zgodnie z art. 33a, natomiast nie spełniono warunku koniecznego do zastosowania tej formy rozliczenia VAT. W toku kontroli strona wyjaśniła, że złożenie korekt deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. spowodowane było tym, że spółka zobowiązana była do uregulowania należnej wpłaty do Urzędu Skarbowego w N. z tytułu zmiany formy płatności transakcji, przy jednoczesnym występowaniu zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za te okresy. Podatek ten był już raz zapłacony do Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie, a wobec braku możliwości przeksięgowania tych zobowiązań oraz wobec konieczności dokonania należnej wpłaty do Urzędu Skarbowego w N. , podjęto decyzję o skorygowaniu ww. deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. W piśmie z 14.10.2025 r. pełnomocnik spółki wskazał, że przeświadczenie o prawidłowości złożonych korekt za maj i czerwiec 2018 r. wynikało z tego, że spółka nie widziała w swoich działaniach niczego niezgodnego z prawem. Chodziło tylko o techniczne korekty mające na celu przekazanie tych środków na właściwy rachunek. Organ odwoławczy zauważył, że przed wszczęciem kontroli podatkowej przez Naczelnika, tj. 4,12,14,17 i 18.12.2018 r., pracownik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie kontaktował się telefonicznie z główną księgową spółki w celu ustalenia, kiedy będą złożone korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. Z pierwszych rozmów wynikało, że korekty zostaną złożone. Natomiast podczas rozmowy w dniu 18.12.2018 r. pracownik uzyskał informację, że korekty nie zostaną złożone, ponieważ Prezes spółki, po konsultacji z doradcą podatkowym, nie wyraził na to zgody.W odniesieniu do kwestii braku chęci złożenia korekt deklaracji, pełnomocnik spółki w piśmie z 14.10.2025 r. wskazał, że była to osobista decyzja Prezesa Zarządu spółki, a u jej podstaw leżała całkowita utrata zaufania do organu podatkowego. Zdaniem Dyrektora, korekty deklaracji VAT-7 z 26.02.2019 r., w których ponownie wykazano podatek należny z tytułu importu towarów, nie nastąpiły w wyniku samokontroli, z inicjatywy strony, ale na skutek działań organu podatkowego. Nieprawidłowości w rozliczeniu podatku od towarów i usług spółki wynikały ze świadomego działania, polegającego na wykazaniu wartości zerowych w pozycjach 25 i 26 korekt deklaracji za maj i czerwiec 2018 r., złożonych 25.10.2018 r. i 29.10.2018 r. Spółka nie złożyła korekt deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. pomimo jednoznacznego brzmienia art. 33a ust. 9 ustawy o podatku od towarów i usług, z którego wynika, że strona powinna była dokonać korekty obrotu i kwoty podatku należnego w deklaracjach VAT-7 za okresy rozliczeniowe, w których kwoty tego podatku zostały wpłacone przez spółkę na rachunek Urzędu Skarbowego w N. (tj. w deklaracjach VAT-7 za październik i grudzień 2018 r.), a nie za okresy rozliczeniowe, w których powstał obowiązek z tytułu importu towarów oraz pomimo że była informowana o zaistniałych nieprawidłowościach. W ocenie organu powyższe okoliczności zaprzeczają, aby strona mogła być przeświadczona o prawidłowości złożonych korekt deklaracji. Korzystała z pomocy profesjonalnego doradcy, uzyskała informację z urzędu skarbowego, a sugerowanie braku zaufania do organu nie może usprawiedliwiać działania niezgodnego z przepisami. Jednocześnie Dyrektor nie zgodził się z argumentacją w zakresie niezłożenia korekt deklaracji w związku z brakiem zaufania strony do organów podatkowych. Organ odwoławczy nie zgodził się również z twierdzeniem, że należne budżetowi Państwa środki cały czas znajdowały się na rachunkach budżetu Państwa. Z kwoty do zwrotu podatku (352.964 zł) wynikającego z korekty deklaracji z dnia 29.10.2018 r. przerachowano - zgodnie z prośbą strony na zaległość w podatku VAT za 9/2018 r. (351.555,54 zł), zaś kwotę 1.408,46 zł zwrócono na rachunek podatnika w dniu 27.12.2018 r. Natomiast uiszczony podatek z deklaracji z dnia 15.06.2018 r. w kwocie 1.765.526 zł przerachowano na podatek VAT za 9/2018 r. Nadpłatę podatku za 6/2018 w kwocie 723.622 zł (2.384.209 zł-1.660.587 zł) również przerachowano na podatek VAT za 9/2018. Tym samym ww. kwoty zostały stronie zwrócone i prawie w całości rozdysponowane na uregulowanie zobowiązania za 9/2018 r. Organ odwoławczy ocenił natomiast na korzyść strony fakt, że żadne jej działania nie były ukierunkowane na dokonanie nadużycia czy oszustwa. Odnosząc się do rodzaju i stopnia naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości Dyrektor wskazał, że spółka złożyła w urzędzie skarbowym korekty deklaracji za maj i czerwiec 2018 r., w których w pozycjach 25 i 26 wykazała wartości zerowe, czyli nie wykazała w nich ani podstawy opodatkowania, ani podatku należnego z tytułu importu towarów. Powyższe doprowadziło do zawyżenia kwoty do zwrotu za maj 2018 r. oraz zaniżenia kwoty podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego za maj i czerwiec 2018 r. Powyższe dowodzi o braku wypełniania przez spółkę obowiązków ciążących na podatniku, skutkujących przy tym znacznym uszczupleniem podatku od towarów i usług. Przedsiębiorca jest zobowiązany do rzetelnego wywiązywania się z ciążących na nim obowiązków, a spółka nie dochowała w tym zakresie należytej staranności. Odnosząc się z kolei do rodzaju, stopnia i częstotliwości stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku, organ odwoławczy wskazał, że Spółka nie wpłacała w terminie zobowiązań podatkowych wynikających ze złożonych deklaracji VAT-7, o czym świadczą wystawione upomnienia dotyczące podatku od towarów i usług za 1,12/2014 r., 6,7,12/2016 r., 7,9,10,11,12/2017 r. oraz 2,5,6,9,10,11/2018 r., na których widnieją kwoty od kilkuset złotych do kilku milionów złotych. Powyższe dowodzi o braku wypełniania przez spółkę w prawidłowy sposób podstawowych obowiązków ciążących na podatniku. Przedsiębiorca jest zobowiązany do rzetelnego wywiązywania się z ciążących na nim obowiązków. Natomiast spółka wykonywała ciążący na niej obowiązek, w postaci uiszczenia zobowiązania na rachunek urzędu skarbowego, w sposób nierzetelny. Powyższe okoliczności przemawiają na niekorzyść strony. W zakresie kwot stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwot zaniżenia zobowiązania podatkowego organ odwoławczy wskazał, że strona zawyżyła kwotę do zwrotu za maj 2018 r. o 352.964 zł i zaniżyła kwoty podlegające wpłacie do urzędu skarbowego za maj i czerwiec 2018 r. łącznie o 2.489.148 zł. Powołując się na art. 53 § 3 Kodeksu karno skarbowego Dyrektor uznał, że czyn strony traktowany jest jako przestępstwo skarbowe. W ocenie organu, tak wysoka kwota zaniżenia zobowiązania podatkowego za maj i czerwiec 2018 r. oraz zawyżenia kwoty do zwrotu za maj 2018 r. prowadzi do wniosku, że okoliczność tę należy ocenić jako przemawiającą na niekorzyść strony.Odnosząc się do działań podjętych przez stronę po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości Dyrektor wskazał, że przed wszczęciem kontroli podatkowej przez Naczelnika tj. 4,12,14,17 i 18.12.2018 r., pracownik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego kontaktował się telefonicznie z główną księgową Spółki w celu ustalenia, kiedy będą złożone korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. Z pierwszych rozmów wynikało, że korekty zostaną złożone. Natomiast podczas rozmowy w dniu 18.12.2018 r. pracownik uzyskał informację, że korekty nie zostaną złożone, ponieważ Prezes Spółki, po konsultacji z doradcą podatkowym, nie wyraził na to zgody. Zatem, Spółka, pomimo że była informowana o zaistniałych nieprawidłowościach i znała stanowisko organu co do konieczności skorygowania deklaracji, nie złożyła przed wszczęciem kontroli podatkowej prawidłowych korekt deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., nie zapobiegając tym samym ustaleniu dodatkowego zobowiązania podatkowego. Powyższa okoliczność została oceniona na niekorzyść strony. Po zakończeniu kontroli podatkowej strona złożyła korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., uwzględniające wszystkie stwierdzone nieprawidłowości. Ponadto dokonała zwrotu na rachunek Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego kwoty 352.964 zł oraz uiściła zaległość podatkową w łącznej kwocie 2.489.148 zł wraz z odsetkami za zwłokę. Powyżej wskazane okoliczności Dyrektor ocenił jako przemawiające na korzyść strony. Uwzględniając ww. okoliczności Dyrektor za uzasadnione uznał ustalenie stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego na poziomie 10%. W ocenie organu stawka dodatkowego zobowiązania ustalona w tej wysokości jest proporcjonalna do stwierdzonych nieprawidłowości. Tym samym dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za: - maj 2018 r. wynosi 35.296 zł, stanowiącej 10% kwoty 352.964 zł zawyżonego zwrotu podatku od towarów i usług, - maj 2018 r. wynosi 176.553 zł, stanowiącej 10% kwoty 1.765.526 zł zaniżonego zobowiązania w podatku od towarów i usług, - czerwiec 2018 r. wynosi 72.362 zł, stanowiącej 10% kwoty 723.622 zł zaniżonego zobowiązania w podatku od towarów i usług. Organ odwoławczy za bezpodstawne uznał zarzuty zawarte w odwołaniu od decyzji. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie spółka reprezentowana przez doradcę podatkowego wniosła o: 1. uchylenie zaskarżonej decyzji Dyrektora z 25.11.2025 r. oraz poprzedzającej ją decyzji organu I instancji w całości i umorzenie postępowania, 2. zasądzenie na rzecz skarżącej zwrotu kosztów procesu, w tym kosztów zastępstwa procesowego, w tym zastępstwa procesowego według norm przepisanych.Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie: 1. art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej, poprzez ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego, gdy decyzja organu II instancji ustalająca te zobowiązanie została doręczona po upływie 5 lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy, 2. art. 127, 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 233 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, poprzez zaniechanie uzasadnienia prawnego ustaleń poczynionych wtoku postępowania przed organem II instancji i oparcie istotnej części rozstrzygnięcia o ustalenia poczynione przez organ I instancji oraz polemice ze stanowiskiem skarżącej w odwołaniu, 3. art. 121 Ordynacji podatkowej, tj. naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych, poprzez ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego wobec spółki, mimo że: - Naczelnik stwierdził nieprawidłowości w rozliczeniach, a spółka zastosowała się do ustaleń ww. organu, - organ I instancji dokonał sprzecznych ustaleń, - w wyniku dokonania korekt deklaracji, zgodnie z pierwotnie złożonymi deklaracjami VAT za maj i czerwiec 2018 r., spółka rozliczyła należny podatek od towarów i usług, 4. art. 112b ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług, poprzez ustalenie wobec Podatnika dodatkowego zobowiązania podatkowego, w sytuacji w której upłynął już termin przedawnienia do doręczenia takiej decyzji unormowany w art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej,5. art. 112b ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług, poprzez brak zastosowania, gdy z ustalonego stanu faktycznego wynika, że Spółka zadeklarowała podatek i dokonała jego zapłaty, a zatem nie doszło do jakiegokolwiek uszczuplenia należności podatkowych z tytułu złożonych deklaracji podatkowych oraz korekt tych deklaracji, co skutkowało nieprawidłowym ustaleniem stronie dodatkowego zobowiązania podatkowego w łącznej kwocie 284.211 zł, 6. art. 112b ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług, poprzez brak zastosowania w stanie faktycznym sprawy, w którym ustalono, że Spółka złożyła deklarację podatkową z wykazanymi kwotami podatku oraz wpłaciła na rachunek urzędu skarbowego kwotę wynikającą ze złożonej korekty deklaracji podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę przed wszczęciem kontroli celno-skarbowej,7. art. 112b ust. 2 pkt 1 w zw. z art. 112b ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług, poprzez brak uwzględnienia przesłanek pozytywnych mających oparcie w stanie faktycznym przy wymiarze dodatkowego zobowiązania podatkowego. W uzasadnieniu skargi Spółka wskazała, że organ II instancji przekroczył dozwolone ustawą granice czasowe wynikające z art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej, bowiem uchylenie decyzji organu I instancji i ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego doprowadziło do powstania nowego zobowiązania podatkowego. Formuła rozstrzygnięcia poprzez uchylenie decyzji organu I instancji w kontekście art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej powoduje, że organ II instancji ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe na nowo, a nie orzekł w zakresie dodatkowego zobowiązania podatkowego ustalonego decyzją organu I instancji. Należało zatem uchylić decyzję organu I instancji i z uwagi na upływ terminu wskazanego w art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej umorzyć postępowanie. Ponadto Spółka stwierdziła, że w przedmiotowej sprawie nie zachodziły przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego. Spółka bowiem pierwotnie uiściła podatek należny wynikający z deklaracji z dnia 15.06.2018 r. i 23.07.2018 r., który ostatecznie został przywrócony korektami z dnia 26.02.2019 r. Jednocześnie wskazała, że Spółka uiściła dwukrotnie podatek należny, bowiem organ I instancji oraz Naczelnik nie potrafili stwierdzić na jakich zasadach i na czyją rzecz podatek należny z tytułu importu towarów zadeklarowany za maj i czerwiec 2018 r. powinien zostać uiszczony. Niniejsze postępowanie tych niejasności nie rozstrzyga oraz pomija okoliczność wydania spółce w dniu 13.11.2018 r. zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach. Nie została również wyjaśniona kwestia kontaktów pracownika organu I instancji z pracownikiem Spółki w dniach 4,12,14,17 i 18.12.2018 r. odnośnie korekt deklaracji za maj i czerwiec 2018 r., mimo że Naczelnik zakwestionował rozliczenie importu towarów w deklaracji podatkowej na podstawie art. 33a z uwagi na brak spełnienia przesłanek formalnych. Skarżąca podkreśliła, że w żaden sposób nie poczuwa się do stwierdzonych przez organ I instancji nieprawidłowości, bowiem już pierwotnie wykazała import towarów w deklaracji VAT i zapłaciła z tego tytułu podatek należny. Ponownie zapłaciła ten podatek na rzecz innego organu, bowiem zobowiązywały ją do tego ustalenia Naczelnika. Organ I instancji zaakceptował te ustalenia, dokonując przerachowania uprzednio zapłaconego podatku należnego na poczet należności podatkowych za wrzesień 2018 r. Korekty z dnia 26.02.2019 r. miały jedynie techniczny charakter, bowiem ujawniały w deklaracjach import towarów, który już uprzednio został rozliczony przez samą Spółkę. Zdaniem strony nie ma jakichkolwiek podstaw do ustalenia względem Spółki dodatkowego zobowiązania podatkowego, bowiem w żadnym stopniu nie przyczyniła się do stwierdzonych przez organ I instancji nieprawidłowości, a w wyniku składanych i korygowanych deklaracji nie doszło do jakiegokolwiek uszczuplenia należności publicznoprawnych. Wyłączną winę w zakresie potencjalnych wadliwości rozliczeń ponoszą organy podatkowe, bowiem spółka dysponuje dwoma przeciwstawnymi rozstrzygnięciami dwóch różnych organów podatkowych, zobowiązujących ją do przeciwstawnych zachowań względem rozliczeń podatkowych. Każdorazowe działania spółki uruchamiane były postępowaniami organów podatkowych, tj. organu I instancji i Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie. Według strony, w przedmiotowej sprawie nie powinno dojść do rozliczenia podatku na podstawie art. 33a ust. 9 ustawy o podatku od towarów i usług skoro Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie uznał, że spółka nie jest uprawniona do rozliczenia importu towarów na podstawie art. 33a ww. ustawy. Ponadto spółka podniosła, że organ II instancji skupił się wyłącznie na okolicznościach mających rzekomo obciążać Spółkę. Pominął okoliczności świadczące na jej korzyść i nie rozważył ich w kontekście "katalogu dyrektyw wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego". W ocenie skarżącej do okoliczności przemawiających na korzyść strony należy zaliczyć zapłatę podatku na rzecz organu I instancji, równoległą zapłatę podatku na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego w N. , "przerachowanie" nadpłaty spółki na poczet należności za inny okres rozliczeniowy, wydanie zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach, zwrot nadpłaty Spółce, postępowanie Spółki na podstawie ustaleń postępowania Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie, jak również każdorazowe wykonywanie zaleceń organów podatkowych co do sposobu rozliczenia importu towarów.Spółka podkreśliła, że prawidłowość swych działań opierała na ustaleniach Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie. W działaniach Spółki nie było jakiekolwiek uznaniowości, a jedynie wola wykonania wskazań ww. organu podatkowego. Jakiekolwiek nieprawidłowości w sprawie rozliczenia importu towarów za maj i czerwiec 2018 r. mają swe źródło we wzajemnie wykluczających się i sprzecznych wskazaniach organu I instancji oraz Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego . Wskazała również, że organ II instancji nie wykazał, w którym momencie i na którym etapie doszło do uszczuplenia należności podatkowych. Z uzasadnienia decyzji wynika bowiem, że podatek należny znajdował się cały czas w dyspozycji organu I instancji. Skoro organ I instancji "przerachował" go na należności Spółki w podatku za inny okres rozliczeniowy, to nie występowało "uszczuplenie" podatku lecz jego nadpłata. Zdaniem skarżącej organ II instancji pominął przy rozstrzyganiu sprawy treść uzasadnienia do ustawy z dnia 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw co do celu, w jakim zostały wprowadzone regulacje sankcyjne. Ujawnienie wadliwego rozliczenia podatku nie skutkuje automatycznym ustaleniem dodatkowego zobowiązania podatkowego, o czym świadczy regulacja art. 112b ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, przewidująca liczne przypadki wyłączające odpowiedzialność. Skarżąca powołując się na orzecznictwo sądów administracyjnych podkreśliła, że również sądy dostrzegają inaczej niż organ II instancji cel wprowadzenia sankcyjnych regulacji. W odpowiedzi na skargę, organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie i podtrzymał stanowisko zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji.Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:Skarga podlega oddaleniu. Istota sporu sprowadza się do tego, czy organ odwoławczy w świetle obowiązujących przepisów prawa materialnego oraz będąc związany wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7.05.2025 r., sygn. akt I FSK 2360/21 zasadnie ustalił stronie w podatku od towarów i usług dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 10 % kwoty, wynikającej z zawyżenia zwrotu podatku od towarów i usług za maj 2018 r., zaniżenia zobowiązania za maj 2018 r. i zaniżenia zobowiązania za czerwiec 2018 r. Uwzględniając bowiem zapadły w niniejszej sprawie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7 maja 2025 r., I FSK 2360/21, Sąd ma na uwadze, że zgodnie z art. 153 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143), dalej jako "p.p.s.a.", ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Przepis ten formułuje zasadę związania wyrokiem, w zakresie związania nim samego sądu administracyjnego, oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, które byłyby sprzeczne z wyrażonym wcześniej poglądem, lecz zobowiązany jest do podporządkowania się mu. Zarówno organ administracji, jak i sąd administracyjny, rozpatrując sprawę ponownie, obowiązane są zastosować się do oceny prawnej zawartej w uzasadnieniu wyroku. Ocena prawna, o której stanowi analizowany przepis, może dotyczyć zarówno samej wykładni prawa materialnego i procesowego, jak i braku wyjaśnienia w kontrolowanym postępowaniu administracyjnym istotnych okoliczności stanu faktycznego. Zarówno organ administracji, jak i sąd, rozpatrując sprawę ponownie, obowiązane są zastosować się do oceny prawnej zawartej w uzasadnieniu wyroku, bez względu na poglądy prawne wyrażone w orzeczeniach sądowych w innych sprawach. W orzecznictwie podkreśla się, iż działania naruszające tę zasadę muszą być konsekwentnie eliminowane przez uchylanie wadliwych z tego powodu rozstrzygnięć administracyjnych, już chociażby z uwagi na związanie wcześniej przedstawioną oceną prawną także i samego sądu administracyjnego (por. wyroki NSA: z dnia 21 października 1999 r., sygn. akt IV SA 1681/97 i z dnia 1 września 2010 r., sygn. akt I OSK 920/10, LEX 745376). Wobec powyższego, Sąd orzekający w niniejszej sprawie związany jest jednoznaczną oceną prawną oraz wskazaniami co do dalszego postępowania wyrażonymi w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 2360/21. W pierwszej kolejności należy zatem wskazać, że Naczelny Sąd Administracyjny w powołanym wyroku uznał, że działań skarżącej nie można zakwalifikować do żadnej z wprost wymienionych w art. 112b u.p.t.u. ustawowych przesłanek zwalniających z orzeczenia o dodatkowym zobowiązaniu podatkowym. W szczególności za nietrafne uznał stwierdzenie, że skarżąca złożyła korektę deklaracji VAT przed wszczęciem kontroli podatkowej, bowiem nie chodzi o jakąkolwiek korektę, lecz taką, która zapobiegłaby uchybieniom, które następnie wykazała kontrola, w następstwie której skarżąca zapłaciła podatek z odsetkami. Tymczasem kontrola w przedmiocie podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 roku wykazała nieprawidłowości, które spółka skorygowała dopiero 26 lutego 2019 roku, a więc nastąpiło to po zakończeniu kontroli podatkowej. Za nietrafne Naczelny Sąd Administracyjny ocenił również stanowisko skarżącej Spółki, że w zakresie ustalania dodatkowego zobowiązania podatkowego przesłanką uwalniającą od tego obowiązku powinno być ustalenie, że powstałe zaniżenie podatku należnego było wynikiem oczywistej omyłki popełnionej w deklaracji. Naczelny Sąd Administracyjny jednoznacznie stwierdził, że działań Spółki nie można zakwalifikować jako błędu rachunkowego czy oczywistej omyłki (chyba nie oczywistej skoro sama Spółka monitowana przez organ nie złożyła stosownych korekt deklaracji). Niesporne jest, że Spółka składając korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 roku w dniu 25 października 2018 r. i 29 października 2018 r. z wyzerowanym kwotami podatku należnego z tytułu importu towarów, przed wszczęciem kontroli podatkowej kwot podatku należnego od tych transakcji nie wykazała w innej deklaracji VAT-7 dotyczącej innych okresów rozliczeniowych. Stąd nieuzasadniony był zarzut naruszenia art. 112b ust 3 pkt 2 u.p.t.u.Zauważyć należy, że Naczelny Sąd Administracyjny w przywołanym wyroku z 7 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 2360/21 wskazał, że możliwości zaniechania ustalenia skarżącej dodatkowego zobowiązania podatkowego (tudzież możliwości orzeczenia o nim na poziomie niższych niż 20%) nie można poszukiwać przy zastosowaniu wyłącznie językowej wykładni przepisów obowiązujących w wersji właściwej dla rozstrzygnięcia w sprawie. Stąd za zasadny Naczelny Sąd Administracyjny uznał zarzut skargi kasacyjnej braku dokonania interpretacji przepisów art. 112b ust 2 pkt 1 u.p.t.u. w zgodzie ze stanowiskiem zaprezentowanym przez TSUE w wyroku w sprawie C-935/19. Należy podkreślić, że w orzeczeniu w sprawie C-935/19 Trybunał potwierdził, że zgodnie z art. 273 Dyrektywy VAT państwa członkowskie są upoważnione do przyjęcia przepisów w celu zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobiegania oszustwom podatkowym; mają przy tym kompetencję do dokonania wyboru sankcji, które uznają za odpowiednie, na przypadki nieprzestrzegania warunków przewidzianych w przepisach Unii w celu skorzystania z prawa do odliczenia VAT. Podkreślił jednak, że wprowadzone rozwiązania muszą uwzględniać ogólne zasady prawa Unii, w tym zasadę proporcjonalności. Oznacza to, że potencjalne sankcje nie mogą wykraczać poza to, co jest niezbędne do osiągnięcia celów obejmujących zapewnienie prawidłowego poboru podatku i zapobieganie oszustwom podatkowym. Wskazał, że dla dokonania oceny, czy sankcja jest zgodna z zasadą proporcjonalności "należy uwzględnić w szczególności charakter i wagę naruszenia, którego ukaraniu służy ta sankcja, oraz sposób ustalania jej kwoty (wyrok z dnia 26 kwietnia 2017 r., Farkas, C-564/15, EU:C:2017:302, pkt 60)". Zamieszczając w wyroku w sprawie C-935/19 wskazania, jakie elementy postępowania głównego (na gruncie u.p.t.u.) pozwalają na stwierdzenie, czy zastosowana sankcja jest zgodna z zasadą proporcjonalności, TSUE stwierdził, że art. 112b ust. 2 u.p.t.u. ustanawia sankcję administracyjną w wysokości odpowiadającej 30% kwoty zawyżenia zwrotu VAT, którą obniża się do 20% tej pierwszej kwoty, jeżeli po zakończeniu kontroli podatkowej podatnik złożył korektę deklaracji uwzględniającą stwierdzone podczas tej kontroli nieprawidłowości i wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego lub zwrócił nienależną kwotę zwrotu. Sankcja taka ma na celu poprawę ściągalności VAT przez karanie za błędy popełnione przy rozliczaniu tego podatku, polegające na zaniżeniu należnych kwot lub na zawyżeniu nadwyżki VAT podlegającej zwrotowi lub przeniesieniu na kolejny okres. "Ma ona zatem na celu przekonanie podatników do rzetelnego i starannego wypełniania deklaracji podatkowych, a w przypadku nieprawidłowości – do dokonywania ich korekty, by dzięki temu realizować cel polegający, zgodnie z art. 273 dyrektywy VAT, na zapewnieniu prawidłowego poboru VAT". TSUE podkreślił, że stawka sankcji powinna być możliwa do obniżenia stosownie do okoliczności danej sprawy; chodzi o zapewnienie, by sankcja ta nie wykraczała poza to, co niezbędne do osiągnięcia celu polegającego, zgodnie z art. 273 Dyrektywy VAT, na zapewnieniu prawidłowego poboru podatku. W polskiej regulacji dostrzegł, że ustalenie kwoty sankcji na 20% kwoty zawyżenia nadwyżki VAT, nie pozwala już organom na jej obniżenie stosownie do konkretnych okoliczności danego przypadku, z zastrzeżeniem przypadków, w których nieprawidłowość wynika z drobnych błędów. Taki sposób ustalania sankcji nie dał organom podatkowym możliwości dostosowania kwoty sankcji do konkretnych okoliczności danej sprawy, co pozbawiło nałożoną sankcję zindywidualizowania w celu zapewnienia, by nie wykraczała ona poza to, co jest niezbędne do realizacji celów polegających na zapewnieniu prawidłowego poboru podatku i zapobieganiu oszustwom podatkowym. TSUE w przywołanym wyroku C-935/19 postawił tezę, że art. 273 Dyrektywy VAT i zasadę proporcjonalności należy interpretować w ten sposób, że stoją one na przeszkodzie przepisom krajowym, które nakładają na podatnika, który błędnie zakwalifikował transakcję zwolnioną z podatku od wartości dodanej (VAT) jako transakcję podlegającą temu podatkowi, sankcję wynoszącą 20% kwoty zawyżenia zwrotu VAT nienależnie żądanej, w zakresie, w jakim sankcja ta ma zastosowanie bez rozróżnienia zarówno w sytuacji, w której nieprawidłowość wynika z błędu w ocenie popełnionego przez strony transakcji co do podlegania przez dostawę opodatkowaniu, który to błąd cechuje brak przesłanek wskazujących na oszustwo i uszczuplenia wpływów do skarbu państwa, jak i w sytuacji, w której nie występują takie szczególne okoliczności.Powołany wyrok TSUE sprawie C-935/19 zawiera zatem uniwersalne wskazania, którymi organy powinny kierować się przy nakładaniu sankcji na podstawie art. 112b u.p.t.u. Wykładnia prawa przeprowadzona w treści wskazanego wyroku TSUE potwierdza słuszność stanowiska, że na gruncie art. 112b u.p.t.u. zachowanie zasady proporcjonalności powinno być interpretowane jako możliwość elastycznego stosowania stawek sankcji także przed wejściem w życie wspomnianej nowelizacji przepisów w 2023 roku, która była następstwem wyroku w sprawie C-935/19. Orzekanie o wysokości sankcji winno być dokonywane proporcjonalnie do okoliczności sprawy oraz stopnia zawinienia i rozmiarów dostrzeżonych nieprawidłowości mając na uwadze cel regulacji, którym jest zapewnienie prawidłowego poboru podatku, w czym mieści się premiowanie postaw podatników realizujących ten cel dobrowolnie. Wspomniana nowelizacja jedynie doprecyzowała tę kwestię. Zarówno w stanie prawnym sprzed jak i po wejściu w życie nowelizacji, stawka dodatkowego zobowiązania podatkowego ustalana być musi proporcjonalnie do okoliczności zaniżenia zobowiązania podatkowego (do 20%). Naczelny Sąd Administracyjny w wiążącym Sąd I instancji wyroku z 7 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 2360/21 uznał, że organy podatkowe winny były ocenić, czy charakter błędu lub naruszenia popełnionego przez podatnika wskazywał na okoliczności uzasadniające ustalenie stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego proporcjonalnie w stosunku do warunków okoliczności zaniżenia zobowiązania podatkowego. Tymczasem pierwotnie organ ustalił spółce dodatkowe (sankcyjne) zobowiązanie podatkowe z zastosowaniem stawki maksymalnej, wynoszącej 20% stwierdzonego zawyżenia nie czyniąc żadnych ustaleń w przedmiocie zasadności jej zastosowania w kontekście proporcji stosownej stawki (nie wyższej niż 20%) względem stwierdzonych okoliczności zaniżenia zobowiązania podatkowego.Zauważyć należy, że kontrolowanej po raz drugi sprawie, Dyrektor w wyniku ponownego rozpatrzenia odwołania w zaskarżonej decyzji uchylił decyzję Naczelnika z 14.06.2019 r. w całości i ustalił dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości 10% kwoty, wynikającej z zawyżenia zwrotu podatku od towarów i usług za maj 2018 r., zaniżenia zobowiązania za maj 2018 r. i zaniżenia zobowiązania za czerwiec 2018 r.Dokonując sądowej kontroli legalności decyzji i mając na uwadze treść art. 153 p.p.s.a. i wiążące wskazania i oceny prawne wyrażone wyroku NSA z 7 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 2360/21 - Sąd nie stwierdził, aby zaskarżona decyzja była niezgodna z prawem. Podkreślić należy, że organ odwoławczy istotnie zredukował stawkę dodatkowego zobowiązania podatkowego. W ocenie Sądu stawka dodatkowego zobowiązania ustalona w wysokości 10% w stanie faktycznym tej sprawy, jest proporcjonalna do stwierdzonych nieprawidłowości.Odnosząc się do postawionych w skardze zarzutów w pierwszej kolejności odnieść się należy do najdalej idącego zarzutu tj. ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego po upływie terminu przedawnienia przewidzianego dla wydania decyzji ustalającej wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego. Należy przede wszystkim wskazać, że 5-letni termin dla doręczenia orzeczenia w tym zakresie, o jakim mowa w art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej, ustanowiony został dla doręczenia decyzji kreującej to zobowiązanie, a zatem dla decyzji organu podatkowego I instancji. Decyzja Naczelnika w niniejszej sprawie została wydana w dniu 14.06.2019 r. i doręczona 17.06.2019 r., tj. przed upływem terminu przedawnienia, który kończył swój bieg 31.12.2023 r. Ze względu natomiast na charakter konstytutywny decyzji ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe nie ma znaczenia, że wydanie decyzji przez organ odwoławczy miało miejsce w 2025 r. Z uwagi na brzmienie art. 68 § 3 Ordynacji podatkowej wykluczyć należy przedawnienie dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 r., które powstało z chwilą doręczenia przez organ I instancji decyzji (czyli w 2019 r.). Dyrektor w zaskarżonej decyzji w ramach kontroli instancyjnej nie doprowadził do ustalenia nowego zobowiązania ( por. wyrok NSA z dnia 25 kwietnia 2017 r., sygn. akt II FSK 864/15, z dnia 17 lipca 2014 r. sygn. akt II FSK 1840/12; por. szerzej: L. Etel [w:] R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, P. Pietrasz, M. Popławski, W. Stachurski, K. Teszner, L. Etel, Ordynacja podatkowa. Komentarz. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk, Warszawa 2022, art. 68.; S. Babiarz, B. Gruszczyński [w:] B. Dauter, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, S. Babiarz, B. Gruszczyński, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. IX, Warszawa 2015, art. 68; wyroki NSA z: 7 czerwca 2022 r., sygn. akt II FSK 2808/19, LEX nr 3361779; 31 stycznia 2018 r., sygn. akt II FSK 109/16, LEX nr 2454581). W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego podkreśla się, że dopuszczalna jest również możliwość zmiany decyzji wymiarowej w postępowaniu odwoławczym, po upływie terminu przedawnienia, z zastrzeżeniem, że wydana przez ten organ decyzja nie może być dla podatnika mniej korzystna, niż decyzja uchylona lub zmieniona (por. wyrok NSA z 2 grudnia 2025 r., sygn. akt III OSK 1644/24).W ocenie Sądu, wbrew wywodom i argumentacji zawartej w skardze w rozpatrywanej sprawie zachodziły przesłanki do ustalenia Spółce dodatkowego zobowiązania podatkowego. Zwrócić należy uwagę, że Naczelny Sąd Administracyjny w wiążącym Sąd I instancji wyroku z 7 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 2360/21 wyraził jednoznaczną ocenę prawną, że działań skarżącej nie można zakwalifikować do żadnej z wprost wymienionych w art. 112b u.p.t.u. ustawowych przesłanek zwalniających z orzeczenia o dodatkowym zobowiązaniu podatkowym.W ocenie Sądu należy zwrócić uwagę, że Spółka w złożonych w Warmińsko- Mazurskim Urzędzie Skarbowego w Olsztynie przed wszczęciem kontroli podatkowej korektach deklaracji VAT-7 za:- maj 2018 r. zaniżyła podatek należny o kwotę 2.118.490 zł, co skutkowało zawyżeniem nie tylko kwoty do zwrotu o 352.964 zł, ale również zaniżeniem zobowiązania podatkowego o 1.765.526 zł, - za czerwiec 2018 r. zaniżyła podatek należny o kwotę 723.622 zł, co skutkowało zaniżeniem zobowiązania podatkowego o 723.622 zł. Należy wskazać, że zgodnie z art. 112b ust. 1 u.p.t.u. w razie stwierdzenia, że podatnik: 1) w złożonej deklaracji podatkowej wykazał: a) kwotę zobowiązania podatkowego niższą od kwoty należnej, b) kwotę zwrotu różnicy podatku lub kwotę zwrotu podatku naliczonego wyższą od kwoty należnej, c) kwotę różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe wyższą od kwoty należnej, d) kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub kwotę różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe, zamiast wykazania kwoty zobowiązania podatkowego podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego,2) nie złożył deklaracji podatkowej oraz nie wpłacił kwoty zobowiązania podatkowego - naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego określa odpowiednio wysokość tych kwot w prawidłowej wysokości oraz ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe.W myśl art. 112b ust. 2 tej ustawy, jeżeli po zakończeniu kontroli podatkowej lub kontroli celno- skarbowej w przypadkach, o których mowa w: 1) ust. 1 pkt 1, podatnik złożył korektę deklaracji uwzględniającą stwierdzone nieprawidłowości i najpóźniej w dniu złożenia tej korekty deklaracji wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego lub zwrócił nienależną kwotę zwrotu, 2) ust. 1 pkt 2, podatnik złożył deklarację podatkową i najpóźniej w dniu złożenia tej deklaracji wpłacił kwotę zobowiązania podatkowego - naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 20% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Zgodnie zaś z art. 112b ust. 2b ww. ustawy, ustalając dodatkowe zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w ust. 1-2a, naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego bierze pod uwagę: 1) okoliczności powstania nieprawidłowości; 2) rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości; 3) rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku; 4) kwotę stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwotę zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe; 5) działania podjęte przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości. Natomiast w myśl art. 112b ust. 3 ww. ustawy, przepisów ust. 1-2a nie stosuje się: 1) jeżeli przed dniem wszczęcia kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej podatnik: a) złożył odpowiednią korektę deklaracji podatkowej albo b) złożył deklarację podatkową z wykazanymi kwotami podatkuc) oraz wpłacił na rachunek urzędu skarbowego kwotę wynikającą ze złożonej deklaracji albo korekty deklaracji podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę; 2) w zakresie ustalania dodatkowego zobowiązania podatkowego, w przypadku gdy zaniżenie kwoty zobowiązania podatkowego lub zawyżenie kwoty zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe, wiąże się z: a) popełnionymi w deklaracji błędami rachunkowymi lub oczywistymi omyłkami, b) nieujęciem podatku należnego lub podatku naliczonego w rozliczeniu za dany okres rozliczeniowy, a podatek należny lub podatek naliczony został ujęty w poprzednich okresach rozliczeniowych lub w okresach następnych po właściwym okresie rozliczeniowym, jeżeli nastąpiło to przed dniem wszczęcia kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej; 3) w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w stosunku do osób fizycznych, które za ten sam czyn ponoszą odpowiedzialność za wykroczenie skarbowe albo za przestępstwo skarbowe. Należy podkreślić, że od dnia 6 czerwca 2023 r. art. 112b ust 2 pkt 1 u.p.t.u. obowiązuje w znowelizowanej postaci w ten sposób, że przed podaną stawką 20% dodano zapis "do" podkreślając tym samym, że stawka 20% jest stawką maksymalną. Podobnie jak stawka 30%, o której mowa w art. 112b ust 1 u.p.t.u. Oznacza to, że dopuszczono ustalanie stawek w niższych wysokościach, proporcjonalnie do okoliczności zawinienia, rodzaju i zakresu stwierdzonych nieprawidłowości.We wskazanym wyżej art. 112b ust. 2b u.p.t.u. zawarty jest natomiast katalog dyrektyw wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego, którymi powinien kierować się organ w celu ustalenia wysokości sankcji jaka dotknie w indywidualnej sprawie podatnika, który dopuścił się nieprawidłowości. W ocenie Sądu, ustalając dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług organ odwoławczy uwzględnił wskazania Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 2360/21 w zakresie oceny, czy 20 % stawka sankcji była proporcjonalna do działań spółki, które skutkowały powstaniem stwierdzonych nieprawidłowości oraz wyjaśnił w jaki sposób doszło do powstania nieprawidłowości w deklarowaniu przez spółkę podatku.Zdaniem Sądu w obszernym uzasadnieniu W kontrolowanej decyzji, Dyrektor zgodnie ze wskazaniami Naczelnego Sądu Administracyjnego szczegółowo odniósł się również do katalogu dyrektyw wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego, którymi powinien kierować się organ w celu ustalenia wysokości sankcji jaka dotknie w indywidualnej sprawie podatnika, który dopuścił się nieprawidłowości, o którym mowa w art. 112b ust. 2b u.p.t.u.Organ odwoławczy przy ponownym rozpoznaniu sprawy odniósł się bowiem do:1) okoliczności powstania nieprawidłowości;2) rodzaju i stopnia naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości;3) rodzaju, stopnia i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku;4) kwoty stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwota zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe;5) działań podjęte przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości. Zdaniem Sądu, Dyrektor ustalając dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości 10 % uwzględnił oceną prawną wyrażoną w ww. wyroku NSA i wydał decyzję, która uwzględniała stanowisko Sądu wyrażone w tym orzeczeniu. W oparciu o materiał dowodowy zgromadzony w sprawie, rozważył bowiem w zaskarżonej decyzji ww. okoliczności, odnosząc się jednocześnie do twierdzeń strony. Miał również na uwadze treść uzasadnienia do ustawy z dnia 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw co do celu, w jakim zostały wprowadzone regulacje prawne (por. str. 10 zaskarżonej decyzji).Podkreślić przy tym należy, że Dyrektor w sposób szczegółowy przedstawił stan faktyczny zaistniały w sprawie, jak również wskazał jakie przepisy mają zastosowanie w sprawie z jednoczesnym ich przytoczeniem. Uzasadnienie decyzji obejmuje nie tylko przytoczenie ustaleń faktycznych zmierzających do wykazania stanu faktycznego, przyjętego przez organ do swoich rozważań, ale obejmuje także ocenę poczynionych ustaleń z punktu widzenia przepisów regulujących postępowanie przed tym organem. Zgodnie z zaleceniami NSA, organ odwoławczy mając na uwadze zmienione przepisy skontrolował, czy rozmiar sankcji ustalonej przez organ I instancji jest proporcjonalny do rodzaju, charakteru i wagi stwierdzonej nieprawidłowości w powiązaniu z postawą strony. Odnosząc się do zarzutów strony należy przy tym podkreślić, że obecne brzmienie art. 112b u.p.t.u., w miejsce sztywnych i jedynie możliwych do zastosowania wysokości sankcji, daje możliwość ustalenia jej wysokości do uznania organu, a ponadto dodano ust. 2b, w którym wskazano katalogu dyrektyw wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego. Charakter i zakres tych zmian nie doprowadził do ukształtowania zupełnie nowych granic prawnych sprawy, która była przedmiotem rozstrzygania przez organy w niniejszej sprawie. Instytucja dodatkowego zobowiązania podatkowego nadal jest regulowana na takich samych podstawach, zmieniły się tylko zasady wymiaru tego zobowiązania. Wprowadzenie tzw. ustawowych dyrektyw wymiaru sankcji nie wymagały od Dyrektora czynienia szerszych, dodatkowych ustaleń, bowiem okoliczności odpowiadające tym dyrektywom w dużej części ustalone zostały już przez organ I instancji. Podkreślić należy raz jeszcze, że Naczelny Sąd Administracyjny we wskazanym wyroku z 7 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 2360/21 uznał, że działań Spółki nie można zakwalifikować do żadnej z wprost wymienionych w art. 112b u.p.t.u. ustawowych przesłanej zwalniających z orzeczenia o dodatkowym zobowiązaniu podatkowym. W sprawie nie mogą mieć zatem zastosowania regulacje prawne zawarte w art. 112b ust. 3 pkt 2 lit. b u.p.t.u. Z ustalonego stanu bezspornie wynika, że spółka, składając korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. w dniu 25.10.2018 r. i 29.10.2018 r., w pozycjach 25 i 26 korekt nie wykazała kwot podatku należnego z tytułu importu towarów w wysokości 2.118.490 zł w maju 2018 r, oraz w czerwcu w wysokości 723.622 zł. Przed dniem wszczęcia kontroli podatkowej, składając korekty deklaracji VAT-7 z "wyzerowanymi" kwotami podatku należnego z tytułu importu towarów, kwot podatku należnego od tych transakcji nie wykazała jednocześnie w żadnej innej deklaracji VAT-7 (dotyczącej innych okresów rozliczeniowych).Mając na uwadze powyższe, nie można uznać za zasadne stanowiska skarżącej, że nie przyczyniła się do stwierdzonych przez Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego nieprawidłowości, a winę w zakresie wadliwości rozliczeń ponoszą organy podatkowe. Z akt kontrolowanej sprawy wynika, że nieprawidłowości w rozliczeniu podatku od towarów i usług spółki wynikały ze świadomego działania strony, polegającego na wykazaniu wartości zerowych w pozycjach 25 i 26 korekt deklaracji za maj i czerwiec 2018 r., złożonych 25.10.2018 r. i 29.10.2018 r.Sąd nie uwzględnił także pozostałych zarzutów zawartych w skardze. Przede wszystkim, na co zwrócił również uwagę NSA w powołanym wyroku z 7 maja 2025 r. sygn. akt I FSK 2360/21, należy wskazać, że kontrola w przedmiocie podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 roku wykazała nieprawidłowości, które Spółka skorygowała dopiero 26 lutego 2019 roku, a więc nastąpiło to po zakończeniu kontroli podatkowej. W niniejszej sprawie, Spółka uiściła podatek należny od importu na rachunek Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego w Olsztynie również po zakończeniu kontroli podatkowej w wyniku korekt deklaracji złożonych w dniu 26.02.2019 r. Nie można zatem zgodzić się z twierdzeniem, że Spółka przed wszczęciem kontroli podatkowej dokonała korekty deklaracji VAT-7 za miesiąc maj i czerwiec 2018 r. i uiściła podatek na rachunek Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego.Sąd nie zgodził się również z twierdzeniem Spółki, że nie doszło do jakiegokolwiek uszczuplenia należności podatkowych z tytułu złożonych deklaracji podatkowych oraz korekt tych deklaracji. Jak wynika z akt sprawy, Spółka, składając w dniu 25.10.2018 r. i 29.10.2018 r. (tj. przed wszczęciem kontroli podatkowej przez Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego) korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., w pozycjach 25 (import towarów podlegający rozliczeniu zgodnie z art. 33a ustawy - podstawa opodatkowania) i 26 (import towarów podlegający rozliczeniu zgodnie z art. 33a ustawy - podatek należny) wykazała wartości zerowe, zaniżając kwotę podatku należnego z tytułu importu towarów za maj o 2.118.490 zł i za czerwiec o 723.622 zł. Powyższe skutkowało zawyżeniem nie tylko kwoty do zwrotu za maj 2018 r. o 352.964 zł, ale również zaniżeniem zobowiązania podatkowego o 1.765.526 zł, jak również, zaniżeniem zobowiązania podatkowego za czerwiec 2018 r. o 723.622 zł.Odnosząc się do zarzutów merytorycznych podniesionych w skardze podkreślić należy, że postępowanie dotyczące ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego nie może być prowadzone w celu weryfikacji ustaleń faktycznych, które zostały poczynione w decyzji ostatecznej i podstaw prawnych jej wydania. Celem tego postępowania jest jedynie wymiar dodatkowego zobowiązania. Zatem kwestia związana z określeniem zobowiązania podatkowego, jest pod względem materialnoprawnym oraz procesowym na obecnym etapie postępowania przed organami podatkowymi - wobec wydanej decyzji ostatecznej zamknięta.Nie są również zasadne twierdzenia spółki, że podatek należny znajdował się cały czas w dyspozycji Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego. Należy podkreślić, że z kwoty do zwrotu podatku wynikającego z korekty deklaracji za maj 2018 r. większość kwoty przerachowano - zgodnie z prośbą strony wyrażoną w uzasadnieniu do przyczyn korekty deklaracji - na zaległość w podatku VAT za 9/2018 r., zaś niewielką część kwoty zwrócono na rachunek podatnika. Natomiast uiszczony podatek z deklaracji za czerwiec 2018 r., jak również nadpłatę podatku za 6/2018 r. przerachowano - zgodnie z wnioskiem strony - na podatek VAT za 9/2018. W ocenie Sądu za bezpodstawne uznać należy także twierdzenia skarżącej, że Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego oraz Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego nie potrafili stwierdzić na jakich zasadach i na czyją rzecz podatek należny z tytułu importu towarów zadeklarowany za maj i czerwiec 2018 r. powinien zostać uiszczony. Należy przede wszystkim wskazać, że Spółka nie dopełniła warunków prawnie wymaganych do skorzystania z prawa do rozliczenia kwot podatku należnego z tytułu importu towarów w deklaracjach podatkowych za maj i czerwiec 2018 r. W przypadku gdy podatnik nie dopełni ww. warunków traci prawo do rozliczenia podatku na zasadach określonych w art. 33a ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, w odniesieniu do kwoty podatku należnej z tytułu importu towarów, którą miał rozliczyć w deklaracji podatkowej i jest obowiązany do zapłaty naczelnikowi urzędu skarbowego, właściwemu do poboru kwoty należności celnych przywozowych wynikających z długu celnego, kwoty podatku wraz z odsetkami. W związku z czym Spółka zobowiązana była uiścić podatek z tytułu importu towarów, który pierwotnie był rozliczony w deklaracjach podatkowych za maj i czerwiec 2018 r., na rachunek Urzędu Skarbowego w N. . Fakt ten jednak nie powodował automatycznie możliwości złożenia korekt deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. z zerowymi wartościami w pozycjach 25 (import towarów podlegający rozliczeniu zgodnie z art. 33a ustawy - podstawa opodatkowania) i 26 (import towarów podlegający rozliczeniu zgodnie z art. 33a ustawy-podatek należny).Nie budzi zastrzeżeń Sądu konsekwencja niedopełnienia wymogu formalnego, jakim jest utrata prawa do rozliczenia w procedurze uproszczonej i zaktualizowanie się obowiązku rozliczenia się przez podatnika na zasadach ogólnych. Konstrukcja przepisu art. 33a u.p.t.u. jest jednoznaczna i nie budzi wątpliwości. Stosowanie art. 33a u.p.t.u. nie jest obowiązkiem, a przywilejem.Podkreślić w tym miejscu należy, że takie ukształtowanie przepisów krajowych mieści się w granicach swobody państwa członkowskiego do określenia szczegółowych zasad dotyczących płatności z tytułu importu towarów, o czym wprost mowa w zdaniu pierwszym ust. 1 art. 211 dyrektywy 112. Zgodnie z brzmieniem tej regulacji, państwa członkowskie określają szczegółowe zasady dotyczące płatności z tytułu importu towarów. Państwa członkowskie mogą w szczególności postanowić, że w przypadku importu towarów przez podatników lub osoby zobowiązane do zapłaty VAT lub przez niektóre kategorie tych podatników lub osób, VAT należny z tytułu importu nie musi zostać zapłacony w momencie importu, pod warunkiem że podatek ten zostanie wyszczególniony jako należny w deklaracji VAT sporządzonej zgodnie z art. 250.W wyroku z 21 lutego 2013 r. S.C. Mora IPR SRL, C-79/12, EU:C:2013:98, TSUE wyraźnie podkreślił, że z art. 211 dyrektywy 112 wynika prawo państw członkowskich do wprowadzenia odroczonej płatności VAT z tytułu importu i przyznania tej metody płatności nie wszystkim podatnikom, ale niektórym (ich) kategoriom (pkt 25). TSUE nie miał wątpliwości, że wykładni art. 211 dyrektywy 112 należy dokonywać w ten sposób, że nie stoi on na przeszkodzie stosowaniu uregulowań państwa członkowskiego, takich jak te w sprawie głównej, uzależniających odroczoną płatność VAT z tytułu importu towarów od uzyskania zaświadczenia nieprzewidzianego w dyrektywie, o ile warunki uzyskania takiego zaświadczenia są zgodne z zasadą neutralności podatkowej, co podlega weryfikacji sądu krajowego.Jak stwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 21 czerwca 2023 r. sygn. akt I FSK 291/23, nie ma wątpliwości, że Polska była uprawniona do określenia szczegółowych zasad płatności podatku od importu oraz miała prawo do ustanawiania warunków uprawniających do innego niż podstawowe, rozliczenia VAT od importu. Zdaniem NSA, powyższe potwierdza też brzmienie art. 273 dyrektywy 112 i orzeczenia TSUE zapadłe na jego tle.Zgodnie z art. 273 dyrektywy 112 państwa członkowskie mogą nałożyć inne obowiązki, jakie uznają za niezbędne dla zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobieżenia oszustwom podatkowym, pod warunkiem równego traktowania transakcji krajowych i transakcji dokonywanych między państwami członkowskim przez podatników oraz pod warunkiem, że obowiązki te, w wymianie handlowej między państwami członkowskimi, nie będą prowadzić do powstania formalności związanych z przekraczaniem granic. Możliwość przewidziana w akapicie pierwszym nie może zostać wykorzystana do nałożenia dodatkowych obowiązków związanych z fakturowaniem poza obowiązkami, które zostały określone w rozdziale 3.W tym względzie Trybunał wyjaśnił, że z przepisu tego wynika, iż każde państwo członkowskie jest zobowiązane do podjęcia wszelkich legislacyjnych i administracyjnych kroków mogących zapewnić pełny pobór VAT na swoim terytorium i zwalczanie przestępczości podatkowej (wyrok TSUE z dnia 9 lipca 2015 r., Cabinet Medical Veterinar Dr. Tomoiagă Andrei, C-144/14, EU:C:2015:452, pkt 25 i przytoczone tam orzecznictwo). Trybunał stwierdził również, że art. 273 dyrektywy 112, poza określonymi w nim ograniczeniami, nie precyzuje ani warunków, ani obowiązków, jakie mogą przewidzieć państwa członkowskie, i że w konsekwencji przepis ten przyznaje państwom członkowskim zakres swobodnego uznania co do środków zmierzających do zapewnienia pełnego poboru należnego VAT na ich terytorium i zapobieżenia oszustwom (wyrok z dnia 26 października 2017 r., BB construct, C-534/16, EU:C:2017:820, pkt 21 i przytoczone tam orzecznictwo).Sam fakt ustanowienia warunków celem skorzystania z procedury przewidzianej w art. 33a nie ma zatem nieproporcjonalnego waloru. Trybunał orzekł, że zgodnie z zasadą proporcjonalności państwa członkowskie muszą stosować środki, które - umożliwiając efektywne osiągnięcie realizowanego przez prawo wewnętrzne celu - jednocześnie w jak najmniejszym stopniu godzą w cele i zasady ustanowione w odpowiednich przepisach Unii (wyrok TSUE z dnia 19 grudnia 2013 r., BDV Hungary Trading, C 563/12, EU:C:2013:854, pkt 30 i przytoczone tam orzecznictwo).W wyroku z 9 września 2004 r., Vermietungsgesellschaft Objekt Kirchberg, C-269/03, EU:C:2004:512 Trybunał (odnosząc się do innej procedury szczególnej - system szczególny dla małych przedsiębiorców) orzekł, że prawo Unii, a w szczególności zasada proporcjonalności, nie stoją na przeszkodzie temu, aby państwo członkowskie, które skorzystało z uprawnienia do przyznania swoim podatnikom prawa wyboru szczególnego systemu opodatkowania, przyjęło przepisy, które uzależniają całkowite odliczenie VAT naliczonego od uprzedniego uzyskania od organu podatkowego zatwierdzenia o charakterze nieretroaktywnym. Trybunał wyjaśnił w tym względzie, że brak retroaktywności procedury zatwierdzenia nie czyni jej nieproporcjonalną (ww. wyrok TSUE, pkt 29). Tę samą tezę TSUE powtórzył w wyroku z dnia 17 maja 2018 r., Dávid Vámos, C-566/16, EU:C:2018:321, pkt 43 i 44.W wyroku TSUE z 2 czerwca 2016 r., ROZ-ŚWIT, C-418/14, EU:C:2016:400, co prawda dotyczącego innej sytuacji, ale mającym znaczenie dla oceny art. 33a u.p.t.u., wyraźnie wynika, że przepisy prawa UE, jak i zasada proporcjonalności, nie sprzeciwiają się przepisom krajowym, na podstawie których sprzedawcy paliw są zobowiązani do złożenia w wyznaczonym terminie miesięcznego zestawienia oświadczeń nabywców, według których nabywane wyroby są przeznaczone do celów opałowych.W ocenie Sądu w świetle powyższych wywodów zasadnie organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji zwrócił uwagę, że naczelnik urzędu celno-skarbowego i naczelnik urzędu skarbowego to odrębne organy, które posiadają odmienne kompetencje, uprawnienia i zadania.Sąd nie zgodził z twierdzeniami skarżącej Spółki, że przedmiotowe postępowanie nie rozstrzyga na jakich zasadach i na czyją rzecz podatek należny z tytułu importu towarów powinien zostać uiszczony oraz twierdzenia, że dysponuje dwoma przeciwstawnymi rozstrzygnięciami dwóch różnych organów podatkowych, zobowiązujących ją do przeciwstawnych zachowań względem rozliczeń podatkowych. Z akt sprawy wynika bowiem, że Dyrektor odniósł się zarówno do wydanego Spółce w dniu 13.11.2018 r. zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach, wyjaśniając że pozostaje on bez znaczenia w sprawie. Miał również na uwadze postanowienie z dnia 31.12.2018 r. o zaliczeniu kwoty z należnego zwrotu podatku VAT oraz nadpłat za poszczególne miesiące na poczet należności z tytułu VAT za wrzesień 2018 r.W tym zakresie należy wskazać, że weryfikację prawidłowości rozliczenia podatku od towarów i usług za maj i czerwiec 2018 r. pracownicy Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego rozpoczęli w ramach czynności sprawdzających w grudniu 2018 r., zaś do czasu ewentualnego złożenia przez spółkę korekt deklaracji bądź weryfikacji danych wykazanych w deklaracjach w ramach czynności kontrolnych Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Skarbowego odnosi się do danych zawartych w złożonych przez spółkę deklaracjach. Sąd nie zgodził się również z zarzutem spółki, że w niniejszej sprawie nie została wyjaśniona kwestia kontaktów pracownika organu I instancji z pracownikiem Spółki w dniach 4,12,14,17 i 18.12.2018 r. odnośnie korekt deklaracji za maj i czerwiec 2018 r., mimo że Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego zakwestionował rozliczenie importu towarów w deklaracji podatkowej na podstawie art. 33a z uwagi na brak spełnienia przesłanek formalnych. Należy zauważyć, że korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., złożone przez spółkę w dniach 25.10.2018 r. i 29.10.2018 r., były nieprawidłowe. Zatem kontakty pracownika urzędu z główną księgową Spółki z których wynikało, że Spółka powinna złożyć korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r., miały uzasadnione podstawy i mogły zapobiec ustaleniu dodatkowego zobowiązania podatkowego.Sąd nie podzielił zarzutów strony skarżącej sprowadzających się do tego, że ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego w ogóle nie powinno nastąpić, ponieważ w sprawie nie wykazano, jakoby skarżąca dokonała oszustwa podatkowego lub uczestniczyła w nim. Odnosząc się do tego argumentu warto zauważyć, że przepis art. 112b ust. 1 ustawy o VAT w ogóle nie zawiera wskazania, że ustalenie dodatkowego zobowiązania pieniężnego ma nastąpić, jeśli w sprawie doszło do oszustwa podatkowego. Należy w tym miejscu przypomnieć, że przy dokonywaniu wyboru sankcji państwa członkowskie są zobowiązane do przestrzegania zasady efektywności, która wymaga ustanowienia sankcji skutecznych i odstraszających w celu zwalczania naruszeń zharmonizowanych zasad w dziedzinie VAT oraz ochrony interesów finansowych Unii (zob. wyrok TSUE z 2 maja 2018 r., Scialdone, C-574/15, EU:C:2018:295, pkt 28 i 33). Jednocześnie nałożenie sankcji w konkretnym wypadku podlega ocenie, czy sankcja jest zgodna z zasadą proporcjonalności, a w tym zakresie należy uwzględnić w szczególności charakter i wagę naruszenia, którego ukaraniu sankcja ta służy, oraz sposób ustalania jej kwoty (zob. wyrok TSUE z 26 kwietnia 2017 r., Tibor Farkas przeciwko Nemzeti Adó-és Vámhivatal Dél-alfödi Regionális Adó Főigazgatósága, C-564/15, EU:C:2017:302, pkt 60 i przytoczone tam orzecznictwo). Nadto należy wziąć pod uwagę czy naruszenia zarzucane podatnikowi są konsekwencją błędu w stosowaniu mechanizmu VAT czy też działania intencjonalnego. Znaczenie dla oceny proporcjonalności sankcji w świetle celu polegającego na zapewnieniu prawidłowego poboru podatku może mieć ponadto okoliczność, czy w wyniku kontroli podatkowej podatnik, dobrowolnie lub nie, uregulował stwierdzoną przez właściwe organy niedopłatę podatku. Należy także uwzględnić, czy działanie podatnika wywołało niebezpieczeństwo utraty wpływów podatkowych przez skarb państwa, a ponadto, czy sankcja podważała możliwość skorzystania z prawa do odliczenia naliczonego VAT (zob. wyrok TSUE z 17 maja 2023 r., SA CEZAM, C-418/22, EU:C:2023:418, pkt 32-33, 41). Należy też brać pod uwagę, aby sposób ustalania sankcji, dawał organom podatkowym możliwość zindywidualizowania nałożonej sankcji w celu zapewnienia, by nie wykraczała ona poza to, co jest niezbędne do realizacji celów polegających na zapewnieniu prawidłowego poboru podatku i zapobieganiu oszustwom podatkowym (zob. wyrok TSUE z 5 kwietnia 2021 r., Grupa Warzywna sp. z o.o. przeciwko Dyrektorowi Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu, C-935/19, EU:C:2021:287, pkt 35).Biorąc pod uwagę powyższe, Sąd stwierdził zatem, że łączne odczytanie art. 112b ustawy o VAT i art. 273 dyrektywy VAT w świetle orzecznictwa TSUE nakazuje przyjąć, że ustalenie przez organ podatkowy dodatkowego zobowiązania pieniężnego na podstawie wskazanego przepisu ustawy o VAT może nastąpić w takiej sytuacji, gdy z ustalonych okoliczności sprawy wynika, że taka decyzja organu stanowi sankcję adekwatną i proporcjonalną dla realizacji celów wynikających z art. 273 dyrektywy VAT, jakimi są zapewnienie prawidłowego poboru VAT i zapobieżenie oszustwom podatkowym. Oba wskazane w art. 273 dyrektywy VAT cele mogą być przy tym realizowane rozłącznie, ponieważ działania organów państwa na rzecz zapewnienia prawidłowego poboru VAT nie w każdym przypadku muszą jednocześnie służyć wprost zapobieżeniu oszustwom podatkowym.W ocenie Sądu wbrew zarzutom skargi organ odwoławczy przy ponownym rozpoznaniu sprawy nie naruszył żadnych przepisów proceduralnych. Organ podatkowy podjął wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego ustalenia rzeczywistego stanu sprawy, zgodnie z wytycznymi zawartymi w art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1 oraz 191 O.p. W sprawie został zebrany materiał dowodowy pozwalający na jej rozstrzygnięcie, a ocena poszczególnych dowodów, jak i całego materiału dowodowego łącznie nie była ani wybiórcza, ani dowolna. Nieuzasadnione jest stanowisko pełnomocnika skarżącej Spółki, że nie zostały wzięte pod uwagę przyczyny wadliwego rozliczenia. Ustawodawca w przepisie art. 112b ust. 2b ustawy o VAT nie daje żadnych szczegółowych wskazówek i nie przypisuje wagi poszczególnym przesłankom wskazanym w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT. Nie określa też tego, w jaki sposób powyższe okoliczności powinny wpłynąć na stopień obniżenia kwoty sankcji. Innymi słowy, organy podatkowe po dokonanej analizie muszą podjąć decyzję o obniżeniu wysokości sankcji i o stopniu tego obniżenia. Pozostawiona organom swoboda w wyznaczeniu wysokości sankcji ma charakter uznania administracyjnego. W przypadku wprowadzenia uznania administracyjnego, organ podejmuje decyzje nie tylko na podstawie ustawy, ale także z uwzględnieniem zasad celowości i sprawiedliwości oraz szczególnych cech stanu faktycznego.W ocenie Sądu organ odwoławczy wymierzając, w realiach przedmiotowej sprawy, mając na względzie niepowtarzalne okoliczności stanu faktycznego - dodatkowe zobowiązanie w wysokości 10% nie naruszył zasady proporcjonalności. W kontrolowanej sprawie organ wszechstronnie odniósł się do okoliczności (przyczyn) stwierdzonych nieprawidłowości w rozliczeniu podatku od towarów i usług oraz dokonał oceny, czy ustalone w sprawie okoliczności (przyczyny) stwierdzonych nieprawidłowości wskazują na wystąpienie uszczuplenia wpływów do budżetu, a następnie skonfrontował to z zasadą proporcjonalności prawa Unii Europejskiej (por. wyrok TSUE z dnia 15 kwietnia 2021 r. sygn. akt C-935/19).W ocenie Sądu ustalona wysokość stawki dodatkowego zobowiązania podatkowego jest adekwatna do skali stwierdzonych nieprawidłowości. Wbrew zarzutom skargi takiego działania organów podatkowych nie można uznać za automatyzm naruszający zasadę proporcjonalności. Uzasadnienie kontrolowanej decyzji jest obszerne, logiczne, zrozumiałe, a przede wszystkim zawiera odniesienie do ustalonego w sprawie stanu faktycznego oraz dokonaną przez organ wykładnię mających zastosowanie przepisów prawa materialnego. Organ szczegółowo uzasadnił, dlaczego nałożył sankcję w wysokości 10%. W świetle powyższego organ odwoławczy wypełnił wiążące wytyczne zawarte w wyroku NSA z 7 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 2360/21.W tym stanie rzeczy, będąc z jednej strony związany oceną i wskazaniami NSA zawartymi w wyroku z 7 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 2360/21, a ponadto stwierdzając, że organ, do którego sprawa została przekazana do ponownego rozpoznania wykonał zalecenia płynące z tego wyroku, Sąd na podstawie art. 151 i art. 153 p.p.s.a orzekł o oddaleniu skargi. orzekł o oddaleniu skargi.